<>" /> <>" />
Bilgi

PhyloCode'da Örnek Klad İsimleri

PhyloCode'da Örnek Klad İsimleri


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

PhyloCode'a baktıktan sonra, örnek gibi görünen tek şey Madde 9, Bölüm 4'teydi:

Düğüm tabanlı bir tanım kısaltılabilir "

Dal tabanlı bir tanım ">A~Z" veya ">A~Z∨Y∨X [vb.]" olarak kısaltılabilir.

Apomorfi tabanlı bir tanım ">M(A)" olarak kısaltılabilir.

Ardından, aşağıdaki satırlardan, isimlerin basılı olarak böyle görüneceğini varsayıyorum:

Burada kullanılan kısaltma sistemi aşağıdaki kuralları benimser: > = "en kapsayıcı bölüm içeren"; < = "en az kapsayıcı clade içeren"; & = "ve"; ∨ = "veya"; ~ = "ama değil"; A, B, C, vb. = dahili belirleyiciler olarak kullanılan türler veya örnekler; Z, Y, X, vb. = harici belirleyiciler olarak kullanılan türler veya örnekler; M = bir apomorfi; () = "of" veya "in ile sinapomorfik"; >∇ = "içeren en kapsamlı taç klan"; <∇ = "en az kapsayıcı taç kladını içeren". "Taç kanadı" anlamına gelen ters çevrilmiş üçgen, bir filogenetik ağaç diyagramında bir taç kanadın temsiline benzer.

PhyloCode'u kullanan gerçek bir gerçek dünya Clade adının ne olacağını netleştirebilir mi merak ediyorum. Belki sadece birkaç örnek, hatta sadece bir tane. Örneğin, Polypodiopsida'nın bir alt sınıfı olan bu eğreltiotu Equisetidae var. Toplamda şu isimler grubuna sahiptir:

Kingdom Plantae Subkingdom Embryophyta (derecesiz) Tracheophyta (derecesiz) euphyllophytes Sınıf Polypodiopsida Altsınıf Equisetidae

PhyloCode kullanarak bunu nasıl yeniden yazacağınızı merak ediyorum. Çok karmaşıksa veya temel bir kod kümesini veya başka bir şeyi başlatmak için bir sürü ek çalışma gerektiriyorsa, bunu da bilmek iyi olur. Ancak gördüğüm belgelerden, mevcut Linnaean sınıflandırma terimlerinin bir şekilde PhyloCode'a çevrilebileceğini öneriyor gibi görünüyor. Tüm belgeyi baştan sona incelemeden buna girişimim şudur:

A = Planta B = Embriyofit C = Tracheophyta D = euphyllophytes E = Polypodiopsida F = Equisetidae

Yani tam adı şöyle bir şey olurduA>B>C>D>E>F. Ya da belki daha çok şöyledir:

A = Planta A>B = Embriyofit A>B>C = Tracheophyta A>B>C>D = euphyllophytes A>B>C>D>E = Polypodiopsida A>B>C>D>E>F = Equisetidae

Mevcut Linne terimlerinin/türlerinin PhyloCode'a nasıl çevrileceğini daha iyi anlamak için yardım arıyorum. Gerçekten gibi şeyleri yeniden adlandırıp adlandırmadığınızı merak ediyorumtrakeofit, olan tanımlayıcı Latince adı,A>B>C, ki bir açıklayıcı olmayan tanımlayıcı. Teşekkürler.


Klad

"Clade" terimi Yunanca "klados”, “dal” için. Bir dalın, ortak atasının, dalın ana gövdeden ayrıldığı yer olduğu hayat ağacındaki bir "dal" olduğunu düşünmek yararlıdır.

Kladlar "hayat ağacının dalları" hakkında bir düşünme biçimi olduğu için, bir dal yalnızca ortak bir atayı paylaşan organizmaları içerebilir. Bir clade ayrıca içerir herşey hiçbiri hariç, o dalın torunları.

Kladlar biyoloji çalışmasında faydalıdır çünkü biyologlar hayatın nasıl işlediğini ve zaman içinde nasıl değiştiğini inceler. Farklı türlerin ortak bir atadan nasıl türediğini ve nasıl benzer veya farklı olduklarını görmek, biyologların yaşamın farklı özelliklerinin nasıl evrimleştiğini anlamalarına yardımcı olabilir.

Aşağıdaki grafik, kladların nasıl tanımlandığını ve tanımlandığını göstermektedir. Yeşil kutu gerçek bir klad temsil etmez, çünkü en eski ortak ataların tüm ataları dahil edilmemiştir. Mavi ve turuncu kutular, aksine, ortak bir ata ve o atadan gelen tüm torunları içerdikleri için gerçek klavuzlardır.

Kladistik çalışma, organizmaları birbirleriyle ilişkilerine göre sınıflandırma çalışmasıdır.

Clades, bilim adamlarının yaşam formları arasındaki benzerlikleri ve farklılıkları ve yaşamın zaman içinde nasıl değişip geliştiğini anlamalarına yardımcı olmak için kullanılır.

Organizmaları akrabalıklarına göre sınıflandırma fikri, Darwin'in evrim teorisi ile ortaya çıkmıştır. Darwin, hayvan popülasyonlarının zamanla fiziksel özelliklerini değiştirebileceğini keşfettiğinde, popülasyonların zamanla farklı türlere ayrılabileceğini fark etti.

Daha sonra, insanlar ve maymunlar gibi benzer özelliklere sahip türlerin bir noktada aynı ortak atadan türemiş olabileceği hipotezini kurdu.

Darwin'in evrim teorisine kadar biyologlar türleri anlamaya ve yüzeysel özelliklere göre sınıflandırmaya çalışmışlardı. Örneğin, memeliler saçları olan, dört uzuvları olan ve yavrularını emziren organizmalar olarak tanımlandılar - ancak Darwin öncesi biyologlar memelilerin akraba olduğuna inanmıyorlardı, sadece benzerdi.

Bu sistemde, neden bu kadar çok farklı tür olduğu ve neden bazılarının birbirine çok benzer, bazılarının ise birbirinden oldukça farklı olduğu sorusuna yanıt bulunamamıştır.

Darwin'in evrim teorisi bu soruların cevaplarını getirdi. Pek çok organizma türü vardı çünkü pek çok farklı ortam ve bu ortamlarda hayatta kalmak için pek çok farklı "niş" vardı. Zamanla, organizmalar başarılı bir şekilde hayatta kalmalarını ve üremelerini sağlamak için birçok farklı özellik geliştirdi.

Aynı şekilde, bu, bazı hayvan türlerinin neden bu kadar farklı olduğunu, diğerlerinin ise çok benzer olduğunu açıklıyordu. Örneğin aslanlar ve kaplanlar muhtemelen yakın zamanda ortak bir atadan ayrılmışlardı. .

Bugün, kladistik çalışmaları nereden geldiğimizi anlamamıza yardımcı olmaya devam ediyor. Genetik alanındaki son gelişmeler, yaşam formları arasında bazı sürprizlere yol açan mikroskobik benzerlikler ve farklılıklar bulmamızı sağladı.

