Bilgi

10.3: Moleküler İşaretleyicilerin Uygulamaları - Biyoloji

10.3: Moleküler İşaretleyicilerin Uygulamaları - Biyoloji



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Moleküler belirteçlerin çeşitli özellikleri onları genetikçiler için faydalı kılar. Birincisi, DNA polimorfizmlerinin ortaya çıkma ve korunma biçimleri nedeniyle, genom boyunca sık görülürler. İkincisi, fenotipik olarak nötr olduklarından, iki birey arasında farklılık gösteren belirteçleri bulmak nispeten kolaydır. Üçüncüsü, nötr olmaları, gen etkileşimleri veya fenotipten genotipin çıkarılmasını zorlaştıran diğer etkiler hakkında endişelenmeden yüzlerce lokusun çalışılmasını da mümkün kılar. Son olarak, göz rengi veya taç yaprağı rengi gibi görünür özelliklerden farklı olarak, moleküler bir işaretleyicinin fenotipi herhangi bir doku veya gelişim aşamasında tespit edilebilir ve milyonlarca farklı lokusta moleküler fenotipleri puanlamak için aynı tip tahlil kullanılabilir. Bu nedenle, moleküler belirteçlerin nötralitesi, yüksek yoğunluğu, yüksek derecede polimorfizmi, birlikte baskınlığı ve tespit kolaylığı, birçok araştırma alanında geniş çapta benimsenmesine yol açmıştır.

DNA polimorfizmlerinin çoğu genomun doğal bir parçası olduğunu tekrar vurgulamakta fayda var. Genetikçiler, bu polimorfizmleri, bir popülasyondaki birkaç kişiden rastgele DNA dizi parçalarının karşılaştırılması dahil olmak üzere çeşitli şekillerde keşfederler. Moleküler belirteçler tanımlandıktan sonra, aşağıdakiler de dahil olmak üzere birçok şekilde kullanılabilirler:

DNA parmak izi

Alelik genotipleri çoklu moleküler markör lokuslarında karşılaştırarak, iki DNA örneği arasındaki benzerlik olasılığını belirlemek mümkündür. Belirteçler farklıysa, o zaman açıkça DNA farklı kaynaklardan gelir. Eğer farklı değillerse, farklı kaynaklardan gelme ihtimalleri tahmin edilebilir – örneğin aynı kaynaktan geliyorlar. Örneğin, bir adli bilim adamı, bir silahta bulunan kan örneğinin belirli bir şüpheliden geldiğini kanıtlayabilir. Benzer şekilde, bir şüphelinin kamyonetinin arkasındaki yapraklar, olay mahallindeki belirli bir ağaçtan geldi. DNA parmak izi, babalık testlerinde (Şekil (PageIndex{1})) ve belirli gıdaların ve bitkisel ürünlerin menşe türlerinin doğrulanması gibi ticari uygulamalarda da yararlıdır.

Genetik bağlantı haritalarının oluşturulması

Moleküler belirteç çiftleri arasındaki rekombinasyon frekansı hesaplanarak, hemen hemen her organizma için her kromozomun bir haritası oluşturulabilir (Şekil (PageIndex{2})). Bu haritalar, Bölüm 7'de genler için açıklananla aynı haritalama teknikleri kullanılarak hesaplanır, ancak moleküler markörlerin genotiplenebilmesinin yüksek yoğunluğu ve kolaylığı, onları genetik haritalar oluşturmak için diğer fenotiplerden daha kullanışlı kılar. Bu haritalar, mutasyonla tanımlanan protein kodlayan genlerin harita tabanlı klonlanması dahil olmak üzere daha sonraki çalışmalarda faydalıdır.

Nüfus çalışmaları

Bölüm 5'te açıklandığı gibi, moleküler belirteçlerin alelleri de dahil olmak üzere alellerin gözlemlenen frekansı, popülasyonun dengede olup olmadığını belirlemek için Hardy-Weinberg dengesindeki popülasyonlar için beklenen frekanslarla karşılaştırılabilir. Ekolojistler ve yaban hayatı biyologları, moleküler belirteçleri izleyerek göç, seleksiyon, çeşitlilik ve popülasyon düzeyindeki diğer parametreler hakkında çıkarımlarda bulunabilirler.

Moleküler belirteçler, antropologlar tarafından insan atalarındaki göç olaylarını incelemek için de kullanılabilir. İnsanları genotiplendirecek ve derin genetik miraslarını yaklaşık 100 $ karşılığında belirleyecek büyük bir ticari işletme var. Bu, mitokondriyal genom dizilimi yoluyla annesel dizi aracılığıyla ve Y kromozomlarının genotiplenmesi yoluyla babasal dizi aracılığıyla incelenebilir.

Örneğin, Asya'nın bazı bölgelerindeki erkeklerin yaklaşık %8'i (dünyadaki erkeklerin yaklaşık %0.5'i), Cengiz Han'a (haplogrup C3) ve onun soyundan gelenlere ait bir Y-kromozomal soyuna sahiptir.

Bağlantılı özelliklerin tanımlanması

Moleküler markörün bir alelini belirli bir hastalık veya ilgilenilen başka bir özellik ile ilişkilendirmek veya bağlamak genellikle mümkündür. Bu korelasyonu kurmanın bir yolu, belirli bir hastalığı olan yüzlerce bireyden genomik DNA örneklerinin yanı sıra sağlıklı bireylerden oluşan bir kontrol popülasyonundan örnekler elde etmektir. Her bireyin genotipi, genellikle hastalığı olan kişilerde bulunan, ancak sağlıklı deneklerde olmayan alelleri bulmak için yüzlerce veya binlerce moleküler belirteç lokusunda (örneğin SNP'ler) puanlanır. Bu protein kodlayan genin kendisi henüz bilinmiyor olsa da, moleküler belirtecin hastalığa neden olan genle sıkı bir şekilde bağlantılı olduğu varsayılmaktadır. Bu nedenle belirli bir moleküler polimorfizmin varlığı, bir hastalığı teşhis etmek veya bir bireye bir hastalığa yatkınlık konusunda tavsiyede bulunmak için kullanılabilir.

Moleküler belirteçler, istenen özellikleri izlemek için tarımda da benzer şekilde kullanılabilir. Örneğin, belirteçler, yüzlerce bireyin hem özellikleri hem de moleküler belirteç genotipleri taranarak tanımlanabilir. Arzu edilen özelliklerle bağlantılı işaretler daha sonra, özelliklerin altında yatan genler bilinmese bile, ekonomik olarak faydalı özellik kombinasyonlarına sahip çeşitleri seçmek için yetiştirme sırasında kullanılabilir.

Nicel özellik lokusu (QTL) eşlemesi

Moleküler belirteçler, karmaşık özellikler üretmek için birlikte hareket eden genleri içeren birden fazla farklı kromozom bölgesini tanımlamak için kullanılabilir. Bu süreç, vücut kütlesi, boy veya zeka gibi nicel bir fenotip ile ilişkili moleküler belirteçlerin alel kombinasyonlarının bulunmasını içerir. QTL eşlemesi aşağıdaki bölümde daha ayrıntılı olarak açıklanmaktadır.


Moleküler biyolojinin uygulanması

Moleküler biyoloji yöntemleri, yalnızca temel bilimsel soruların araştırılmasında değil, aynı zamanda genel insan durumunu etkileyen çok çeşitli problemlerin uygulanmasında da büyük değere sahiptir. Hastalıkların önlenmesi ve tedavisi, yeni protein ürünlerinin üretilmesi ve istenen fenotipik özellikler için bitki ve hayvanların manipülasyonu, moleküler biyoloji yöntemlerinin uygulanmasıyla rutin olarak ele alınan uygulamalardır. Bu yöntemlerin geniş uygulanabilirliği nedeniyle, hızla yaygınlaşıyorlar - bazıları istilacı olduğunu iddia ediyor - teknolojik temelli toplumumuzun bir yönü haline geliyorlar. Bu yöntemlerin uygulanmasına yönelik kamu endişeleri, bilinçli kamuoyu tartışması ve tartışması ile ele alınmalıdır. Bilim adamları, deneysel sonuçların kalitesi, yorumlanması ve önemi konusunda aşırı derecede eleştirel olabilseler de, birçok bilimsel araştırma uygulamasının göreceli sosyal değerlerine karşı yargılayıcı olmama konusunda oldukça dikkate değer bir eğilime sahiptirler. Uygulamalı bilim araştırmalarının yararlarını eleştirel olarak değerlendirmek ve yeni bir teknolojinin toplumu ne ölçüde etkilemesine izin verileceğine ilişkin ortak bir karar alma sürecine katılmak için yeterince bilgili olmak bir kamu sorumluluğu olmaya devam etmektedir.


  1. Kısıtlama Parça Uzunluğu Polimorfizmi (RFLP)
  2. Güçlendirilmiş Parça Uzunluğu Polimorfizmi (AFLP)
  3. Rastgele Amplifiye Polimorfik DNA (RAPD)
  4. Bölünmüş Güçlendirilmiş Polimorfik Diziler (CAPS)
  5. Basit Dizi Tekrarı (SSR) Uzunluk Polimorfizmi
  6. Tek Zincirli Konformasyonel Polimorfizm (SSCP)
  7. Heterodupleks Analiz (HA)
  8. Tek Nükleotid Polimorfizmi (SNP)
  9. İfade Edilmiş Sıra Etiketleri (EST)
  10. Dizi Etiketli Siteler (STS)

Kısıtlama Parçası Uzunluğu Polimorfizmleri (RFLP'ler):

RFLP'ler, spesifik endonükleaz tarafından üretilen DNA fragmanlarının uzunluğunda bir tür içinde bulunan varyasyonları ifade eder. RFLP'ler, bireyleri DNA düzeyinde ayırt etmek için geliştirilmiş ilk tip DNA belirteçleridir. RFLP tekniği, Polimeraz Zincir Reaksiyonunun (PCR) keşfinden önce geliştirilmiştir.

