Bilgi

5: Soyağacı ve Popülasyonlar - Biyoloji

5: Soyağacı ve Popülasyonlar - Biyoloji


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Önceki bölümlerde açıklanan temel genetik kavramları hemen hemen her ökaryotik organizmaya uygulanabilir. Bununla birlikte, test çaprazlamaları gibi bazı teknikler yalnızca model organizmalar veya deneysel olarak manipüle edilebilen diğer türlerle gerçekleştirilebilir. Genetikçiler, insanlarda ve kontrollü çiftleşmelerin mümkün olmadığı diğer türlerdeki genlerin kalıtım kalıplarını incelemek için soy ve popülasyon analizini kullanır.

  • 5.1: Soyağacı ve Popülasyonların Başlangıcı
    Genetikçiler, insanlarda ve kontrollü çiftleşmelerin mümkün olmadığı diğer türlerdeki genlerin kalıtım kalıplarını incelemek için soyağacı ve popülasyon analizini kullanır.
  • 5.2: Soy Analizi
    Soy çizelgeleri, belirli bir organizma ve onun ataları için fenotipleri ve/veya genotipleri gösteren diyagramlardır. İnsan ailelerinde genetik hastalıkları izlemek için yaygın olarak kullanılsa da, herhangi bir tür ve herhangi bir kalıtsal özellik için kullanılabilirler.
  • 5.3: Kalıtım Modunu Çıkarsama
    Tanımlanmamış bir hastalık veya özelliğin soyağacı verildiğinde, ilk görevlerden biri hangi kalıtım biçimlerinin mümkün olduğunu ve ardından hangi kalıtım biçiminin daha olası olduğunu belirlemektir. Bu bilgi, özelliğin gelecekteki herhangi bir yavruya kalıtılma olasılığının hesaplanmasında esastır. Çoğunlukla beş ana kalıtım türünü ele alacağız: otozomal dominant (AD), otozomal resesif (AR), X'e bağlı baskın (XD), X'e bağlı çekinik (XR) ve Y'ye bağlı (Y).
  • 5.4: Sporadik ve Kalıtsal Olmayan Hastalıklar
    Kalıtsal bir bileşeni olan birçok hastalık, (1) çoklu genlerin katılımı ve/veya (2) çevresel faktörler nedeniyle daha karmaşık kalıtım kalıplarına sahiptir.
  • 5.5: Olasılıkların Hesaplanması
    Soyağaçlarındaki olasılıklar, Mendel kalıtımı bilgisi ve diğer alanlarda kullanılanlarla aynı temel yöntemler kullanılarak hesaplanır. İlk formül çarpım kuralıdır: iki bağımsız olayın ortak olasılığı, onların bireysel olasılıklarının çarpımıdır; bu, bir olayın VE başka bir olayın meydana gelme olasılığıdır.
  • 5.6: Nüfus Genetiği
    Bir popülasyon, birbirleriyle çiftleşme yeteneğine sahip aynı türden büyük bir grup bireydir. Bir popülasyondaki belirli alellerin sıklığını bilmek faydalıdır, çünkü bu bilgi hastalık risklerini hesaplamak için kullanılabilir. Popülasyon genetiği, ekoloji ve evrimde de önemlidir, çünkü alel frekanslarındaki değişiklikler, göç veya doğal seçilim ile ilişkilendirilebilir.
  • 5.E: Soylar ve Popülasyonlar (Alıştırmalar)
    Bunlar Nickle ve Barrette-Ng'nin "Çevrimiçi Açık Genetik" Metin Haritasına eşlik edecek ev ödevi alıştırmalarıdır.
  • 5.S: Soylar ve Popülasyonlar (Özet)

Çin popülasyonunda Xp22.31 mikroduplikasyonlu beş soyağacının doğum öncesi tanı ve genetik çalışması

Arka plan: Kopya sayısı varyasyonları (CNV'ler), insan fenotipine, fenotipik çeşitliliğe ve hastalık duyarlılığına katkıda bulunabilirken, diğerleri iyi huylu olabilir. Mevcut çalışmada, Xp22.31 kromozomundaki CNV'lerin patojenitesini araştırma girişimi araştırıldı.

Yöntemler: Fetüslerde kromozom karyotiplerini ve CNV'leri analiz etmek için G-bantlama ve SNP-dizi teknikleri kullanıldı. Gebelikte yüksek risk faktörlerine sahip beş farklı soyağacı ile ilişkili ebeveynler, ileri yaş, yüksek serolojik tarama riski ve ultrason anormallikleri gibi parametrelerle değerlendirildi.