Kladistiğe moleküler biyoloji yaklaşımından ortaya çıkan bazı ilginç keşifler şunları içerir:

    hayvanlarla bitkilerden daha yakın akrabadır. Bilim adamları, genomumuzu inceledikten sonra, mantarların ve hayvanların atalarının, bitkilerin atalarının zaten ayrı bir soydan sonra ayrıldığını düşünüyorlar. Bu, mantarlar ve bitkiler arasındaki ilginç farklılıklar hakkındaki soruları yanıtlıyor ve kendi hücrelerimizin özelliklerinin nasıl evrimleştiğini anlamamıza yardımcı oluyor. – daha önce sadece “garip bir bakteri türü” olarak sınıflandırılan –, aslında modern bakterilerden tamamen ayrı bir yaşam dalıdır. Genetik ve moleküler olarak modern bakterilerden ve çok hücreli organizmalardan çok farklıdırlar.
  • Genom analizi, bizim gibi çok hücreli organizmaların aslında eski arkebakterilerden evrimleşmiş olabileceğini gösteriyor. Hücreleri şimdi bizimkinden çok farklı görünse de, kendi hücrelerimizde bulunan bazı genler, modern bakterilerde bulunmayan arkebakterilerde bulunmuştur.

İçindekiler

Filogenetik terminoloji, adları kladlara, bir atadan ve onun tüm torunlarından oluşan gruplara bağlar. Bu gruplar eşdeğer olarak monofiletik olarak adlandırılabilir. Aşağıda tartışılan atayı belirlemenin biraz farklı yolları vardır. Ata belirlendikten sonra, adın anlamı sabitlenir: ata ve onun soyundan gelen tüm organizmalar, adlandırılan taksona dahil edilir. Tüm bu organizmaları listelemek (yani tam bir sınırlama sağlamak), tam filogenetik ağacın bilinmesini gerektirir. Pratikte, doğru ağaca ilişkin yalnızca bir veya daha fazla hipotez vardır. Farklı hipotezler, farklı organizmaların adlandırılmış taksona dahil edildiği düşünülmesine yol açar, ancak adın gerçekte hangi organizmalara uygulandığını etkilemez. Bu anlamda isim teori revizyonundan bağımsızdır. [ kaynak belirtilmeli ]

Klad adlarının filogenetik tanımları

Filogenetik terminoloji, adları kladlara, yalnızca bir atadan ve onun tüm soyundan oluşan gruplara bağlar. Bu nedenle, bir dal belirtmek için gereken tek şey, atayı belirlemektir. Bunu yapmanın birkaç yolu vardır. Genellikle ata, iki veya daha fazla kişiyle olan ilişkisiyle gösterilir. belirteçler (türler, örnekler veya özellikler) açıkça belirtilenler. Diyagram, bunu yapmanın üç yaygın yolunu göstermektedir. Önceden tanımlanmış A, B ve C kladları için X klavuzu şu şekilde tanımlanabilir:

  • A düğüm tabanlı tanım okuyabilir: " son ortak ata A ve B'nin ve bu atanın tüm torunları". Böylece, A ve B'nin birleşiminin altındaki tüm çizgi, Olumsuz bu tanımla birlikte ismin atıfta bulunduğu klada aittir.
  • A şube bazlı tanım, genellikle denir kök temelli tanım, okuyabilir: " ilk Aynı zamanda C'nin de atası olmayan A'nın atası ve o atanın tüm soyundan gelenler". Böylece, A ve B'nin birleşiminin altındaki tüm çizgi (en alttaki nokta dışında) yapmak bu tanımla birlikte ismin atıfta bulunduğu klada aittir.
  • Bir apomorfi tabanlı tanım "A'nın, A tarafından miras alınan M özelliğine sahip ilk atası ve bu atanın tüm torunları" okuyabilirdi. Diyagramda M, yatay çizginin ağaçla kesiştiği noktada gelişir. Bu nedenle, bu tanımla birlikte adın atıfta bulunduğu dal, çizginin A ve B'nin son ortak atasının altındaki, M apomorfisine sahip atalara karşılık gelen bölümünü içerir. Çizginin alt kısmı hariç tutulur. B'nin M özelliğine sahip olması gerekli değildir, B'ye yol açan soyda kaybolmuş olabilir.

içinde birkaç alternatif daha sunulmuştur. filokod, [3] (aşağıya bakınız), ancak ayrıntılı olmak için hiçbir girişimde bulunulmamıştır.

Filogenetik isimlendirme, yalnızca ataların değil, aynı zamanda ilişkiler, ama aynı zamanda Emlak var olmanın. Örneğin, Neornithes'i (modern kuşlar) belirlemenin birçok yolundan biri şudur:

Neornithes, dünyanın son ortak atasından oluşur. kaybolmamış kakadu içeren en kapsayıcı klanın üyeleri Cacatua galerisi ama dinozor değil Stegosaurus armut hem de o atanın tüm torunları.

Neornithes, mevcut üyelerinin son ortak atasının aynı zamanda son ortak atası olduğu bir taç kladıdır. herşey üyeleri.

Düğüm adları Düzenle

  • taç düğümü: İlgili dalın örneklenen türlerinin en yakın tarihli ortak atası
  • kök düğüm: İlgi dalının en son ortak atası ve onun kızkardeşi

Parafiletik ve polifiletik taksonların adlarının soy temelli tanımları

İçinde filokod, yalnızca bir dal bir "filogenetik tanım" alabilir ve bu kısıtlama bu makalede gözlemlenmiştir. Bununla birlikte, yalnızca türlere veya örneklere bağlı atasal ilişkileri kullanmaları anlamında filogenetik olan diğer grupların adları için tanımlar oluşturmak da mümkündür. [4] Örneğin, Mammalia ve Aves'in (kuşların) bu şekilde tanımlandığını varsayarsak, Reptilia, "Mammalia ve Aves'in ve Mammalia ve Aves dışındaki tüm torunlarının en son ortak atası" olarak tanımlanabilir. Bu, bir parafitik grubun bir örneğidir, bir bölüm eksi bir veya daha fazla alt bölümdür. İki veya daha fazla alt grupta yakınsak bir şekilde gelişen bir özellik ile karakterize edilen polifiletik grupların adları, benzer şekilde çoklu dalların toplamı olarak tanımlanabilir. [4]

Uluslararası Zoolojik Adlandırma Yasası ve algler, mantarlar ve bitkiler için Uluslararası Adlandırma Yasası gibi geleneksel isimlendirme kodları altında, bir rütbe ile açıkça ilişkilendirilmeyen taksonlar resmen adlandırılamaz, çünkü bir ismin bir takson hem bir türe hem de bir sıraya dayanır. Bir rütbe gereksinimi, geleneksel ve filogenetik terminoloji arasındaki büyük farktır. Birkaç sonucu vardır: isimlerin uygulanabileceği yuvalanmış seviyelerin sayısını sınırlar, bir grubun sıralaması değiştiyse, tam olarak aynı üyelere sahip olsa bile (yani aynı sınırlama) isimlerin sonlarının değişmesine neden olur ve tüm taksonların monofiletik olmasıyla mantıksal olarak tutarsızdır.