Bu tekniğin avantajları, dezavantajları ve kullanımları aşağıda sunulmuştur:

RFLP tekniğinin birçok avantajı vardır. Daha ucuz ve basit bir DNA dizileme tekniğidir. Özel enstrümantasyon gerektirmez. RFLP belirteçlerinin çoğu eş baskındır ve yüksek oranda lokusa özgüdür. Bunlar, karşılaştırmalı ve synteny haritalama için güçlü araçlardır.

CAPS ve INDEL gibi diğer belirteçlerin geliştirilmesinde faydalıdır. Farklı problar kullanılarak bu teknikle birkaç numune aynı anda taranabilir. Tek kopya veya düşük kopya numaralı genler için RFLP genotipleri kolayca puanlanabilir ve yorumlanabilir.

RFLP probları ve işaretleyici setleri geliştirmek emek yoğundur. Bu teknik, büyük miktarda yüksek kaliteli DNA gerektirir. Multipleks oranı düşüktür, tipik olarak jel başına bir tanedir. Genotipleme verimi düşüktür. Radyoaktif kimyasalların kullanımını içerir. Çok genli aileler için RFLP parmak izleri genellikle karmaşıktır ve puanlanması zordur. RFLP probları laboratuvarlar arasında paylaşılamaz.

Babalık davalarının belirlenmesinde kullanılabilirler. Ceza davalarında DNA örneğinin kaynağının belirlenmesinde kullanılabilirler. Bir bireyin hastalık durumunu belirlemek için kullanılabilirler. Gen haritalama, germplazm karakterizasyonu ve işaretleyici destekli seçimde faydalıdırlar. Gizli evrede de olsa bitkilerde patojenin saptanmasında faydalıdırlar.

Güçlendirilmiş Parça Uzunluğu Polimorfizmi (AFLP):

AFLP'ler, kısıtlama endonükleaz tanıma bölgelerini oluşturan veya ortadan kaldıran SNP'lerin veya INDEL'lerin neden olduğu kısıtlama parçası uzunluklarındaki farklılıklardır. ÇKUP deneyleri, PCR kullanılarak bir kısıtlama fragmanları havuzunun seçici olarak büyütülmesiyle gerçekleştirilir. RFLP tekniği başlangıçta seçici kısıtlama fragmanı amplifikasyonu olarak biliniyordu.

Çok yüksek multipleks oranı ve genotipleme verimi sağlar. Bunlar laboratuvarlar arasında yüksek oranda tekrarlanabilir. Herhangi bir belirteç geliştirme çalışmasına gerek yoktur, ancak optimal primer özgünlüklerini ve kombinasyonlarını belirlemek için sıklıkla AFLP primer taraması gereklidir.

ÇKUP testlerini gerçekleştirmek için özel bir enstrümantasyon gerekli değildir, ancak ortak baskın puanlama için özel enstrümantasyon gereklidir.

Başlangıç ​​maliyetleri orta derecede düşüktür. ÇKUP deneyleri çok küçük DNA örnekleri (tipik olarak birey başına 0,2 ila 2,5 pg) kullanılarak gerçekleştirilebilir. Teknoloji, minimum başlangıç ​​geliştirme ile hemen hemen her organizmaya uygulanabilir.

Herhangi bir bi-alelik işaretleyici için maksimum polimorfik bilgi içeriği 0,5'tir. Tam kısıtlama enzimi sindirimini sağlamak için yüksek kaliteli DNA'ya ihtiyaç vardır. DNA kalitesi, türe bağlı olarak bir zayıflık olabilir veya olmayabilir. DNA'yı izole etmek için hızlı yöntemler AFLP analizi için yeterince temiz şablon DNA üretemeyebilir.

Heterozigotları ve ++ homozigotları puanlamak için özel teknolojiye ihtiyaç vardır. Aksi takdirde, AFLP'ler baskın olarak puanlanmalıdır. Baskınlık, uygulamaya bağlı olarak bir zayıflık olabilir veya olmayabilir.

Bir kısıtlama parçasının homolojisi, genotipler veya haritalama popülasyonları arasında kesin olarak tespit edilemez. Tek tek parçalardan lokusa özgü belirteçler geliştirmek zor olabilir ve yaygın olarak yapılmadığı görülmektedir.

Radyoaktif olmayan tahlillere geçiş hızlı olmamıştır. Kemilüminesan ÇKUP parmak izi yöntemleri geliştirildi ve iyi çalışıyor gibi görünüyor.

Floresan ÇKUP test yöntemleri tarafından üretilen parmak izlerinin yorumlanması ve puanlanması genellikle zordur ve bu nedenle yaygın olarak kullanılmazlar. ÇKUP belirteçleri genellikle büyük genomlu türlerde, örn., arpa (Hordeum vulgare L.) ve ayçiçeği (Helianthus annuus L.) gibi, merkezcil bölgelerde yoğun bir şekilde kümelenir.

Bu teknik, yüksek yoğunlukta DNA markörü içeren genetik haritaların yapımında yaygın olarak kullanılmaktadır. Bitki ıslahı ve genetiğinde, AFLP markörleri, çeşit tanımlama, germplazm karakterizasyonu, gen etiketleme ve markör destekli seçimde kullanılır.

Rastgele Amplifiye Polimorfik DNA (RAPD'ler):

RAPD, restriksiyon endonükleaz enzimi tarafından üretilen rastgele amplifiye DNA'da bir tür içinde bulunan polimorfizmi ifade eder. RAPD'ler, PCR bazlı DNA markörleridir. RAPD işaretleyici tahlilleri, rastgele dizili tek DNA primeri kullanılarak gerçekleştirilir.

RAPD primerleri, evrensel olarak kolayca temin edilebilir. Orta derecede yüksek genotipleme verimi sağlarlar. Bu teknik basit PCR testidir (blotlama ve radyoaktivite yoktur). Özel ekipman gerektirmez. Sadece PCR gereklidir. Başlangıç ​​maliyeti düşüktür.

RAPD marker tahlilleri, çok küçük DNA numuneleri (numune başına 5 ila 25 ng) kullanılarak gerçekleştirilebilir. RAPD primerleri evrenseldir ve ticari olarak satın alınabilir. RAPD belirteçleri laboratuvarlar arasında kolayca paylaşılabilir. Lokusa özgü, ortak baskın PCR tabanlı belirteçler, RAPD belirteçlerinden geliştirilebilir. RFLP'lerden daha fazla polimorfizm sağlar.

Polimorfizmin tespiti sınırlıdır. Herhangi bir bi-alelik işaretleyici için maksimum polimorfik bilgi içeriği 0,5'tir. Bu teknik yalnızca baskın belirteçleri algılar. RAPD testlerinin laboratuvarlar arasında tekrarlanabilirliği genellikle düşüktür. Genotipler arasındaki parçaların homolojisi, haritalama yapılmadan tespit edilemez. Markör destekli yetiştirme programında uygulanmaz.

Bu teknik, çeşit tanımlama, DNA parmak izi, gen etiketleme ve bağlantı haritalarının oluşturulması gibi çeşitli şekillerde kullanılabilir. Ayrıca türler ve alt türler arasındaki filogenetik ilişkiyi incelemek ve üreme popülasyonlarındaki değişkenliğin değerlendirilmesi için de kullanılabilir.

Bölünmüş Kuvvetlendirilmiş Polimorfik Diziler (CAPS):

CAPS polimorfizmleri, lokus-spesifik oligonükleotit primerleri tarafından üretilen PCR amplikonlarında restriksiyon endonükleaz tanıma bölgeleri oluşturan veya ortadan kaldıran SNP'ler veya INDEL'lerin neden olduğu kısıtlama fragman uzunluklarındaki farklılıklardır.

CAPS deneyleri, lokus-spesifik PCR amplikonlarının bir veya daha fazla kısıtlama enzimi ile sindirilmesi ve sindirilmiş DNA'nın agaroz veya poliakrilamid jelleri üzerinde ayrılmasıyla gerçekleştirilir.

CAPS analizi çok yönlüdür ve bir DNA polimorfizmi bulma şansını artırmak için tek zincirli konformasyonel polimorfim (SSCP), dizi karakterli amplifiye bölge (SCAR) veya rastgele amplifiye polimorfik DNA (RAPD) analizi ile birleştirilebilir.

Michaels ve Amasino (1998), SNP'lere dayalı dCAPS adı verilen CAPS yönteminin bir varyantını önerdi.

Genotipleme verimi orta derecede yüksektir. Bu basit bir PCR tahlilidir. İşaretleyiciler, önceden eşlenmiş RFLP işaretleyicilerinin DNA dizilerinden geliştirilir. Çoğu CAPS belirteci eş baskındır ve lokusa özgüdür. Manuel CAPS marker tahlillerini gerçekleştirmek için özel bir ekipmana gerek yoktur.