Sonuçlar: Fetüslerin amniyotik sıvı karyotipleri 46, XX idi ve beş soyağacı olan ebeveynlerinin karyotiplerinde anormallik yoktu. Burada, 534.6 kb ile 1.6 Mb arasında değişen Xp22.31 kopyalarına sahip bir dizi birey fark ettik. Pedigree 1 ve 2'deki fetüslerin SNP dizilimiyle tespit edildi.

İki OMIM geni içeren X kromozomlarının Xp22.31 bölgesinde 600 kb duplikasyonlar, HDHD1 (OMIM: 306480) ve bir kısmı KH (OMİM: 300747). Pedigres 3, 4 ve 5'in fetüsleri, dört OMIM geni içeren aynı kromozomda 1,6 Mb duplikasyona sahipti: HDHD1 (OMİM: 306480), KH (OMİM: 300747), PNPLA4 (OMIM: 300102) ve VCX (OMİM: 300229). Soy 1 ve 5'in fetüslerindeki kopyalar, fenotipik olmayan ebeveynlerden miras alındı. Soy 3 ve 4 ebeveyn doğrulaması yapmayı reddetti. Son olarak, beş soyağacından dördü, takiplerde herhangi bir anormallik gözlenmeden gebeliğe doğru devam etmektedir.

Çözüm: Çalışmamız ilk olarak Çin popülasyonunda Xp22.31 kopyalarını gösterdi. Beş farklı soyağacı üzerinde klinik ve genetik araştırma, bu parçaların kopyalanmasını olası iyi huylu kopya sayısı varyantları (CNV'ler) olarak değerlendiriyoruz. İyi huylu bir CNV'ler olarak tekrarlayan çoğaltma ile Xp22.31 çoğaltmalarını öneriyoruz.

Anahtar Kelimeler: Mikroduplikasyon Polimorfizmi, tek nükleotid Prenatal tanı Xp22.31.

Çıkar çatışması beyanı

Rekabetçi çıkarlar Yazarlar, rekabet eden çıkarları olmadığını beyan eder.


Tehdit altındaki bir çıngıraklı yılanda son nüfus bağlantısının soyağacı tabanlı değerlendirmesi

Scott A. Martin, Evrim, Ekoloji ve Organizma Biyolojisi ve Ohio Biyoçeşitliliği Koruma Ortaklığı, Ohio Eyalet Üniversitesi, Columbus, OH 43215-1253, ABD.

Evrim, Ekoloji ve Organizma Biyolojisi Bölümü ve Ohio Biyoçeşitliliği Koruma Ortaklığı, Ohio Eyalet Üniversitesi, Columbus, OH, ABD

Evrim, Ekoloji ve Organizma Biyolojisi Bölümü ve Ohio Biyoçeşitliliği Koruma Ortaklığı, Ohio Eyalet Üniversitesi, Columbus, OH, ABD

Evrim, Ekoloji ve Organizma Biyolojisi Bölümü ve Ohio Biyoçeşitliliği Koruma Ortaklığı, Ohio Eyalet Üniversitesi, Columbus, OH, ABD

Scott A. Martin, Evrim, Ekoloji ve Organizma Biyolojisi Bölümü ve Ohio Biyoçeşitliliği Koruma Ortaklığı, Ohio Eyalet Üniversitesi, Columbus, OH 43215-1253, ABD.

Evrim, Ekoloji ve Organizma Biyolojisi Bölümü ve Ohio Biyoçeşitliliği Koruma Ortaklığı, Ohio Eyalet Üniversitesi, Columbus, OH, ABD

Evrim, Ekoloji ve Organizma Biyolojisi Bölümü ve Ohio Biyoçeşitliliği Koruma Ortaklığı, Ohio Eyalet Üniversitesi, Columbus, OH, ABD