Özellikle son yıllarda (filogenetikteki ilerlemeler nedeniyle), taksonomistler birçok "iç içe" taksonu (yani diğer taksonların içinde bulunan taksonlar) adlandırmışlardır. Hiçbir isimlendirme sistemi her klamı isimlendirmeye çalışmaz, bu geleneksel isimlendirmede özellikle zor olacaktır, çünkü adlandırılmış her taksona, iç içe olduğu herhangi bir adlandırılmış taksondan daha düşük bir sıra verilmelidir, bu nedenle iç içe bir kümede atanabilecek isim sayısı takson sayısı, genel olarak tanınan sıra sayısından fazla olamaz. Gauthier ve ark. (1988) [5], eğer Reptilia'ya geleneksel sınıf sıralaması atanırsa, o zaman filogenetik bir sınıflandırmanın cins sıralamasını Aves'e ataması gerektiğini öne sürdü. [6] Böyle bir sınıflandırmada, tüm

Bilinen 12.000 mevcut ve soyu tükenmiş kuş türü daha sonra bu cinse dahil edilmelidir.

Sıra tabanlı isimlendirme kodları korunurken çeşitli çözümler önerilmiştir. Patterson ve Rosen (1977) [7] bir ringa kuşağını sınıflandırabilmek için aile ve süper aile arasında dokuz yeni sıra önerdiler ve McKenna ve Bell (1997) [8] başa çıkmak için geniş bir dizi yeni sıra tanıttı. Mammalia'nın çeşitliliği ile bunlar geniş çapta benimsenmemiştir. Botanikte, çiçekli bitkilerin şu anda en yaygın olarak kullanılan sınıflandırmasından sorumlu olan Angiosperm Phylogeny Group, farklı bir yaklaşım seçti. Taksonlar arasındaki ilişkileri öğretmede ve incelemede değerli olduklarını düşünerek geleneksel aile ve düzen sıralarını korudular, ancak aynı zamanda resmi sıraları olmayan adlandırılmış dalları da tanıttılar. [9]

Mevcut kodlar ayrıca isimlerin uygulandıkları taksonların sıralarına göre belirli sonlara sahip olması gerektiğini belirten kurallara sahiptir. Bir grup, farklı sınıflandırmalarda farklı bir rütbeye sahip olduğunda, adının farklı bir son eki olmalıdır. Ereshefsky (1997:512) [6] bir örnek verdi. 1963'te Simpson ve 1981'de Wiley'nin, cinsi içeren aynı cins grubunun Homo, bir taksonda birlikte yerleştirilmelidir. Simpson bu taksonu bir aile olarak ele almış ve böylece ona "Hominidae" adını vermiştir: "Homo"dan "Homin-" ve zoolojik kod altında biten aile olarak "-idae". Wiley, kabilenin rütbesinde olduğunu düşündü ve bu yüzden ona "Hominini" adını verdi, "-ini" kabilenin sonu anlamına geliyordu. Wiley'in kabilesi Hominini, "Hominidae" adını verdiği bir ailenin yalnızca bir parçasını oluşturuyordu. Böylece, zoolojik kod altında, tam olarak aynı sınırlamaya sahip iki gruba farklı isimler verildi (Simpson's Hominidae ve Wiley's Hominini) ve aynı adı taşıyan iki gruba farklı çevreler verildi (Simpson's Hominidae ve Wiley's Hominidae).

Filogenetik terminolojide, derecelerin takson adlarının yazılışıyla hiçbir ilgisi yoktur (bkz. örneğin Gauthier (1994) [10] ve filokod). Bununla birlikte, filogenetik terminolojide rütbeler tamamen yasaklanmamıştır. Sadece isimlendirmeden ayrılırlar: hangi isimlerin kullanılabileceğini, hangi taksonların hangi isimlerle ilişkili olduğunu ve hangi isimlerin iç içe taksonlara atıfta bulunabileceğini etkilemezler. [11] [12] [13]

Geleneksel sıra tabanlı adlandırma ilkeleri, tüm taksonların kesinlikle monofiletik olmasıyla mantıksal olarak uyumsuzdur. [11] [14] Örneğin, her organizma bir cinse ait olmalıdır, bu nedenle, memelilerin ve kuşların her ortak atası için bir cins olması gerekir. Böyle bir cinsin monofiletik olması için hem Mammalia sınıfını hem de Aves sınıfını içermesi gerekir. Bununla birlikte, sıra tabanlı terminolojide sınıflar, tam tersi değil, cinsleri içermelidir.

Filogenetik ve geleneksel adlandırma arasındaki çatışma, taksonların metafiziği ve epistemolojisine ilişkin farklı görüşleri yansıtır. Filogenetik terminolojinin savunucuları için bir takson, zaman geçtikçe nitelik kazanan ve kaybeden bir birey, bir varlıktır. [15] Tıpkı bir kişinin özellikleri olgunlaşma, yaşlılık veya amnezi, uzuv kaybı veya cinsiyet değişikliği gibi daha radikal değişiklikler yoluyla değiştiğinde başka biri olmadığı gibi, bir takson ne olursa olsun aynı varlık olarak kalır. özellikler kazanılır veya kaybedilir. [16] Filogenetik terminolojinin savunucuları tarafından gözlemlenemeyen varlıklarla ilgili güçlü metafizik iddialar göz önüne alındığında, eleştirmenler yaklaşımlarına köken özcülüğü olarak atıfta bulundular. [17] [18]

Herhangi bir birey için, aynı şey olarak kalması nedeniyle zamansal aşamalarını birbirine bağlayan bir şey olmalıdır. Bir kişi için, vücudun uzam-zamansal sürekliliği, bebeklikten yaşlılığa kadar ilgili bağlantıyı sağlar, vücut dünya boyunca sürekli bir yol izler ve bebeğin herhangi bir özelliğinden ziyade bu yoldur, bebeği ve sekizinci yaşını birbirine bağlayan bu yoldur. . [19] Bu, Theseus'un Gemisi'nin iyi bilinen felsefi sorununa benzer. Bir takson için, EĞER özellikleri ilgili değilse, O ZAMAN Devoniyen'i birbirine bağlayan yalnızca atasal ilişkiler olabilir. Rhyniognatha hirsti Modern hükümdar kelebeği ile takson Insecta'nın 400 milyon yıl ile ayrılmış temsilcileri olarak. [16] Karşı taraf, bu kıyasın öncülünü sorguluyor ve epistemolojik bir perspektiften, takson üyelerinin yalnızca karakterleri temelinde ampirik olarak tanınabileceğini ve ortak ataya ilişkin hipotezlerin a priori öncüller değil, sistematiğin sonuçları olduğunu savunuyor. . Bilim adamlarının bir fosili taksonomik bir gruba ait olarak tanımasına izin veren hiçbir karakter yoksa, o zaman bu sadece sınıflandırılamayan bir kaya parçasıdır. [20]