CAPS işaretleyici deneyleri, yarı otomatik yöntemler, örn., bir DNA sıralayıcı (örn., ABI377) üzerinde floresan deneyler kullanılarak gerçekleştirilebilir. Manuel test yöntemleri için başlangıç ​​maliyetleri düşüktür. CAPS testleri çok küçük DNA örnekleri (tipik olarak kişi başına 50 ila 100 ng) kullanılarak gerçekleştirilebilir. Çoğu CAPS genotipi kolayca puanlanır ve yorumlanır. CAPS işaretleri laboratuvarlar arasında kolayca paylaşılır.

Tipik olarak, polimorfizmleri bulmak için bir dizi kısıtlama enzimi test edilmelidir. CAPS belirteçleri hala büyük fayda sağlasa ve gözden kaçırılmaması gerekse de, polimorfizmler için lokusa özgü DNA fragmanlarını taramak için araçlar olarak başka yöntemler ortaya çıkmıştır, örneğin SNP tahlilleri. Kolayca puanlanan ve yorumlanan tahlillerin geliştirilmesi, bazı genler için, özellikle de çok genli ailelere ait olanlar için zor olabilir.

Bu, önceden eşlenmiş RFLP belirteçlerinin DNA dizilerinden PCR tabanlı belirteçler geliştirmenin basit bir yoludur. Bir RFLP haritasının yatırımını temel alan ve DNA blotlama ihtiyacını ortadan kaldıran basit bir yöntemdir.

Basit Dizi Tekrarları (SSR'ler):

Basit dizi tekrarları (SSR'ler) veya mikro uydular tandem olarak tekrarlanan mono-, di-, tri-, tetra-, penta- ve heksanükleotit motifleridir. SSR uzunluk polimorfizmleri, tekrar sayısındaki farklılıklardan kaynaklanır. SSR lokusları, SSR dizisini çevreleyen benzersiz DNA dizilerine özgü oligonükleotid primer çiftleri kullanılarak PCR ile tek tek büyütülür.

Jeffreys (1985), bazı kısıtlama parçası uzunluk polimorfizmlerinin VNTR'lerden kaynaklandığını göstermiştir. İsim “mini uydu” VNTR'lerin daha büyük uydu DNA tekrarlarına benzerliği nedeniyle icat edildi.

SSR belirteçleri yüksek oranda polimorfik olma eğilimindedir. Genotipleme verimi yüksektir. Bu basit bir PCR tahlilidir. Birçok SSR belirteci, çok alelik ve yüksek oranda polimorfiktir. SSR belirteçleri, bağımsız PCR ürünlerini bir araya getirerek veya gerçek multipleks-PCR ile işlevsel olarak çoğullanabilir. Yarı otomatik SSR genotipleme yöntemleri geliştirilmiştir. Çoğu SSR eş baskın ve lokusa özgüdür.

SSR tahlillerini gerçekleştirmek için özel bir ekipmana gerek yoktur, ancak bazı tahlil yöntemleri, örneğin bir DNA dizileri üzerinde gerçekleştirilen yarı otomatik floresan tahlilleri için özel ekipman gereklidir. Manüel tahlil yöntemleri için başlangıç ​​maliyetleri düşüktür (belirteçler geliştirildikten sonra). SSR testleri çok küçük DNA örnekleri kullanılarak gerçekleştirilebilir (

Kişi başına 100 ng). SSR belirteçleri laboratuvarlar arasında kolayca paylaşılır.

SSR'lerin gelişimi emek yoğundur. SSR marker geliştirme maliyetleri çok yüksektir. SSR belirteçleri taksona özgüdür. Otomatik SSR tahlil yöntemleri için başlangıç ​​maliyetleri yüksektir. PCR multiplekslerini geliştirmek zor ve pahalıdır. Bazı belirteçler multipleks olmayabilir.

SSR belirteçleri ökaryotlarda genlerin haritalanması için kullanılır.

Tek Zincirli Konformasyonel Polimorfizmler (SSCP'ler):

SSCP'ler, mutasyonları barındıran tek sarmallı DNA'nın farklı katlanmasıyla üretilen DNA polimorfizmlerini ifade eder. Katlanmış DNA molekülünün yapısı, moleküller arası etkileşimler tarafından üretilir ve bu nedenle DNA dizisinin bir fonksiyonudur.

SSCP işaretleyici deneyleri, denatüre olmayan DNA dizileme jelleri üzerinde ısıyla denatüre edilmiş DNA kullanılarak gerçekleştirilir. INDEL'lerin, SNP'lerin veya SSR'lerin neden olduğu tek zincirli konformasyonel polimorfizmlerin keşfini geliştirmek için özel jeller (örn., mutasyon saptama geliştirme jelleri) geliştirilmiştir.

Bu basit bir PCR tahlilidir. Birçok SSCP belirteci, çok alelik ve yüksek oranda polimorfiktir. Çoğu SSCP eş baskın ve lokusa özgüdür. Özel bir ekipmana gerek yoktur. Başlangıç ​​maliyetleri düşüktür. SSCP işaretleyici deneyleri, çok küçük DNA örnekleri (tipik olarak kişi başına 10 ila 50 ng) kullanılarak gerçekleştirilebilir.

SSCP belirteçleri laboratuvarlar arasında kolayca paylaşılır. SSCP jelleri gümüş lekeli olabilir (radyoaktivite yok). PCR ürünlerinin karmaşıklığı değerlendirilebilir ve tek tek parçalar izole edilebilir ve sıralanabilir.

SSCP belirteçlerinin geliştirilmesi emek yoğundur. SSCP işaretleyici geliştirme maliyetleri yüksek olabilir. SSCP işaret analizi otomatikleştirilemez.

SSCP'ler, DNA polimorfizmleri için hastalık genlerini taramak için insan genetiğinde yaygın olarak kullanılmaktadır. SSCP analizi her DNA dizisi polimorfizmini ortaya çıkarmasa da, metodoloji basittir ve önemli sayıda polimorfizm keşfedilebilir. SSCP analizi, PCR ürünlerinin karmaşıklığını değerlendirmek için güçlü bir araç olabilir.

Heterodupleks Analiz (HA):

Denatüre edici olmayan jel elektroforezi veya kısmen denatüre edici yüksek performanslı sıvı kromatografisi kullanılarak homo-dupleks heterodupleks DNA'dan ayrılarak üretilen DNA polimorfizmlerini ifade eder.

Genotipler arasındaki tek bazlı uyumsuzluklar hetero-dupleksler üretir, dolayısıyla hetero-duplekslerin varlığı, DNA polimorfizmlerinin varlığını işaret eder. Heterodupleks analizler, spesifik aleller dizilenmeden önce çok sayıda genotip üzerinde hızlı ve verimli bir şekilde gerçekleştirilebilir, böylece SNP keşfi ve SNP markörü geliştirmede dizileme maliyetlerini büyük ölçüde azaltır.

SNP keşfi için güçlü bir yöntemdir. Otomatik HA, HPLC kullanılarak gerçekleştirilebilir. Çoğu heterodubleks belirteç eş baskın ve lokusa özgüdür. HA, çok küçük DNA örnekleri (tipik olarak kişi başına 10 ila 50 ng) kullanılarak gerçekleştirilebilir. HA belirteçleri laboratuvarlar arasında kolayca paylaşılır.

Özel ekipman gerektirir. HPLC yoluyla farklı hedeflerin heterodupleks analizleri için bir protokol yeterli olmayabilir.

Heterodupleks analiz, çoğunlukla insan genetiğinde, DNA polimorfizmi için hastalık genlerini taramak için kullanılmıştır. Bitki ıslahında, latent aşamada olan patojenlerin tespiti için kullanılır ve bu nedenle hastalıksız bitki seçiminde faydalıdır. Tek nükleotid polimorfizminin keşfinde de faydalıdır.

Tek Nükleotid Polimorfizmi (SNP):

Tek bir nükleotid konumunda bulunan varyasyonlar, tek nükleotid polimorfizmleri veya SNP olarak bilinir. Bu tür varyasyon, ikame, silme veya ekleme nedeniyle ortaya çıkar. Bu tip polimorfizmlerin iki aleli vardır ve ayrıca bialeik lokuslar olarak da adlandırılır. Bu, DNA polimorfizminin en yaygın sınıfıdır. Hem doğal hatlarda hem de indüklenmiş mutajenezden sonra bulunur. SNP işaretçilerinin temel özellikleri aşağıda verilmiştir.

1. SNP belirteçleri yüksek oranda polimorfiktir ve çoğunlukla bialeiktir.

2. Genotipleme verimi çok yüksektir.

3. SNP belirteçleri lokusa özgüdür.

4. Bu tür varyasyon, ikame, silme veya ekleme nedeniyle ortaya çıkar.

5. SNP belirteçleri mükemmel uzun vadeli yatırımlardır.

6. SNP belirteçleri, fonksiyonel polimorfizmi saptamak için kullanılabilir.

7. Bu teknik az miktarda DNA gerektirir.

SNP belirteçleri, gen haritalamasında faydalıdır. SNP'ler, moleküler düzeyde mutasyonların saptanmasına yardımcı olur. SNP işaretleri, bir mutant lokusun konumsal klonlanmasında faydalıdır. SNP belirteçleri, hastalığa neden olan genlerin saptanmasında faydalıdır.

SNP'lerin çoğu bialeiktir ve SSR'lerden daha az bilgilendiricidir. Tüm lokuslar için çoğullama mümkün değildir. Bazı SNP tahlil teknikleri maliyetlidir. SNP belirteçlerinin geliştirilmesi emek odaklıdır. Genetik haritaların hazırlanmasında SSR belirteçlerinden daha fazla (üç kez) SNP gereklidir.