Bir taksonun devamlılığı için atalar yeterliyse, o zaman bir takson üyesinin tüm torunları da taksona dahil edilecektir, bu nedenle tüm iyi niyetli taksonlar monofiletiktir, parafiletik grupların isimleri resmi olarak tanınmaz. "Pelycosauria", bazı Permiyen tetrapodlarını içeren ancak onların mevcut torunlarını içermeyen bir parafitik grubu ifade ettiğinden, geçerli bir takson adı olarak kabul edilemez. Yine, yalnızca monofiletik grupların adlandırılması gerektiği fikrine karşı çıkmamakla birlikte, ampirist sistemciler, pelikozorların tam da bazılarının daha yakından olduğunu gösteren bir sinapomorfi ve semplesiomorfi kombinasyonu sergiledikleri için parafiletik olarak kabul edildiğine işaret ederek bu soy özcülüğüne karşı çıkıyorlar. diğer pelikozorlardan daha çok memelilerle ilgilidir. Bir fosil topluluğunun maddi varlığı ile bir dal olarak statüsü aynı mesele değildir. Monofiletik gruplar, ortak ataların çıkarımına izin veren kanıtlar olan, ilgi çekici özellikleri - sinapomorfileri - paylaştıkları için dikkat çekmeye ve adlandırmaya değer. [21]

Filogenetik isimlendirme, Jean-Baptiste Lamarck ve Charles Darwin ve Ernst Haeckel gibi sonraki yazarların şemalarında temsil edilen, evrim sürecinde dallanmanın genel kabulünün semantik bir uzantısıdır. [23] 1866'da Haeckel ilk kez o zamanlar kabul edilen mevcut yaşam sınıflandırmasına dayalı olarak tüm yaşamın tek bir ağacını inşa etti. Bu sınıflandırma rütbeye dayalıydı, ancak Haeckel'in polifiletik olarak kabul ettiği taksonları içermiyordu. İçinde Haeckel, adında monofilik bir çağrışım taşıyan filum rütbesini tanıttı (kelimenin tam anlamıyla "gövde" anlamına gelir).

O zamandan beri, "sayısal sınıflandırma" (fenetik) ile "evrimsel sınıflandırma" (gradistik) arasında değişen görüşlerle, yaşamın filogenisine ilişkin anlayışımızın hangi yollarla ve ne ölçüde sınıflandırılması için bir temel olarak kullanılması gerektiği tartışılmaktadır. "filogenetik sistematiği". 1960'lardan itibaren, ara sıra sıra dışı sınıflandırmalar önerildi, ancak genel olarak geleneksel terminolojinin ilkeleri ve ortak dili, üç düşünce okulu tarafından da kullanıldı.

Bununla birlikte, filogenetik isimlendirmenin temel ilkelerinin çoğu (zorunlu sıraların eksikliği ve filogenetik tanımlara yakın bir şey), Edwin Goodrich'in [24] 40 yıl önce TH Huxley tarafından dikilen Sauropsida adını yorumladığı 1916 yılına kadar izlenebilir. kuşları (Aves) ve Reptilia'nın bir parçasını içerir ve memelileri ve Reptilia'nın başka bir bölümünü içerecek şekilde Theropsida yeni adını türetti. Bu taksonlar, geleneksel olarak zoolojik adlandırma kurallarına göre yönetilen seviyelerin üzerinde var olduklarından, Goodrich dereceleri vurgulamadı, ancak çeşitli gruplara ait fosilleri tanımak ve sınıflandırmak için gerekli tanısal özellikleri açıkça tartıştı. Örneğin, arka ayağın beşinci metatarsıyla ilgili olarak, "gerçekler görüşümüzü destekliyor, çünkü bu erken sürüngenlerin Amfibi ataları gibi normal metatarsalları var. O halde, burada değerli bir doğrulayıcı karaktere sahip olduğumuz açıktır. belirli bir türün Theropsidan'a mı yoksa Sauropsidan evrim çizgisine mi ait olduğuna karar vermemize yardımcı olur." Goodrich makalesini şu şekilde sonlandırdı: "Bu karakterlere sahip olmak, yaşayan tüm Reptilia'ların Sauropsidan grubuna ait olduğunu gösterirken, ayağın yapısı, tam olarak bilinmeyen birçok fosil cinsinin benzerliklerini belirlememize ve yalnızca belirli soyu tükenmiş türlerin bu türe ait olduğu sonucuna varmamıza olanak tanır. Theropsidan şubesine ait." Goodrich, sürüngenlerin soyoluşları daha iyi bilindiği zaman Reptilia adının terk edilmesi gerektiği kanısındaydı.

Yalnızca kladların resmi olarak adlandırılması gerektiği ilkesi, 20. yüzyılın ikinci yarısında bazı çevrelerde popüler hale geldi. Kladları (kladistik) keşfetme yöntemleriyle birlikte yayıldı ve filogenetik sistematiğinin ayrılmaz bir parçasıdır (yukarıya bakın). Aynı zamanda, geleneksel adlandırma sistemlerinin bir parçası olan zorunlu derecelerin sorunlar ürettiği ortaya çıktı. Bazı yazarlar, Willi Hennig'in rütbeleri jeolojik yaş sınıfları olarak tanımlamaya yönelik önceki önerisini terk etmesinden [25] başlayarak, onları tamamen terk etmeyi önerdiler. [26] [27]

Bir yayında filogenetik terminolojinin ilk kullanımı 1986'ya tarihlenebilir. [28] Filogenetik terminolojinin ilkelerini özetleyen teorik makalelerin yanı sıra filogenetik terminoloji uygulamalarını (çoğunlukla omurgalılara) içeren başka yayınlar da hemen ardından geldi (bkz. Literatür bölümü). .

Sistematik toplulukta bir bölünmeyi önlemek amacıyla, "Gauthier, ICZN'nin iki üyesine, zoolojik kod tarafından yönetilen resmi taksonomik isimleri yalnızca kladlara (en azından türler üstü taksonlar için) uygulamalarını ve Linnean saflarını terk etmelerini önerdi, ancak bu ikisi üyeler bu fikirleri hemen reddettiler" (Laurin, 2008: 224). [29] Geleneksel terminolojideki isimlerin öncülü, nihai olarak, tip örneklerine dayanır ve grupların sınırlandırılması, belirli gruplar üzerinde çalışan sistematikçiler tarafından yapılan bir sınıflandırma kararından ziyade, belirli gruplar üzerinde yapılan taksonomik bir seçim olarak kabul edilir. İsimlendirme Kodları. [30] Taksonomik sınırlamaları isimlendirme tanımlarına dahil etme arzusu, Kevin de Queiroz ve botanikçi Philip Cantino'nun kendi isimlendirme kurallarını, filokod, filogenetik isimlendirmeyi düzenlemek için.

Willi Hennig'in öncü çalışması, filogenetik terminolojiye karşı Linnaean taksonomisinin veya günümüze kadar devam eden ilgili evrimsel taksonominin ilgili yaklaşımının göreceli değerleri hakkında ateşli bir tartışmayı [31] kışkırttı. [32] Cladistlerin dahil olduğu bazı tartışmalar 19. yüzyıldan beri devam ediyordu. [33] Hennig, farklı sınıflandırma şemalarının farklı amaçlar için yararlı olduğunda ısrar ederken, [34] kendi sisteminin kategorilerinin morfolojinin "zamansız soyutlamaları"nın aksine "bireysellik ve gerçekliğe" sahip olduğunu iddia ederek, kendikine öncelik verdi. dayalı sınıflandırmalar [35]

Kladistik akıl yürütmeye dayalı resmi sınıflandırmaların, tanımlayıcı özellikler pahasına ataları vurguladığı söylenir. Bununla birlikte, günümüzde çoğu taksonomist, Linnaean taksonomisinde mümkün olduğunu düşündüklerinde parafiletik gruplardan kaçınırlar. Birçok kladist, geleneksel Zoolojik ve Botanik Adlandırma Kodlarının kladistik yaklaşımlarla tamamen uyumlu olduğunu ve 250 yıldır iyi işleyen bir isim sistemini yeniden icat etmeye gerek olmadığını savunur [36] [37] [38]

NS ICPN, veya filokod, filogenetik isimlendirme için bir kurallar ve öneriler kodudur.

  • NS ICPN sadece dal isimlerini düzenler. Türlerin isimleri, geleneksel isimlendirme kodlarının kurallarına dayanır.
  • ICPN içindeki isimler ve tanımlar için Öncelik İlkesi (veya "öncelik") talep edilir. Öncelik için başlangıç ​​noktası 30 Nisan 2020 idi.
  • Mevcut adların tanımları ve tanımları ile birlikte yeni adlar, hakemli çalışmalarda (başlangıç ​​tarihinde veya sonrasında) yayınlanmış olmalı ve geçerli olabilmesi için çevrimiçi bir veritabanına kaydedilmelidir.

Yaygın olarak benimsenmesi için destekçilerin sayısı filokod hala küçük ve ne kadar izleneceği belirsiz.

  1. ^ Uluslararası Zoolojik Adlandırma Komisyonu (1999). "Sözlük". Uluslararası Zoolojik Adlandırma Kodu (4. baskı). ISBN978-0-85301-006-7 .
  2. ^
  3. Benton, Michael J. (2005). Omurgalı Paleontolojisi. Blackwell. P. 214. ISBN978-0-632-05637-8 .
  4. ^
  5. Cantino, Philip D. & de Queiroz, Kevin (2010). "Madde 9. Klan Adlarının Belirlenmesi İçin Genel Gereklilikler". Uluslararası Filogenetik Adlandırma Kodu. 4c. not 9.3.1. .
  6. ^ aB
  7. de Queiroz, K. Gauthier, J. (1990). "Taksonomide merkezi bir ilke olarak filogeni: takson adlarının filogenetik tanımları". Sistematik Zooloji. 39 (4): 307-322. doi:10.2307/2992353. JSTOR2992353.
  8. ^ Gauthier, J., Estes, R. & de Queiroz, K. 1988. A Phylogenetic Analysis of Lepidosauromorpha. kişi 15–98, R. Estes & G. Pregill (eds): Kertenkele Ailelerinin Filogenetik İlişkileri: Charles L. Kampını Anma Denemeleri. Stanford Üniversitesi Yayınları. 978-0-8047-1435-8
  9. ^ aB
  10. Eresefsky, M. (1997). "Linnaean Hiyerarşisinin Evrimi". Biyoloji ve Felsefe. 12 (4): 493–519. doi:10.1023/A:1006556627052. S2CID83251018.
  11. ^ Patterson, C. & Rosen, D. 1977 Ichthyodectiform ve diğer Mezozoik teleost balıklarının gözden geçirilmesi ve fosillerin sınıflandırılması teorisi ve pratiği. Amerikan Doğa Tarihi Müzesi Bülteni 158: 81-172.
  12. ^ McKenna, M.C. & Bell, S.K. 1997. Tür Düzeyinin Üstündeki Memelilerin Sınıflandırılması. Columbia Üniversitesi Yayınları. 0-231-11012-X
  13. ^
  14. Angiosperm Filogeni Grubu (1998). "Çiçekli bitkilerin aileleri için bir sıralı sınıflandırma". Missouri Botanik Bahçesi Yıllıkları. 85 (4): 531-553. doi:10.2307/2992015. JSTOR2992015. S2CID82134384.
  15. ^ Gauthier, J. A. 1994. Amniyotların çeşitlendirilmesi. kişi 129–159: D. R. Prothero ve Rainer R. Schoch (eds): Omurgalı evriminin başlıca özellikleri. Paleontoloji Derneği.
  16. ^ aB
  17. de Queiroz, K. Gauthier, J. (1992). Filogenetik taksonomi [hasta]". Annu. Rev. Ecol. sistem. 23: 449–480.
  18. ^
  19. Cantino, P.D. (2000). "Filogenetik isimlendirme: bazı endişeleri ele almak". takson. 49 (1): 85-93. doi:10.2307/1223935. JSTOR1223935.
  20. ^
  21. Bryant, H.N. Cantino, P.D. (2002). "Filogenetik isimlendirme eleştirilerinin gözden geçirilmesi: taksonomik özgürlük temel mesele midir?". Biol. Rev. 77 (1): 39-55. doi:10.1017/S1464793101005802. PMID11911373. S2CID20518066.
  22. ^
  23. Kazlev, M. A. "Kladistik ve Linnaean sistemler - uyumsuz veya tamamlayıcı mı?". (palaeos.com). 10 Temmuz 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi. 30 Eylül 2012'de alındı.
  24. ^
  25. Assis, L.C.S. Brigandt, I. (2009). "Homoloji: Sistematik ve Evrimde Homeostatik Özellik Kümesi Çeşitleri" (PDF) . Evrimsel Biyoloji. 36 (2): 248–255. doi:10.1007/s11692-009-9054-y. S2CID363300. [kalıcı ölü bağlantı]
  26. ^ aB
  27. Rowe, Timothy (1988). "Mammalia'nın tanımı, teşhisi ve kökeni" (PDF) . Omurgalı Paleontolojisi Dergisi. 8 (3): 241–264. doi:10.1080/02724634.1988.10011708.
  28. ^
  29. Winsor, Mary P. (2009). "Tasonomi, Darwin'in evriminin temeliydi". takson. 58: 43–49. doi:10.1002/vergi.581007.
  30. ^
  31. Rieppel, Olivier (2010). "Biyolojide yeni özcülük". Bilim Felsefesi. 36 (5): 662–673. doi:10.1086/656539. S2CID86958171.
  32. ^
  33. Wiggins, David (1967). Kimlik ve Mekân-zamansal Süreklilik. Oxford Üniversitesi Yayınları. ISBN978-0631103707 .
  34. ^
  35. Tarayıcı, Andrew VZ. (2016). "Ağaç-düşünme". çıkarım. 2.
  36. ^
  37. Hennig, Willi (1966). Filogenetik Sistematiği. Illinois Üniversitesi - Urbana.
  38. ^Haeckel, E.H. Ph.A. 1866. Generelle Morphologie der Organismen. Georg Reimer.
  39. ^
  40. Ragan, Mark A. (2009). "Darwin öncesi ve sonrası Ağaçlar ve ağlar". Biyoloji Doğrudan. 4 (43): 43. doi:10.1186/1745-6150-4-43. PMC2793248 . PMID19917100.
  41. ^
  42. Goodrich, E.S. (1916). "Reptilia'nın sınıflandırılması üzerine". Royal Society B'nin Bildirileri. 89 (615): 261-276. Bibcode:1916RSPSB..89..261G. doi: 10.1098/rspb.1916.0012 .
  43. ^Hennig, W. 1969. Die Stammesgeschichte der Insekten. Waldemar Kramer.
  44. ^ Hennig, W. 1950. Grundzüge einer Theorie der filogenetischen Systematik. Deutscher Zentralverlag.
  45. ^
  46. Hennig, W. (1965). "Filogenetik Sistematiği". Entomolojinin Yıllık İncelemesi. 10: 97-116. doi:10.1146/annurev.en.10.010165.000525.
  47. ^Gauthier, J. 1986. Saurischian Monophyly ve Kuşların Kökeni. kişi 1–55, K. Padian'da (ed.): Kuşların Kökeni ve Uçmanın Evrimi. California Bilimler Akademisi'nin 8. Anıları.
  48. ^
  49. Laurin, M. (2008). "Biyolojik terminolojinin muhteşem izolasyonu". Zoolojik Senaryo. 37 (2): 223–233. doi:10.1111/j.1463-6409.2007.00318.x. S2CID85020798.
  50. ^
  51. Tarayıcı, Andrew VZ (2020). "Varışta ölü: 20+ yıl sonra" filogenetik terminolojinin "postmortem değerlendirmesi". kladistik. 37 (6): 627-637. doi:10.1111/cla.12432.
  52. ^
  53. Wheeler, Quentin (2000). Tür Kavramları ve Filogenetik Teori: Bir Tartışma. Columbia Üniversitesi Yayınları. ISBN978-0-231-10143-1 .
  54. ^
  55. Benton, M.J. (2000). "Kökler, düğümler, taç kladları ve rütbesiz listeler: Linnaeus öldü mü?" (PDF) . Biyolojik İncelemeler. 75 (4): 633–648. CiteSeerX10.1.1.573.4518 . doi:10.1111/j.1469-185X.2000.tb00055.x. PMID11117201. S2CID17851383. Orijinalinden (PDF) 2017-08-09 tarihinde arşivlendi. 2011-08-26 alındı.
  56. ^
  57. Hull, David (1988). Bir Süreç Olarak Bilim. Chicago Üniversitesi Yayınları. s. 232–276. ISBN978-0-226-36051-5 .
  58. ^
  59. Hennig, Willi (1966). Filogenetik sistematiği (tr. D. Dwight Davis ve Rainer Zangerl). Urbana, IL: Üniv. Illinois Press (1979 ve 1999'da yeniden basılmıştır). P. 9. ISBN978-0-252-06814-0 .
  60. ^Hennig 1966, s. 81 harvnb hatası: birden fazla hedef (2×): CITEREFHennig1966 (yardım)
  61. ^ Nixon, Kevin C. ve James M. Carpenter. "Diğer "filogenetik sistematiği" üzerine." Cladistics 16, hayır. 3 (2000): 298-318.
  62. ^ Schuh, Randall T. "Linnaean sistem ve 250 yıllık kalıcılığı." Botanik İnceleme 69, no. 1 (2003): 59.
  63. ^ Tarayıcı, Andrew VZ. "Varışta ölü: 20+ yıl sonra "filogenetik terminoloji"nin ölüm sonrası değerlendirmesi." (2020) Kladistik 36(6):627-637.