SNP'ler genetik haritaların hazırlanmasında faydalıdır. İnsan genetik haritalarının hazırlanmasında kullanılmıştır. Bitki ıslahında, SNP'ler daha az ölçüde kullanılmıştır.

İfade Edilmiş Sıra Etiketleri (EST):

Eksprese Edilmiş Dizi Etiketleri (EST'ler), küçük DNA parçalarıdır ve kromozom üzerindeki yerleri ve dizileri bilinmektedir. Tek bir nükleotid pozisyonunda bulunan varyasyonlar bilinmektedir. Ekspres Dizi Etiketleri (EST'ler) terimi ilk olarak 1991 yılında Venter ve meslektaşları tarafından kullanılmıştır. EST belirteçlerinin temel özellikleri aşağıda verilmiştir.

1. EST'ler kısa DNA dizileridir (200-500 nükleotid uzunluğunda).

2. Dizi etiketli sitelerin (STS) bir türüdür.

3. EST'ler yalnızca ekzonlardan oluşur.

Bir genin yerini tespit etmek için hızlı ve ucuz bir tekniktir. EST'ler, genetik hastalıklarla ilgili yeni genlerin keşfedilmesinde faydalıdır. Dokuya özgü gen ekspresyonu için kullanılabilirler.

EST'ler asal özgüllükten yoksundur. Zaman alıcı ve emek odaklı bir tekniktir. Hassasiyeti diğer tekniklere göre daha azdır. Büyük (> 6kb) transkript elde etmek zordur. Tüm lokuslar için çoğullama mümkün değildir.

EST'ler yaygın olarak bilinen işlevi olan genleri haritalamak için kullanılır. Ayrıca filogenetik çalışmalar ve DNA dizileri oluşturmak için kullanılırlar.

Dizi Etiketli Siteler (STS):

Genomikte, bir dizi etiketli site (STS), bir genomda tek bir kopyası olan ve konumu ve baz dizisi bilinen kısa bir DNA dizisidir. STS markörlerinin temel özellikleri aşağıda verilmiştir.

1. STS'ler kısa DNA dizileridir (200-500 nükleotid uzunluğunda).

2. STS'ler genomda yalnızca bir kez meydana gelir.

3. STS, diğer tüm genomik dizilerin varlığında PCR ile saptanır.

4. STS'ler cDNA'lardan türetilir.

STS'ler, genlerin fiziksel haritalanmasında faydalıdır. Bu teknik, laboratuvarlar arasında veri paylaşımına izin verir. DNA hibridizasyon tekniklerinden daha hızlı ve en spesifik tekniktir. Yüksek doğruluk derecesine sahiptir. Otomatikleştirilebilir.

STS'nin geliştirilmesi zor bir iştir. Zaman alıcı ve emek odaklı bir tekniktir. Yüksek teknik beceri gerektirir.

STS, en güçlü fiziksel haritalama tekniğidir. Kromozomdaki herhangi bir lokusu tanımlamak için kullanılabilir. STS'ler, genomun herhangi bir bölgesindeki geni bulmak için standart belirteçler olarak kullanılır. Büyük genomların ayrıntılı haritalarını oluşturmak için kullanılır.


10.3: Moleküler İşaretleyicilerin Uygulamaları - Biyoloji

Makale özeti:

Moleküler İşaretleyici Türleri ve Uygulamaları
Yazarlar: Vivek Sharma ve Ram Kunwar

Genetik işaretleyici, bireyleri veya türleri tanımlamak için kullanılabilen bir kromozom üzerindeki bir gen veya bilinen DNA dizisidir.

Moleküler İşaretleyicilere Neden İhtiyaç Duyarız?
Belirlenen özelliklerin bu üç özelliği taşımasına gerek kalmayacaktır.
&boğa Özellikleri kolayca puanlandı
&bull Bireyler kolayca birkaç farklı fenotipik sınıfa sınıflandırıldı
&bull Fenotipik ve genotipler arasında karşılık gelen Tamamlandı


Yazar Hakkında / Ek Bilgi:

Önemli Sorumluluk Reddi: Bu web sitesindeki tüm makaleler yalnızca genel bilgi amaçlıdır ve profesyonel veya uzman tavsiyesi değildir. Bu makalede sunulan bilgilerin doğruluğu veya gerçekliği veya bunlardan kaynaklanan herhangi bir kayıp veya yaralanma konusunda hiçbir sorumluluğumuz yoktur. Bu makaleleri onaylamıyoruz, bu makalelerin yazarlarına bağlı değiliz veya içeriklerinden sorumlu değiliz. Tüm şartlar için lütfen sorumluluk reddi bölümümüze bakın.


Tıp teknisyenleri, moleküler patoloji asistanları/arkadaşları, klinik patologlar, klinik kimya görevlileri, klinik kimyagerler ve toksikologlar dahil olmak üzere tanı laboratuvarlarında çalışan profesyoneller