Kaynaklarda belirtilmeyen birkaç yayın burada alıntılanmıştır. Uluslararası Filogenetik Adlandırma Derneği'nin web sitesinde filogenetik terminoloji hakkında kapsamlı bir yayın listesi bulunabilir.


FAU Araştırma Günlük

Her ikisi de Harriet L. Wilkes Honors College'dan biyoloji profesörü Jon A. Moore ve biyoloji alanında yardımcı doçent olan Susan L. Richardson, Ph.D. adlı yeni bir kitapta yayınlandı. "Phylonyms: PhyloCode'a Bir Yoldaş." Filonimler, eşzamanlı olarak yayınlanan “Uluslararası Filogenetik Adlandırma Kodu (PhyloCode)” ile birlikte verilen bir cilttir.

20 yılı aşkın bir çalışmanın ürünü olan bu iki yayın, kategorize etme ve sınıflandırma için rütbe tabanlı sistemin başlangıcını işaret eden dönüm noktası niteliğindeki “Systema Naturae”nin ilk baskısının yayınlanmasından 285 yıl sonra alternatif bir kurallar dizisinin resmileştirilmesine yardımcı oluyor. hayatı adlandırmak. PhyloCode olarak bilinen bu sistem, evrimsel ilişkilere dayalı olarak bilimsel isimler tanımlar.

PhyloCode, türlerin filogenetik ilişkilerine (bir tür evrim ağacı) dayalı olarak türlerin gruplarını (ilgili grupları) adlandıran bir sistem sağlar. The Linnean system of creating ranked categories (e.g., genus, subfamily, family, order, etc.) was never very well defined and initially predated ideas of evolution, and so did not incorporate evolutionary relatedness until much later,“ said Moore. “Even now, the ideas used to define relatedness in the Linnean system are inconsistently applied and not explicit in their definitions of what is or isn’t in a certain group. The PhyloCode formalizes how clades are named and defined. The Phylonyms book provides formal examples of clade names and their definitions that were either previously named for valid clades by earlier investigators or newly named by the authors of the various chapters within the book.”

Moore is the lead author for formal definitions of ten clades of bony fishes, including naming five new groups (Osteichthyes, Pan-Osteichthyes, Actinopterygii, Pan-Actinopterygii, Actinopteri, Pan-Actinopteri, Neopterygii, Pan-Neopterygii, Teleostei, Pan-Teleostei). Richardson is the lead author for the formal definition for the clade Foraminifera, a diverse group of shelled protists. She is also a founding member of the International Society for Phylogenetic Nomenclature and a member of the Committee on Phylogenetic Nomenclature.


What are some examples of clades?

A clade is a group of organisms that evolved from a common ancestor. Eutheria is one mammalian clade and the other is Metatheria, which includes marsupials. The order primates can be considered a clade, as all members are descended from one common ancestor roughly that lived 60 million years ago. Another example of a clade could be birds: they all also descended from a common ancestor.

Check out this image from University of California Museum of Paleontology's Understanding Evolution series that will hopefully make things a bit more clear:

The bottom two images are not examples of clades because they exclude certain species or groups. Let's look at the orange example. If I trace my way back to the common ancestor (the very first line before it splits into two), I see that the line on the far right descends from this same common ancestor, but it is not included in the orange box meant to represent a clade. Thus, this is not a clade because the species on the far right is excluded.