  • Katkıda Bulunanların Listesi
  • Önsöz, Üçüncü Baskı
  • Bölüm 1. Moleküler Teşhis: Dünü, Bugünü ve Geleceği
    • 1.1. Tanıtım
    • 1.2. Moleküler Teşhis Tarihi: Tekerleği İcat Etmek
    • 1.3. Polimeraz Sonrası Zincir Reaksiyonu Devrimi
    • 1.4. Genomik Sonrası Dönemde Moleküler Teşhis
    • 1.5. Gelecek Perspektifleri: Ötesinde Neler Var?
    • 1.6. Sonuçlar
    • 2.1. Tanıtım
    • 2.2. Tarih
    • 2.3. yetki
    • 2.4. Tanımlar
    • 2.5. Varyant Açıklamaları
    • 2.6. Mutalizatör
    • 2.7. Son sözler
    • 3.1. Tanıtım
    • 3.2. Genetik Tarama Yöntemleri
    • 3.3. Genetik Tarama Yöntemleri
    • 3.4. Sonuçlar
    • 4.1. Polimeraz Zincir Reaksiyonunun Tarihçesi
    • 4.2. Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu Prensibi
    • 4.3. Gerçek Zamanlı Termal Döngüleyiciler
    • 4.4. Veriler Nasıl Elde Edilir
    • 4.5. Veriler Nasıl Nicelenir?
    • 4.6. Multipleks Kantitatif Polimeraz Zincir Reaksiyonu
    • 4.7. Kantitatif Polimeraz Zincir Reaksiyonu ve Ters Transkriptaz-Kantitatif Polimeraz Zincir Reaksiyonu Uygulamaları
    • 4.8. Kantitatif Polimeraz Zincir Reaksiyonu Testlerini Optimize Etme Kriterleri
    • 4.9. Sonuçlar
    • 5.1. Tanıtım
    • 5.2. Ticari Örnekten Yanıta Test Sistemleri
    • 5.3. Klinik Uygulamalar: Bulaşıcı Patojen Teşhisi için Performans
    • 5.4. Adli Uygulamalar: İnsan Kimliği Testi Performansı
    • 5.5. Örnekten Yanıta Teknolojilerin Devam Eden Evrimi
    • 6.1. Erime Analizine Giriş
    • 6.2. Yüksek Çözünürlüklü Erime ile Bilinen Varyantların Genotiplenmesi
    • 6.3. Yüksek Çözünürlüklü Eritme ile Varyant Tarama
    • 6.4. Klinik Teşhiste Yüksek Çözünürlüklü Erimenin Spesifik Örnekleri
    • 6.5. Moleküler Teşhiste Yüksek Çözünürlüklü Erimenin Diğer Uygulamaları
    • 6.6. Erime Eğrisi Tahmini ve Test Tasarım Araçları
    • 6.7. Sonuçlar
    • 7.1. Tanıtım
    • 7.2. DNA Metilasyon Analizinin Klinik Uygulamaları
    • 7.3. DNA Metilasyon Analizi Yöntemleri
    • 7.4. Tek Hücreli DNA Metilasyon Analizi
    • 7.5. Sonuçlar
    • 8.1. Tanıtım
    • 8.2. Ticari Olarak Bulunan Analiz Platformları
    • 8.3. Geliştirmedeki Teknikler/Sistemler
    • 8.4. Potansiyel Geleceğin Teknikleri/Sistemleri/Analiz Platformları
    • 8.5. Gelecekteki Uygulamalar ve Teşhis Teknikleri İçin Perspektifler
    • 8.6. Sonuçlar
    • 9.1. Tanıtım
    • 9.2. Gelişmiş Tam Genom Dizileme
    • 9.3. Bu Genomik Hassas Sağlık Hizmetleri Vizyonunu Tam Olarak Uygulamak için Ne Gerekli?
    • 9.4. Çözüm
    • 10.1. Tanıtım
    • 10.2. Asma Kilit ve Seçici Problar
    • 10.3. Genotipleme için Asma Kilit ve Moleküler İnversiyon Problarının Uygulanması
    • 10.4. Rolling Circle-Güçlendirilmiş Asma Kilit Problarına Dayalı Biyosensör Yaklaşımları
    • 10.5. Bulaşıcı Hastalık Teşhisi için Asma Kilit Problarının Uygulanması
    • 10.6. Seçici Probları Kullanarak Hedeflenen Multipleks Kopya Numarası Varyasyon Analizi
    • 10.7. Seçiciler ve Boşluk Doldurma Asma Kilit Probları Kullanarak Yüksek Verimli Hedefli Sıralama
    • 10.8. Asma Kilit Probları Kullanarak Yerinde Nükleik Asit Tespiti
    • 10.9. Asma Kilit Probu/Rolling Circle Amplifikasyon Testlerinin Otomasyonu ve Minyatürleştirilmesi
    • 10.10. Sonuçlar
    • 11.1. genel bakış
    • 11.2. DNA Amplifikasyonu ve Analizi için Mikroakışkanlar
    • 11.3. Yüksek Çözünürlüklü Erime Analizi için Mikroakışkanlar
    • 11.4. Sitogenetikte Mikroakışkanlar
    • 11.5. Protein Tespiti ve Analizi için Mikroakışkanlar
    • 11.6. Mikroakışkan Numune Hazırlama
    • 11.7. Hücre Sıralamada Mikroakışkanlar
    • 11.8. Tıbbi Teşhis için Mikroakışkanların Geleceği
    • 12.1. Tanıtım
    • 12.2. Proteomun Bağlanması
    • 12.3. Güncel Afiniteye Dayalı Protein Tespit Testleri
    • 12.4. Yakınlığa Bağlı Nükleik Asit Bazlı Testler
    • 12.5. Sonuç ve Gelecek Perspektifleri
    • 13.1. Tanıtım
    • 13.2. Klinik Etki ve “Proteomik” Potansiyeli
    • 13.3. Kütle Spektrometrisi Tabanlı Proteomik için Stratejiler: Keşif ve Doğrulama
    • 13.4. biyoinformatik
    • 13.5. Keşif ve Doğrulama Proteomik Örnekleri
    • 13.6. Protein Bazlı Teşhis Testlerinin Örnekleri
    • 13.7. Klinik Proteomikteki Zorluklar
    • 13.8. Gelecekteki Gelişmeler ve Son Sözler
    • 14.1. Tanıtım
    • 14.2. Konvansiyonelden Moleküler Sitogenetiğe
    • 14.3. Floresan In Situ Hibridizasyon
    • 14.4. Temel Teknik Elemanlar ve Malzemeler
    • 14.5. Floresan Türleri Yerinde Hibridizasyon Probları ve Floresan Yerinde Hibridizasyon Metafaz ve Ara Faz için Floresan Yerinde Hibridizasyon Yaklaşımları
    • 14.6. Çok Renkli Floresan Yerinde Hibridizasyon Tarama Testleri
    • 14.7. Çok Renkli Tam Metafaz Tarama Teknikleri
    • 14.8. Çok Renkli Kromozom Bantlama Teknikleri
    • 14.9. Tüm Genom Tarama ve Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyon
    • 14.10. Dizi Tabanlı Teknikler (Mikrodizi)
    • 14.11. Sonuçlar ve Gelecek Perspektifler
    • Sözlük
    • 15.1. Bir Tümör Sunar
    • 15.2. Mikroskobik İncelemeden Moleküler Sitogenomiğe
    • 15.3. Kanser Teşhisi İçin Likit Biyopsi Vaadi
    • 15.4. Sitogenomik Uygulamalar
    • 15.5. Klinikte Sitogenomik Uygulaması
    • 15.6. Biyoinformatik ve Veri Analizi
    • 15.7. Son sözler
    • 16.1. Tanıtım
    • 16.2. Farmakogenetik Karşı Farmakogenomik
    • 16.3. Farmakogenomik Tarihçesi
    • 16.4. Farmakogenomikte Analitik Yöntemler
    • 16.5. Klinik Ortamlarda Farmakogenomik
    • 16.6. Farmakogenomikte Popülasyon Farklılıkları
    • 16.7. karmaşık fenotipler
    • 16.8. Farmakogenomik ve Düzenleyici Kurumlar
    • 16.9. İlaç Geliştirmede Farmakogenomik
    • 16.10. Farmakogenomikte Faydalı Kaynaklar
    • 16.11. Farmakogenomikte Yeni Eğilimler
    • 16.12. Etik Etkiler
    • 16.13. Halk Sağlığı Farmakogenomikleri
    • 16.14. Sonuçlar ve Gelecek Perspektifler
    • 17.1. Tanıtım
    • 17.2. Genetik Varyasyonun Doğası
    • 17.3. Beslenme Epidemiyoloji
    • 17.4. Deneysel Modeller
    • 17.5. Fenotipin Tanımlanması
    • 17.6. Karmaşık Veri Kümelerini Entegre Etme: Veri Yönetimi, Biyoinformatik ve İstatistik
    • 17.7. Sonuçlar
    • 18.1. Tanıtım
    • 18.2. DNA Mikrodizileri
    • 18.3. DNA Mikroarraylerinde ve Genetik Testlerde Yeni Gelişmeler
    • 19.1. Tanıtım
    • 19.2. Yeni Nesil Sıralama İşlem Hatları
    • 19.3. Moleküler Yol Analizi: Neden ve Ne?
    • 19.4. Sonuçlar
    • 20.1. Tanıtım
    • 20.2. Genetik Veritabanlarına Tarihsel Bakış
    • 20.3. Veritabanı Yönetimi Modelleri
    • 20.4. Mutasyon Veritabanı Türleri
    • 20.5. Moleküler Genetik Testlerde Lokusa Özgü Veritabanları
    • 20.6. Ulusal/Etnik Mutasyon Veritabanları: Nüfus Bazında İnsan Bozukluklarının Genomik Temelinin Arşivlenmesi
    • 20.7. Lokusa Özgü Veritabanları ve Ulusal/Etnik Mutasyon Veritabanları için Veri Tabanı Yönetim Sistemleri
    • 20.8. Veri Paylaşımını Teşvik Etmek: Mikro Atıf Yaklaşımı
    • 20.9. Gelecekteki Zorluklar
    • 20.10. Sonuçlar
    • 21.1. Tanıtım
    • 21.2. Adli Analizlerde Yaygın Olarak Kullanılan Genetik Belirteçler
    • 21.3. DNA Ekstraksiyon Metodolojileri
    • 21.4. DNA Kantitasyon
    • 21.5. Kapiler Elektroforez ve Veri Yorumlama
    • 21.6. İstatistiksel Hesaplamalar
    • 21.7. Yeni Nesil Adli DNA Teknolojileri
    • 21.8. Sonuçlar
    • 22.1. Tanıtım
    • 22.2. Toplu Ölümlerin Sınıflandırılması ve İnsan Kalıntılarının Alınması İçin Farklı Senaryolar
    • 22.3. İnsan Tanımlaması için Rutin Olarak Kullanılan Konvansiyonel Tanımlama Kriterleri
    • 22.4. Kalıntıların Korunması İçin Kriterler
    • 22.5. Parçalanmış İnsan Kalıntıları ile Bunları Sahiplenen Akrabalar Arasındaki Akrabalığın İzini Sürmekte Kullanılan DNA Polimorfizmleri
    • 22.6. DNA Bozunması ve Kontaminasyonu ile İlgili Zorluklar
    • 22.7. 1990'ların Başından Günümüze Kitlesel Afetlerde DNA'ya Dayalı Mağdur Tespitinde Uygulanan Kriter Evrimi ve Teknik Yaklaşımlar
    • 22.8. Analiz Edilen Vakaların Açıklaması
    • 22.9. Adli Genetikten Adli Genomiğe: Teknoloji Tarafından Yönlendirilen Bir Paradigmanın Değişimi
    • 22.10. Gelecek perspektifleri
    • 23.1. Tanıtım
    • 23.2. Yardımcı Üreme Teknolojisi ve Biyopsi
    • 23.3. Monogenik Bozukluklar İçin Preimplantasyon Genetik Tanı
    • 23.4. Kromozomal Aberasyonlar için Preimplantasyon Genetik Tanı
    • 23.5. Gelişen Teknolojiler
    • 23.6. Preimplantasyon Genetik Tanının Klinik Sonuçları
    • 23.7. Doğruluk ve Kalite Kontrol
    • 23.8. Sonuçlar ve Gelecek Perspektifler
    • Web Kaynakları
    • 24.1. Tanıtım
    • 24.2. Yerleşik Prenatal Tarama ve Tanı Uygulamaları
    • 24.3. Noninvaziv Prenatal Testin Tarihsel Arka Planı
    • 24.4. Hücresiz Fetal DNA'nın Kökeni
    • 24.5. Noninvaziv Prenatal Test Metodolojileri
    • 24.6. Noninvaziv Prenatal Test Sonuçlarını Etkileyen Biyolojik ve Teknik Faktörler
    • 24.7. Klinik Araştırmalarda Noninvaziv Prenatal Test
    • 24.8. Klinik Ortamda Noninvaziv Prenatal Test
    • 24.9. Danışmanlık ve Etik Konular
    • 24.10. Noninvaziv Prenatal Testin Gelecekteki Uygulamaları
    • 24.11. Sonuçlar
    • 25.1. Tanıtım
    • 25.2. Teste Başlarken: Farkındalık, Erişim ve Reklamcılık
    • 25.3. Genetik Test Kullanımını Etkileyen Bireysel Faktörler
    • 25.4. Genetik Test Sonuçlarının Alınması: Kişisel Etki ve Profesyonel İletişim
    • 25.5. Family Communication
    • 25.6. Future Challenges: Complexity and Diversity
    • 26.1. Tanıtım
    • 26.2. Sonuçlar ve Gelecek Perspektifler
    • 27.1. Genetics Literacy and the Public Understanding of Genetic Testing
    • 27.2. Obstacles to Genetics Literacy and How These Might Be Overcome
    • 27.3. Conclusions and Suggestions
    • 28.1. Tanıtım
    • 28.2. Understanding Regulatory and Other Safety Issues Relevant to Biorepositories
    • 28.3. Individuals Involved in Oversight of a Biorepository
    • 28.4. Safety Training/Employee Education in a Biorepository
    • 28.5. Biorepository Safety Areas
    • 28.6. Sonuçlar
    • 29.1. Tanıtım
    • 29.2. International Standards
    • 29.3. Accreditation and Certification
    • 29.4. Elements of a Quality Management System
    • 29.5. Quality Control
    • 29.6. Kalite değerlendirme
    • 29.7. Diagnostic Validation
    • 29.8. Quality Improvement
    • 29.9. Sonuçlar