Tragic waste

Taxonomists, already thin on the ground, are frantic to catalogue as much of the world’s biodiversity as they can before it disappears. “We’re the last generation that will have access to this enormous diversity of species, and to piddle away our time implementing a new system is a tragic waste,” says Quentin Wheeler, an insect taxonomist at Cornell University in Ithaca, New York.

The implications are more than just academic. The machinery of conservation, from laws like the US Endangered Species Act to international agreements such as the Convention on International Trade in Endangered Species, is based on the existing system of names.

“Trying to change that system of naming right now would be utter chaos,” says John Kress, a botanist at the Smithsonian Institution who works extensively with government agencies on biodiversity issues.

Savvy traders in endangered species would be quick to exploit any ambiguities during the changeover, says Dennis Stevenson of the New York Botanical Garden, who serves on the cycad specialist group for the World Conservation Union (IUCN).

Donoghue concedes that the transition may bring some uncertainties. “The prudent thing to do is to experiment with this,” he says. “Then we’ll understand the pros and cons much better and we can either modify things or decide not to do it at all. But my guess is that once we’ve done the experiment we’ll end up strongly preferring the PhyloCode.”

Given the hostile reception PhyloCode has received so far, they have a lot of convincing to do.


New books present the PhyloCode, an evolution-based system for naming organisms

A new book outlines the rules of the PhyloCode, a system for naming organisms based on their evolutionary relationships. Credit: CRC Press

Move over, Linnaeus: There's a new way of naming organisms.

Scientists have formalized an alternative set of rules 285 years after the publication of the first edition of "Systema Naturae," the landmark volume marking the beginning of the rank-based system for categorizing and naming life. Known as the PhyloCode, this system defines scientific names based on evolutionary relationships.

Two new books, "International Code of Phylogenetic Nomenclature (PhyloCode)" and "Phylonyms: A Companion to the PhyloCode," outline the rules of the PhyloCode and apply them to some of nature's major clades—groups of organisms consisting of an ancestor and all its descendants.

"This is truly the most significant contribution to the scientific naming system since Linnaeus," said Nico Cellinese, treasurer of the International Society for Phylogenetic Nomenclature, which oversaw the publication of the books and ratified the rules.

Cellinese, associate curator of bioinformatics at the Florida Museum of Natural History and the University of Florida Herbarium, heralded the PhyloCode as "a nomenclature system for the modern age. This provides us with a tool to communicate tree-based concepts," she said, referring to phylogenetics, the study of the evolutionary relationships between organisms.

The product of more than 20 years' labor, "PhyloCode" is the work of Kevin de Queiroz, research zoologist at the Smithsonian's National Museum of Natural History, and Philip Cantino, professor emeritus of environmental and plant biology at Ohio University. De Queiroz, Cantino and Jacques Gauthier of Yale University also edited the accompanying volume "Phylonyms," in which nearly 200 experts established PhyloCode-governed names and phylogenetic definitions for many clades of organisms.

De Queiroz said when he and Gauthier first discovered the underlying theoretical principle of the PhyloCode in the mid-1980s, their intent was not to create a new scientific naming system.

"We just kind of stumbled on this idea," he said. "We were trying to decide where to place certain names on a phylogenetic tree. In the process of talking about it, we realized there could be a different way of defining names—by describing evolutionary relationships. Since definitions are the foundation of any naming system, this opened up the possibility for a new system: the PhyloCode."

Linnaeus' system predated the concept of evolution by more than 100 years and therefore lacked the ability to incorporate newfound knowledge about ancestral relationships between organisms, said Pamela Soltis, curator of the Florida Museum's Molecular Lab, distinguished professor at UF and president of the International Society for Phylogenetic Nomenclature.

"Linnaeus was revolutionary. But it's important to remember that he established these ranks more than a century before we knew about evolution," she said. "So, why do we keep trying to put what we know about evolution in a system that wasn't built to reflect it?"

While the tradition of ranking life forms dates back to Plato and Aristotle, Linnaeus refined that tradition, creating a formal hierarchy of categories—such as kingdoms, classes, orders and species—that nested within one another. But these ranks are ultimately human constructs and often rely on subjective criteria, which can lead to confusion and instability. When a name changes based on new findings, it can have a cascading effect, de Queiroz said.

A phylogeny is a map of the evolutionary relationships between organisms. This tree represents the relationships between green plants. Credit: Leebens-Mack et al. In Nature

Take termites, which until about a decade ago, made up the order Isoptera. Subsequent studies showed they're actually a subgroup of roaches, which had their own order, Blattodea. This resulted in the "demotion" of termites to the rank of family and a cascade of headache-inducing name changes down through its subgroups—even though termites, as a clade of organisms with a common ancestor, did not change.

"With the PhyloCode, that doesn't happen. You can use ranks, but they have no role in the naming," Cantino said. "We're retaining most existing names, but tying them to clades so that they won't change if they change in rank. Once we made the decision that the PhyloCode would govern only clade names, not species names, which are still governed by the traditional codes, we did whatever we could to make the two systems compatible."

Another benefit of the PhyloCode is increased clarity, said Cellinese, who spearheaded the development of RegNum, the online registration database for names created using the rules of the PhyloCode, including those in "Phylonyms."

"Clades have very well-defined points of references—the tree, ancestors, nodes, branches," she said. "Otherwise, you have to rely on ranks, which don't exist in nature, or groups defined by traits, physical characteristics that can be ambiguous. What looks red to you may look pink to me."

This subjectivity also makes groups defined by traits difficult to compute with algorithms, she said.

De Queiroz likened it to searching for a house using subjective directions such as "Turn right at the tall tree." The PhyloCode offers a definition that is akin to GPS coordinates, making it easier to use computer programs to navigate evolutionary trees.

The PhyloCode is not without its opponents, and much of de Queiroz and Cantino's time has been spent responding to critiques. But the authors said they hope the younger generation of scientists, who have been brought up on "tree thinking," will embrace the system and step into leadership roles to further develop it in the future.

What might Linnaeus have said about this new system? Soltis was optimistic.

"I think if he knew what we know now, he would say, 'Do it.'"

The books are now available for preorder from CRC Press, part of the Taylor and Francis Group, and will publish June 9.

Cellinese, Soltis and the Florida Museum's Douglas Soltis and Walter Judd contributed names to the "Phylonyms" volume.


Towards a phylogenetic nomenclature of trakeofit

Department of Environmental and Plant Biology, Ohio University, Athens, Ohio, 45701 U.S.A.

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

Section of Evolution and Ecology, University of California, Davis, California, 95616 U.S.A.

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

UBC Botanical Garden and Centre for Plant Research, 6804 SW Marine Drive, The University of British Columbia, Vancouver, British Columbia, Canada, V6T 1Z4

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

Department of Botany, University of Florida, Gainesville, Florida, 32611-8526 U.S.A.

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

Department of Biology, P.O. Box 355325, University of Washington, Seattle, Washington, 98195-5325 U.S.A.