    Selectable marker genes in transgenic plants: applications, alternatives and biosafety

    Approximately fifty marker genes used for transgenic and transplastomic plant research or crop development have been assessed for efficiency, biosafety, scientific applications and commercialization. Selectable marker genes can be divided into several categories depending on whether they confer positive or negative selection and whether selection is conditional or non-conditional on the presence of external substrates. Positive selectable marker genes are defined as those that promote the growth of transformed tissue whereas negative selectable marker genes result in the death of the transformed tissue. The positive selectable marker genes that are conditional on the use of toxic agents, such as antibiotics, herbicides or drugs were the first to be developed and exploited. More recent developments include positive selectable marker genes that are conditional on non-toxic agents that may be substrates for growth or that induce growth and differentiation of the transformed tissues. Newer strategies include positive selectable marker genes which are not conditional on external substrates but which alter the physiological processes that govern plant development. A valuable companion to the selectable marker genes are the reporter genes, which do not provide a cell with a selective advantage, but which can be used to monitor transgenic events and manually separate transgenic material from non-transformed material. They fall into two categories depending on whether they are conditional or non-conditional on the presence of external substrates. Some reporter genes can be adapted to function as selectable marker genes through the development of novel substrates. Despite the large number of marker genes that exist for plants, only a few marker genes are used for most plant research and crop development. As the production of transgenic plants is labor intensive, expensive and difficult for most species, practical issues govern the choice of selectable marker genes that are used. Many of the genes have specific limitations or have not been sufficiently tested to merit their widespread use. For research, a variety of selection systems are essential as no single selectable marker gene was found to be sufficient for all circumstances. Although, no adverse biosafety effects have been reported for the marker genes that have been adopted for widespread use, biosafety concerns should help direct which markers will be chosen for future crop development. Common sense dictates that marker genes conferring resistance to significant therapeutic antibiotics should not be used. An area of research that is growing rapidly but is still in its infancy is the development of strategies for eliminating selectable marker genes to generate marker-free plants. Among the several technologies described, two have emerged with significant potential. The simplest is the co-transformation of genes of interest with selectable marker genes followed by the segregation of the separate genes through conventional genetics. The more complicated strategy is the use of site-specific recombinases, under the control of inducible promoters, to excise the marker genes and excision machinery from the transgenic plant after selection has been achieved. In this review each of the genes and processes will be examined to assess the alternatives that exist for producing transgenic plants.


    Wheat quality: Wheat breeding and quality testing in Australia

    Larisa Cato , Daniel Mullan , in Breadmaking (Third Edition) , 2020

    8.3.3 Genomic selection

    Genomic selection (GS) refers to an approach to marker-assisted selection where genetic markers (often SNPs) covering the entire genome are used so that all quantitative trait loci (QTL) of interest are in linkage disequilibrium with at least a single marker. All major wheat breeding companies in Australia are using genomic selection approaches and information to enhance their breeding pipelines to varying degrees. The potential application value of a genomic selection approach is high in wheat quality as it is best utilized for complexly inherited traits. Lower environmental influence is also important even though this still exists in quality testing, with sources recorded for trial year, location, and laboratory testing influences for example. The challenge of GS is to increase the accuracy of selection while decreasing cost so the implementation of the technology can be achieved at an early stage in the breeding process.

    Breeding company genetic gain is partly a function of time so bringing forward confident selection of quality performance allows for the reduction in timeframes and increased genetic gains. The improvements in time can be substantial when GS is implemented with many studies/simulations outlining the benefits. Successful GS relies on the development of accurate models which need to be generated by training data that represents the breeding population and targets. It is difficult, however, to document the real value to Australian programs as there are no reported examples of actual genetic gain in breeding programs as the approach is young and data is commercially protected. Integrating major genes as fixed effects into genomic prediction models has been shown to improve such a genomic selection approach for plant morphological and disease resistance traits ( Bernardo, 2014 Zhao et al., 2015 Arruda et al., 2016 ), and has been verified with the Glu-1 loci markers that were associated with dough rheological traits in academic studies.


    Breeding, molecular markers and molecular biology of the olive tree

    Olive (olea avrupa L.) is a typical crop species of the Mediterranean Basin. A number of cultivars were selected and propagated mainly vegetatively over the centuries for their qualitative and quantitative traits. Due to the long juvenile phase of the tree, few breeding programs have been performed. Therefore the most appropriate process is a selection scheme from heterogeneous populations or cultivars varying in oil quantity and quality, harvest regimes, and biotic and abiotic resistance. Molecular marker techniques have been applied recently on olive to relate, identify, distinguish and characterize different cultivars or genotypes and in order to provide information on olive origin and dispersal and to evaluate olive germplasm for traits with agronomical importance. To understand the regulation of biosynthetic pathways of oil and antioxidants on the molecular level, we have isolated a number of genes encoding for key enzymes in fatty acid and antioxidant biosynthesis, modification and triacylglycerol storage. The gene expression during fruit growth and seed development as well as their transient and temporal expression in different tissues is discussed in relation to storage of fatty acids and to provision of signaling molecules important in plant defense mechanisms and reproduction.


    İçindekiler

    In biology, a probe is a single strand of DNA or RNA that is complementary to a nucleotide sequence of interest.

    RNA probes can be designed for any gene or any sequence within a gene for visualization of mRNA, [3] [4] [5] lncRNA [6] [7] [8] and miRNA in tissues and cells. FISH is used by examining the cellular reproduction cycle, specifically interphase of the nuclei for any chromosomal abnormalities. [9] FISH allows the analysis of a large series of archival cases much easier to identify the pinpointed chromosome by creating a probe with an artificial chromosomal foundation that will attract similar chromosomes. [9] The hybridization signals for each probe when a nucleic abnormality is detected. [9] Each probe for the detection of mRNA and lncRNA is composed of

    20-50 oligonucleotide pairs, each pair covering a space of 40–50 bp. The specifics depend on the specific FISH technique used. For miRNA detection, the probes use proprietary chemistry for specific detection of miRNA and cover the entire miRNA sequence.

    Probes are often derived from fragments of DNA that were isolated, purified, and amplified for use in the Human Genome Project. The size of the human genome is so large, compared to the length that could be sequenced directly, that it was necessary to divide the genome into fragments. (In the eventual analysis, these fragments were put into order by digesting a copy of each fragment into still smaller fragments using sequence-specific endonucleases, measuring the size of each small fragment using size-exclusion chromatography, and using that information to determine where the large fragments overlapped one another.) To preserve the fragments with their individual DNA sequences, the fragments were added into a system of continually replicating bacteria populations. Clonal populations of bacteria, each population maintaining a single artificial chromosome, are stored in various laboratories around the world. The artificial chromosomes (BAC) can be grown, extracted, and labeled, in any lab containing a library. Genomic libraries are often named after the institution in which they were developed. An example being the RPCI-11 library, which is named after Roswell Park Comprehensive Cancer Center (formerly known as Roswell Park Cancer Institute) in Buffalo, New York. These fragments are on the order of 100 thousand base-pairs, and are the basis for most FISH probes.

    Preparation and hybridization process – RNA Edit

    Cells, circulating tumor cells (CTCs), or formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) or frozen tissue sections are fixed, then permeabilized to allow target accessibility. FISH has also been successfully done on unfixed cells. [10] A target-specific probe, composed of 20 oligonucleotide pairs, hybridizes to the target RNA(s). Separate but compatible signal amplification systems enable the multiplex assay (up to two targets per assay). Signal amplification is achieved via series of sequential hybridization steps. At the end of the assay the tissue samples are visualized under a fluorescence microscope.

    Preparation and hybridization process – DNA Edit

    First, a probe is constructed. The probe must be large enough to hybridize specifically with its target but not so large as to impede the hybridization process. The probe is tagged directly with fluorophores, with targets for antibodies or with biotin. Tagging can be done in various ways, such as nick translation, or Polymerase chain reaction using tagged nucleotides.

    Then, an interphase or metaphase chromosome preparation is produced. The chromosomes are firmly attached to a substrate, usually glass. Repetitive DNA sequences must be blocked by adding short fragments of DNA to the sample. The probe is then applied to the chromosome DNA and incubated for approximately 12 hours while hybridizing. Several wash steps remove all unhybridized or partially hybridized probes. The results are then visualized and quantified using a microscope that is capable of exciting the dye and recording images.

    If the fluorescent signal is weak, amplification of the signal may be necessary in order to exceed the detection threshold of the microscope. Fluorescent signal strength depends on many factors such as probe labeling efficiency, the type of probe, and the type of dye. Fluorescently tagged antibodies or streptavidin are bound to the dye molecule. These secondary components are selected so that they have a strong signal.

    FISH is a very general technique. The differences between the various FISH techniques are usually due to variations in the sequence and labeling of the probes and how they are used in combination. Probes are divided into two generic categories: cellular and acellular. In fluorescent "in situ" hybridization refers to the cellular placement of the probe

    Probe size is important because longer probes hybridize less specifically than shorter probes, so that short strands of DNA or RNA (often 10–25 nucleotides) which are complementary to a given target sequence are often used to locate a target. The overlap defines the resolution of detectable features. For example, if the goal of an experiment is to detect the breakpoint of a translocation, then the overlap of the probes — the degree to which one DNA sequence is contained in the adjacent probes — defines the minimum window in which the breakpoint may be detected.

    The mixture of probe sequences determines the type of feature the probe can detect. Probes that hybridize along an entire chromosome are used to count the number of a certain chromosome, show translocations, or identify extra-chromosomal fragments of chromatin. This is often called "whole-chromosome painting." If every possible probe is used, every chromosome, (the whole genome) would be marked fluorescently, which would not be particularly useful for determining features of individual sequences. However, it is possible to create a mixture of smaller probes that are specific to a particular region (locus) of DNA these mixtures are used to detect deletion mutations. When combined with a specific color, a locus-specific probe mixture is used to detect very specific translocations. Special locus-specific probe mixtures are often used to count chromosomes, by binding to the centromeric regions of chromosomes, which are distinctive enough to identify each chromosome (with the exception of Chromosome 13, 14, 21, 22.)

    A variety of other techniques uses mixtures of differently colored probes. A range of colors in mixtures of fluorescent dyes can be detected, so each human chromosome can be identified by a characteristic color using whole-chromosome probe mixtures and a variety of ratios of colors. Although there are more chromosomes than easily distinguishable fluorescent dye colors, ratios of probe mixtures can be used to create ikincil renkler. Similar to comparative genomic hybridization, the probe mixture for the secondary colors is created by mixing the correct ratio of two sets of differently colored probes for the same chromosome. This technique is sometimes called M-FISH.

    The same physics that make a variety of colors possible for M-FISH can be used for the detection of translocations. That is, colors that are adjacent appear to overlap a secondary color is observed. Some assays are designed so that the secondary color will be present or absent in cases of interest. An example is the detection of BCR/ABL translocations, where the secondary color indicates disease. This variation is often called double-fusion FISH or D-FISH. In the opposite situation—where the absence of the secondary color is pathological—is illustrated by an assay used to investigate translocations where only one of the breakpoints is known or constant. Locus-specific probes are made for one side of the breakpoint and the other intact chromosome. In normal cells, the secondary color is observed, but only the primary colors are observed when the translocation occurs. This technique is sometimes called "break-apart FISH".

    Single-molecule RNA FISH Edit

    Single-molecule RNA FISH, also known as Stellaris® RNA FISH, [11] is a method of detecting and quantifying mRNA and other long RNA molecules in a thin layer of tissue sample. Targets can be reliably imaged through the application of multiple short singly labeled oligonucleotide probes. [12] The binding of up to 48 fluorescent labeled oligos to a single molecule of mRNA provides sufficient fluorescence to accurately detect and localize each target mRNA in a wide-field fluorescent microscopy image. Probes not binding to the intended sequence do not achieve sufficient localized fluorescence to be distinguished from background. [13]

    Single-molecule RNA FISH assays can be performed in simplex or multiplex, and can be used as a follow-up experiment to quantitative PCR, or imaged simultaneously with a fluorescent antibody assay. The technology has potential applications in cancer diagnosis, [14] neuroscience, gene expression analysis, [15] and companion diagnostics.

    Fiber FISH Edit

    In an alternative technique to interphase or metaphase preparations, fiber FISH, interphase chromosomes are attached to a slide in such a way that they are stretched out in a straight line, rather than being tightly coiled, as in conventional FISH, or adopting a chromosome territory conformation, as in interphase FISH. This is accomplished by applying mechanical shear along the length of the slide, either to cells that have been fixed to the slide and then lysed, or to a solution of purified DNA. A technique known as chromosome combing is increasingly used for this purpose. The extended conformation of the chromosomes allows dramatically higher resolution – even down to a few kilobases. The preparation of fiber FISH samples, although conceptually simple, is a rather skilled art, and only specialized laboratories use the technique routinely. [16]

    Q-FISH Edit

    Q-FISH combines FISH with PNAs and computer software to quantify fluorescence intensity. This technique is used routinely in telomere length research.

    Flow-FISH Edit

    Flow-FISH uses flow cytometry to perform FISH automatically using per-cell fluorescence measurements.

    MA-FISH Edit

    Microfluidics-assisted FISH (MA-FISH) uses a microfluidic flow to increase DNA hybridization efficiency, decreasing expensive FISH probe consumption and reduce the hybridization time. MA-FISH is applied for detecting the HER2 gene in breast cancer tissues. [17]

    MAR-FISH Edit

    Microautoradiography FISH is a technique to combine radio-labeled substrates with conventional FISH to detect phylogenetic groups and metabolic activities simultaneously. [18]

    Hybrid Fusion-FISH Edit

    Hybrid Fusion FISH (HF-FISH) uses primary additive excitation/emission combination of fluorophores to generate additional spectra through a labeling process known as dynamic optical transmission (DOT). Three primary fluorophores are able to generate a total of 7 readily detectable emission spectra as a result of combinatorial labeling using DOT. Hybrid Fusion FISH enables highly multiplexed FISH applications that are targeted within clinical oncology panels. The technology offers faster scoring with efficient probesets that can be readily detected with traditional fluorescent microscopes.

    Often parents of children with a developmental disability want to know more about their child's conditions before choosing to have another child. These concerns can be addressed by analysis of the parents' and child's DNA. In cases where the child's developmental disability is not understood, the cause of it can potentially be determined using FISH and cytogenetic techniques. Examples of diseases that are diagnosed using FISH include Prader-Willi syndrome, Angelman syndrome, 22q13 deletion syndrome, chronic myelogenous leukemia, acute lymphoblastic leukemia, Cri-du-chat, Velocardiofacial syndrome, and Down syndrome. FISH on sperm cells is indicated for men with an abnormal somatic or meiotic karyotype as well as those with oligozoospermia, since approximately 50% of oligozoospermic men have an increased rate of sperm chromosome abnormalities. [19] The analysis of chromosomes 21, X, and Y is enough to identify oligozoospermic individuals at risk. [19]

    In medicine, FISH can be used to form a diagnosis, to evaluate prognosis, or to evaluate remission of a disease, such as cancer. Treatment can then be specifically tailored. A traditional exam involving metaphase chromosome analysis is often unable to identify features that distinguish one disease from another, due to subtle chromosomal features FISH can elucidate these differences. FISH can also be used to detect diseased cells more easily than standard Cytogenetic methods, which require dividing cells and requires labor and time-intensive manual preparation and analysis of the slides by a technologist. FISH, on the other hand, does not require living cells and can be quantified automatically, a computer counts the fluorescent dots present. However, a trained technologist is required to distinguish subtle differences in banding patterns on bent and twisted metaphase chromosomes. FISH can be incorporated into Lab-on-a-chip microfluidic device. This technology is still in a developmental stage but, like other lab on a chip methods, it may lead to more portable diagnostic techniques. [20] [21]

    Species identification Edit

    FISH has been extensively studied as a diagnostic technique for the identification of pathogens in the field of medical microbiology. [22] Although it has been proven to be a useful and applicable technique, it is still not widely applied in diagnostic laboratories. The short time to diagnosis (less than 2 hours) has been a major advantage compared with biochemical differentiation, but this advantage is challenged by MALDI-TOF-MS which allows the identification of a wider range of pathogens compared with biochemical differentiation techniques. Using FISH for diagnostic purposes has found its purpose when immediate species identification is needed, specifically for the investigation of blood cultures for which FISH is a cheap and easy technique for preliminary rapid diagnosis. [22]

    FISH can also be used to compare the genomes of two biological species, to deduce evolutionary relationships. A similar hybridization technique is called a zoo blot. Bacterial FISH probes are often primers for the 16s rRNA region.

    FISH is widely used in the field of microbial ecology, to identify microorganisms. Biofilms, for example, are composed of complex (often) multi-species bacterial organizations. Preparing DNA probes for one species and performing FISH with this probe allows one to visualize the distribution of this specific species within the biofilm. Preparing probes (in two different colors) for two species allows researchers to visualize/study co-localization of these two species in the biofilm and can be useful in determining the fine architecture of the biofilm.

    Comparative genomic hybridization Edit

    Comparative genomic hybridization can be described as a method that uses FISH in a parallel manner with the comparison of the hybridization strength to recall any major disruptions in the duplication process of the DNA sequences in the genome of the nucleus. [23]

    Virtual karyotype Edit

    Virtual karyotyping is another cost-effective, clinically available alternative to FISH panels using thousands to millions of probes on a single array to detect copy number changes, genome-wide, at unprecedented resolution. Currently, this type of analysis will only detect gains and losses of chromosomal material and will not detect balanced rearrangements, such as translocations and inversions which are hallmark aberrations seen in many types of leukemia and lymphoma.

    Spectral karyotype Edit

    Spectral karyotyping is an image of colored chromosomes. Spectral karyotyping involves FISH using multiple forms of many types of probes with the result to see each chromosome labeled through its metaphase stage. This type of karyotyping is used specifically when seeking out chromosome arrangements.