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

Department of Botany, University of Florida, Gainesville, Florida, 32611-8526 U.S.A.

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

Florida Museum of Natural History, University of Florida, Gainesville, Florida, 32611 U.S.A.

Department of Ecology & Evolutionary Biology and Peabody Museum of Natural History, Yale University, P.O. Box 208106, New Haven, Connecticut, 06520-8106 U.S.A.

Department of Environmental and Plant Biology, Ohio University, Athens, Ohio, 45701 U.S.A.

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

Section of Evolution and Ecology, University of California, Davis, California, 95616 U.S.A.

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

UBC Botanical Garden and Centre for Plant Research, 6804 SW Marine Drive, The University of British Columbia, Vancouver, British Columbia, Canada, V6T 1Z4


Soyut

The past three decades of research have greatly advanced our understanding of phylogenetic relationships in the family Leguminosae. It has become clear in recent years that our classification system is in need of significant updating if it is to reflect our current understanding of the phylogeny of the family and facilitate effective communication of that knowledge. The goal of this paper is to suggest a set of guidelines for formally defining and naming clades, which draws on many of the recommendations embodied in the draft International Code of Phylogenetic Nomenclature or “PhyloCode”. I provide specific examples of phylogenetic nomenclature applied to several well recognized and well-supported, informally named papilionoid clades to serve as a model for standardizing legume clade names by the legume community in the future. For the most part the clades named here are below subfamily and above tribal ranks in the Linnaean system. It is my contention that a new Linnaean classification, designed to reflect phylogeny, and a clade-based system of phylogenetic nomenclature are mutually complementary approaches to achieving a new classification of the legume family.


The Nouns of Names on NEXUS

Programming is a mystery to most folks. They see a bunch of overpunctuated gobbledygook with words strewn about here and there and it's completely opaque. They know that it somehow translates into the functionality of the applications, games, websites, etc. that they use. But they have no inroads to understanding how on Earth that works.

I will now attempt a (very) partial explanation for the phylogenetics-literate crowd.

One thing people don't understand is that object-oriented computer languages (which is what I primarily use) are actually designed to be compatible with how humans think. Or at least, they're a sort of compromise between how computers think and how humans think. Natural languages, of course, are totally biased toward how humans think, while machine codes (and their slightly dressed-up cousins, assembly languages) are totally biased toward how computers think. (There are also functional languages which are slightly more computer-biased than object-oriented languages.)

Like natural languages, object-oriented languages have nouns, except they're called nesneler. They also have verbs, except they're called yöntemler. Methods are usually (but not always) attached to objects. Objects can have attributes which are themselves other objects&mdashthese are called alanlar, and they can work a bit like adjectives (although that's not a perfect analogy).

One of the first tasks I do as a programmer when approaching a new project is to figure out what the nouns of the project are. These will be used as the basis for sınıflar, which are the templates which objects (and their methods and fields) are created from.

So let's use Names on NEXUS as an example. This is my project, hinted at in my paper, to relate the data in NEXUS files (Maddison et al. 1997) to definitions of names as governed by the PhyloCode. So my first step is to come up with lists of nouns (i.e., class candidates) for each side of the equation:

PhyloCode (nomenclature)scientific name (or nomen), uninomen, binomen, prenomen, genus name, clade name, phylonym, definition
PhyloCode (specification)specifier, species, specimen, specimen collection, specimen accession, apomorphy, definition
NEXUSNEXUS file, tree, tree element, tree node, tree terminus, character state
sharedphylogeny, citation, piece of literature, calendar date, URI

The goal of this project is to translate a PhyloCode definition (associated with a phylonym) into a list of NEXUS taxa (i.e., operational taxonomic units) using a NEXUS tree. For that to happen, there need to be some additional nouns that help relate NEXUS entities to PhyloCode entities:

Names on NEXUScharacter state specifier, taxon specifier, character state link, taxon link

The next step is to figure out how these nouns&mdashthese classes&mdashrelate to each other. Typically, this involves statements of the form "x bir Y" (which has to do with class hierarchy) and the forms "x sahip Z", "x has one or more Zs", "x has zero or more Zs", etc. (which have to do with fields). I'll also translate these nouns into capitalized "camel-humped" format, the standard format for class names in the languages I use. Lower-case "camel-humped" nouns are of primitive types (numbers, strings, Booleans) which I don't need to make a class for.

  • A LiteraturePiece sahip CalendarDate, one or more authorNames, and zero or more URI s.
  • A Alıntı sahip LiteraturePiece and zero or more authorNames.
  • A Nomen sahip Alıntı, bir orthography, and zero or more URIs.
  • A Uninomen bir Nomen.
  • A Binomen bir Nomen ve bir Phylonym, and has a Prenomen ve bir Uninomen.
  • A GenusName bir Uninomen ve bir Prenomen.
  • A CladeName bir Uninomen, a Phylonym, and a Prenomen.
  • A PhyloDefinition sahip Alıntı, a Phylonym, one or more Specifiers, a prose statement, and a mathML statement(see my paper for details on the last one).
  • A Specifier has zero or more URIs.
  • Bir Apomorphy bir CharStateSpecifier, and has a tanım ve bir Alıntı.
  • A Örnek bir TaxonSpecifier, and has one or more SpecimenAccessions.
  • A SpecimenAccession sahip kod ve bir SpecimenCollection.
  • A SpecimenCollection sahip kod, a isim, and zero or more URIs.
  • A Türler bir TaxonSpecifier, and has one or more Binomens (binomina) and one or more Örneks (name-bearing types).
  • A NexusFile vardır textData, zero or one Alıntıs, zero or more URIs, a numTaxa amount, a numChars amount, two or more CharStates, zero or more Ağaçs, zero or more CharStateLinks, and zero or more TaxonLinks.
  • A CharState has a character dizin and a character puanlama.
  • A Ağaç sahip TreeNode.
  • A TreeNode bir TreeElement and has two or more TreeElements.
  • A TreeTerminus bir TreeElement and has a taxonIndex.
  • A CharStateSpecifier bir Specifier.
  • A TaxonSpecifier bir Specifier.
  • A CharStateLink sahip CharState ve bir CharStateSpecifier.
  • A TaxonLink sahip taxonIndex ve bir TaxonSpecifier.

Now I can describe the core functionality of Names on NEXUS. Taking a NexusFile, the user selects one of its Ağaçs. Next, the application finds all PhyloDefinitions whose Specifiers are each referred to by one of the NexusFile's CharStateLinks or TaxonLinks. Using the Ağaç ve her biri PhyloDefinition's mathML statement, it correlates the PhyloDefinition's Phylonym to a set of taxon indices in the NexusFile.

Of course, this is not all the application will do. (In fact, I've been done with that part of the programming for a while now.) There will also need to be a lot of programming for saving these data permanently in a database, presenting the data to the user, and making it easier for the user to enter data (for example, by creating methods for coming up with specifier suggestions based on definition statements). This may take a while.


Videoyu izle: WikiVert. PhyloCode. (Mayıs Ayı 2022).