    Restricted License Requirements

    Practice as a clinical laboratory technologist within the areas of Cytogenetics Flow Cytometry/Cellular Immunology Histocompatibility Molecular Diagnosis to the extent such Molecular Diagnosis is included in Genetic Testing-Molecular and Molecular Oncology Molecular Diagnosis including but not limited to Genetic Testing-Molecular and Molecular Oncology for employment in cancer centers and designated training hospitals Stem Cell Process and Toxicology in New York State requires a license as a clinical laboratory technologist or a restricted license as a clinical laboratory technologist, unless otherwise exempt under the law.

    To receive a clinical laboratory technologist restricted license to practice in one of the previously mentioned areas in New York State you must:

    • be of good moral character
    • be at least 18 years of age
    • meet education requirements and
    • meet experience requirements.

    You must file an Application for a Restricted License (Form 1) and the other forms indicated, along with the appropriate fee, to the Office of the Professions at the address specified on each form. It is your responsibility to follow up with anyone you have asked to send us material.

    The specific requirements for licensure are contained in Title 8, Article 165 of New York's Education Law and Subpart 79-13 of the Regulations of the Commissioner of Education.

    You should also read the general licensing information applicable for all professions.

    The fee for a clinical laboratory technologist restricted license and first registration is $371.

    Fees are subject to change. The fee due is the one in law when your application is received (unless fees are increased retroactively). You will be billed for the difference if fees have been increased.

    • Do not send cash.
    • Make your personal check or money order payable to the New York State Education Department. NOTE: Your cancelled check is your receipt.
    • Mail your application and fee to:

    NYS Education Department
    Office of the Professions
    PO Box 22063
    Albany, NY 12201

    NOTE: Payment submitted from outside the United States should be made by check or draft on a United States bank and in United States currency payments submitted in any other form will not be accepted and will be returned.

    Partial Refunds

    Individuals who withdraw their licensure application may be entitled to a partial refund.

    • For the procedure to withdraw your application, contact the Clinical Laboratory Technology Unit by e-mailing [email protected] or by calling 518-474-3817 ext. 260 or by faxing 518-402-2323.
    • The State Education Department is not responsible for any fees paid to an outside testing or credentials verification agency.

    If you withdraw your application, obtain a refund, and then decide to seek New York State licensure at a later date, you will be considered a new applicant, and you will be required to pay the licensure and registration fees and meet the licensure requirements in place at the time you reapply.

    Eğitim Gereksinimleri

    To meet the professional education requirements for a clinical laboratory technologist restricted license, you must present evidence of completion of a baccalaureate or higher degree program in the major of biology, chemistry, the physical sciences, or mathematics from a program registered by the State Education Department or determined by the Department to be the substantial equivalent.

    In addition to the degree requirement, you must complete an approved training program in the specific area in which you are seeking a restricted license. The content of the training program shall be described and attested to by the clinical director of the laboratory in which the program is located prior to the beginning of the your program* using the respective Form 4.

    *NOTE: You may not begin a program until the application has been approved and a certificate has been issued.

    The training program shall consist of not less than one year of full-time training in the specific area in which you are seeking certification, which shall consist of no less than 1750 hours in a calendar year, in the specific area in which you are seeking certification, or the part-time equivalent thereof, as determined by the department.

    The respective areas for each field are:

    Cytogenetics

    A program in cytogonetics must contain knowledge of:

    • chromosome structure/behavior and its correlation with phenotype and of chromosomal abnormalities.

    The program shall also include but need not be limited to:

    • general laboratory principles and skills
    • including infection control and aseptic technique quality control and quality assurance
    • clinical cytogenetics
    • general knowledge of human genetics
    • laboratory mathematics
    • the collection, handling, preparation and processing of pertinent specimens
    • the use of appropriate cell culture techniques
    • the principles and techniques for harvesting specimens or cell cultures and,
    • the principles and techniques of chromosome banding, staining, analysis, and instrumentation

    Flow Cytometry/Cellular Immunology

    A program in flow cytometry/cellular immunology must contain knowledge of:

    • The technique for counting, sorting, and characterization of cells suspended in a fluid stream based on their physical properties and expression of cell surface molecules

    The program shall also include but need not be limited to:

    • general laboratory principles and skills
    • infection control and aseptic technique
    • quality control and quality assurance
    • instrumentation and equipment
    • the basic principles of flow cytometry, including specimen preparation, fluidics and electronics
    • fluorochrome selection
    • antibody selection
    • the design of flow cytometry procedures, including routine standardization and quality management and
    • specific clinical applications.

    Histocompatibility

    A program in histocompatibility must contain knowledge of:

    • clinical immunology
    • immunogenetics
    • basic molecular biology and
    • laboratory mathematics.

    The program shall also include but need not be limited to:

    • general laboratory principles and skills, including infection control and aseptic technique
    • the practice of HLA typing and HLA antibody testing
    • specimen collection, processing and handling
    • instrumentation and equipment
    • reagent preparation and quality control
    • quality assurance, principles and techniques of histocompatibility assays, and crossmatching
    • antibody screening and identification and,
    • determination of degree of HLA matching.

    Molecular Diagnosis Restricted to Molecular Diagnosis Included In Genetic Testing-Molecular and Molecular Oncology

    A program in molecular diagnosis must contain knowledge of:

    • the role of molecular genetics in tumor diagnosis and individualized tumor therapies that are being defined and implemented.

    The program shall also include but need not be limited to:

    • general laboratory principles
    • infection control and aseptic technique
    • quality control and quality assurance
    • applicable laboratory skills
    • general principles of molecular biology, clinical molecular genetics and molecular diagnosis
    • laboratory mathematics
    • basic principles of nucleic acid extraction, modification, amplification, identification, and unidirectional workflow techniques to avoid cross contamination
    • electrophoresis and other separation techniques
    • transfer and hybridization techniques and specific techniques of nucleic acid amplification and identification.

    Molecular Diagnosis Not Restricted to Molecular Diagnosis Included in Genetic Testing-Molecular and Molecular Oncology for Employment in Cancer Centers and Designated Training Hospitals

    A program in molecular diagnosis must contain knowledge of:

    • the role of molecular genetics in tumor diagnosis and individualized tumor therapies that are being defined and implemented.

    The program shall also include but need not be limited to:

    • general laboratory principles
    • infection control and aseptic technique
    • quality control and quality assurance
    • applicable laboratory skills
    • general principles of molecular biology, clinical molecular genetics and molecular diagnosis
    • laboratory mathematics
    • basic principles of nucleic acid extraction, modification, amplification, identification, and unidirectional workflow techniques to avoid cross contamination
    • electrophoresis and other separation techniques
    • transfer and hybridization techniques and specific techniques of nucleic acid amplification and identification and
    • additional training in molecular diagnosis acceptable to the Department that would enable you to practice competently.

    Stem Cell Process

    A program in stem cell process must contain knowledge of:

    The program shall also include but need not be limited to:

    • general laboratory principles and skills
    • infection control and aseptic technique
    • instrumentation and equipment
    • quality control and quality assurance
    • laboratory mathematics
    • the process of handling stem cell specimens in the laboratory
    • enumeration and characterization of stem cells
    • ABO/Rh confirmatory typing and,
    • reagent preparation.

    Toksikoloji

    A program in toxicology must contain knowledge of:

    • laboratory methods in toxicology, including qualitative and quantitative determination of xenobiotics present in biological specimens.

    The program shall also include but need not be limited to:

    • general laboratory principles and skills
    • basic principles of chemistry, biology, and the physical sciences
    • basic principles of pharmacology
    • basic principles of purification, separation, and extraction techniques
    • instrumentation and equipment
    • quality control and quality assurance
    • laboratory mathematics
    • the principles of immunoassay techniques
    • preparation and processing of biological specimens for toxicological analysis
    • the principles of analytical techniques
    • review and certification of toxicology results and,
    • aseptic technique and infection control and specific clinical applications

    The Department must receive, directly from the clinical laboratory director of the program, verification of completion of an approved training program using the respective Form 4A.

    Additional Educational Requirements

    New York State Public Health Law and Regulations

    The laws, rules and regulations listed below can be accessed on the Web at www.wadsworth.org/regulatory/clep/laws

    • Article V, Title V Clinical Laboratory and Blood Banking Services
    • Article 31 Human Blood and Transfusion Services
    • Article 27F HIV and AIDS Related Information
    • Article 43-B, Organ, Tissue, and Body Parts
    • Article V, Title VI Laboratory Business Practices
    • Section 79.1 of the New York State Civil Rights Law, Confidentiality of Genetic Testing
    • Part 19 of 10 (NYCRR) Clinical Laboratory Directors
    • Subpart 34-2 of 10 (NYCRR) Laboratory Business Practices
    • Subpart 58-1 of 10 (NYCRR) Clinical Laboratories
    • Subpart 58-2 of 10 (NYCRR) Blood Banking
    • Subpart 58-5 of 10 (NYCRR) Hematopoietic Progenitor Cell Banks
    • Subpart 58-8 of 10 (NYCRR) Human Immunodeficiency Virus (HIV) Testing
    • Subpart 63 of 10 (NYCRR) AIDS/HIV Testing, Reporting and Confidentiality

    Federal Laws and Regulations

    The laws and regulations listed below can be accessed on the Web at www.cms.hhs.gov/clia/

    Requirements at a Glance

    You may print and keep this checklist as a reminder of what forms you need to file. This is for your reference and should not be submitted with your application forms. You should also keep a copy of all application forms submitted.


    Videoyu izle: Mehmet Çalıseki - Moleküler Klonlama Teknikleri için Biyoinformatik Uygulamalar Çalıştayı (Ağustos 2022).