Soyut

Parçalanmış arazilerde nesli tükenmekte olan türleri yönetmek, çağdaş zaman ölçeklerinde popülasyonlar arasındaki dağılım oranlarının tahmin edilmesini gerektirir. Burada, yakın ve uzak akrabalar için genetik soy verilerini kullanarak son dağılımı ölçmek için yeni bir yöntem geliştirdik. Spesifik olarak, parçalanmış bir manzara boyunca habitat yamalarında akraba çiftleri arasında ortak ataların eksik olduğu sonucuna varan bir yaklaşımı açıklıyoruz. Daha sonra, örneklenmiş akraba çiftlerinde gözlemlenen konumları üretmek için gereken hareket sayısını en aza indirerek soyağacındaki örneklenmemiş bireyleri olası konumlara atamak için bir basamak modeli uyguladık. Son olarak, bir Bayes modeli altında habitat yamaları arasındaki yayılma oranlarını tahmin etmek için yeniden yapılandırılmış ebeveyn-yavru kümelerinin tüm çiftlerini kullandık. Yaklaşımımız, soyağacında yer alan az sayıda nesil tarafından temsil edilen zaman ölçeğinde bağlanabilirliği ölçer ve bu nedenle, insan faaliyetinden kaynaklanan son habitat değişikliklerinin etkilerini tahmin etmek için uygundur. Tehdit altındaki Doğu Massasauga çıngıraklı yılanlarının yeni keşfedilen popülasyonları arasındaki son hareketi tahmin etmek için yöntemimizi kullandık (Sistrurus catenatus) 2996 RAD tabanlı genetik lokustan gelen verileri kullanarak. Soyağacı analizlerimiz, beş genetik grup arasında çağdaş bağlantı için hiçbir kanıt bulamadı, ancak yaklaşımımızın doğrulaması olarak, tek bir genetik küme içindeki örnek siteler arasında yüksek dağılma oranları gösterdi. Doğu Massasauga çıngıraklı yılanlarının bu beş genetik kümesinin az sayıda yerleşik yılana sahip olduğu ve demografik olarak izole edilmiş koruma birimleri olduğu sonucuna vardık. Daha geniş anlamda, metodolojimiz, diğer yaklaşımları etkileyen atalardan dolayı paylaşılan genetik benzerlikten kaynaklanan önyargıdan bağımsız olarak, çağdaş bağlantı oranlarını belirlemek için yaygın olarak uygulanabilir.


Yöntemler

İncelenen ırklar

Fransız ulusal veri tabanlarından 60 köpek, 40 koyun, 20 sığır ve 20 at ırkına ait soyağacı dosyaları çıkarılmıştır. Her tür için, ırklar çok çeşitli durumları temsil edecek şekilde seçilmiştir, yani gerçek popülasyon büyüklüğü, tehlikede olma durumu (incelenen koyun, sığır ve at ırkları arasındaki 28 popülasyon, nesli tükenmekte olan ırklar için sübvansiyonlar yoluyla Fransız hükümetinden mali destek almıştır), üreme amaç (örneğin, et veya süt için seçim) veya coğrafi köken (yerel, ithal veya ulusötesi nüfus).

Referans popülasyonları tanımlamak için, üretim aralıkları (T) dört yola göre (aşağıya bakınız), bir referans yılından önceki 10 yıllık bir süre boyunca (köpek ırkları için 2005'e bakınız) yararlı yavruları doğduğunda (yani yavrular, daha sonra ebeveyn haline gelen yavrular) ebeveynlerin ortalama yaşı olarak hesaplanmıştır (bkz. [10]) ve 2007 koyun, sığır ve at ırkları için). Referans popülasyonlar, her iki ebeveyni de bilinen, referans yılından önceki bir nesil aralığı döneminde doğan tüm bireyler (veya bu türlerde yetiştirilen az sayıda erkek göz önüne alındığında, koyun ve sığır ırkları için sadece dişiler) olarak tanımlandı.

Etkili popülasyon büyüklüğünü tahmin etmek için kullanılan yöntemler n e

Cinsiyet oranına dayalı yöntem: Nes

Tahmin için Wright'ın modeli [1] n es cinsiyet oranına dayanmaktadır. Bu çok basit yöntemin, rastgele çiftleşme, seçim yapılmaması ve ebeveynler arasında soy boyutunun rastgele varyasyonu dahil olmak üzere çeşitli varsayımlar altında hem akrabalı yetiştirme hem de soy boyutundaki varyansın artan etkilerini yansıtması beklenir. hesaplanması n es sadece tahmini üreyen erkek sayısını gerektirir (m) ve dişiler (F) referans popülasyonda ve aşağıdaki denklem (1):

Döl boyutunun varyansına dayalı yöntem: Nev

Bu yöntem öncekinden daha karmaşıktır çünkü doğrudan soy boyutunun gözlemlenen varyansını hesaba katar [6]. Referans popülasyonun ebeveynleri, bir grup yararlı yavru olarak kabul edilir. Her yolda (mm = efendim-efendim, sevgili = efendim-barajı, FM = ana-baba veya ff = baraj-baraj), gözlemlenen varyans (σ 2) ve kovaryans (σ) soy büyüklüğü, bu bireyler ve kendi ebeveynleri (yani referans popülasyonun büyükanne ve büyükbabaları) dikkate alınarak hesaplanır. n ev daha sonra denklem (2) kullanılarak hesaplanır; m r ve F r Her yıl üremeye başlayan yeni erkek ve kadın ebeveynlerin sayısı, referans yılından önceki 10 yıl boyunca ortalamadır:

Ardışık iki nesil arasındaki akrabalı çiftleşme oranına dayalı yöntem: NeFt

Birbirini izleyen iki nesil düşünüldüğünde T ve T-1, akrabalı yetiştirme oranı (ΔF T) [2]'ye göre denklem (3) kullanılarak hesaplanabilir, burada F t+1 referans popülasyonun ortalama akrabalı yetiştirme katsayısıdır ve F T ebeveynlerinin ortalama akrabalı yetiştirme katsayısı:

Etkili popülasyon büyüklüğü daha sonra formül kullanılarak hesaplanabilir. n eFt = 1/2ΔF T.

Birbirini izleyen iki nesil arasındaki eş-soy oranına dayalı yöntem: NeCt

Ortalama koancestri katsayısı dikkate alındığında (C), önceki model kullanılarak uygulanabilir C t+1, referans popülasyondaki hayvanlar arasındaki ortalama akrabalık katsayısı ve C T, yerine bu referans popülasyonun ebeveynleri arasındaki ortalama uyum katsayısı FT+1 ve F T. Büyüklükteki bir popülasyon içinde hesaplanacak olan eşanlamlılık katsayılarının sayısı n eşittir n(n -1/2, ortalama koancestrinin hesaplanması, büyük popülasyonlarda çok zaman alıcı olabilir. Bu nedenle, ne zaman n(n -1)/2 100 000'den büyük, 100 000 birey çifti ile rastgele örneklenir. C 100.000 hesaplanan katsayıların ortalama değeri olarak tahmin edilir.

Bireysel akrabalı yetiştirme oranına dayalı yöntem: Ne-Fi

Guttiérez ve diğerleri [8], belirli bir bireyin soyağacı bilgisi düzeyinin belirlendiği bir yöntem önerdi. ben izlenen eşdeğer tam nesil sayısı ile tahmin edilir (EqG ben), terimlerin bilinen tüm atalarının toplamı olarak hesaplanır (1/2G), nerede G ebeveyn için bir, büyükanne ve büyükbaba için iki, vb. olan ataların nesil sayısıdır [17]. Yaklaşık bireysel akrabalı yetiştirme oranı ΔF ben denklem (4)'e göre hesaplanır, burada F ben i bireyinin akrabalı yetiştirme katsayısı:

Bireysel akrabalı yetiştirme oranlarının ortalaması Δ F ― olarak alınır, bu da aşağıdaki tahmine yol açar: n e:

standart hata şu şekilde tahmin edilebilir:

ile birlikte n referans popülasyon büyüklüğü ve σ Δ F i Δ'nin standart sapmasıF ben.

Bireysel koancestry oranına dayalı yöntem: NeCi

Cervantes ve arkadaşları [9], yaklaşık olarak eş-soy oranı Δ'yi önermeyi önerdiC ij iki kişi arasında ben ve J denklem (7) kullanılarak, burada EqG ben ve EqG J ilgili eşdeğer tam izlenen nesillerdir ve C ij onların coancestri katsayıları:

Gerektiğinde, örneklenen bireylerin 100.000 çiftinin üzerindeki koancetry'nin ortalaması alınırken, standart hata n eCi şu şekilde yaklaştı:

nerede k hesaplanan katsayıların sayısıdır (ya n(n -1)/2 veya 100 000) ve σ Δ C ij, Δ'nin standart sapmasıdırC ij.

Referans popülasyonları içindeki ortalama akrabalı yetiştirme F ― ve aynı soydan C ― katsayıları arasındaki farkları karakterize etmek için, Nei'nin sabitlenme indeksinin bir eşdeğeri F NS[18] aşağıdaki gibi hesaplanmıştır:

Tüm soyağacı analizleri, PEDIG yazılımı [19] ve kendi FORTRAN rutin prosedürlerimiz kullanılarak yapıldı.

aralıklarını değerlendirmek için n e türlere ve yöntemlere göre değerler, varyans, SAS yazılımı (windows için sürüm 9.1.3) kullanılarak analiz edildi ve sonuçlar negatif Δ ile çıkarıldı.IBD, REML ile. n e aşağıdaki modelde bağımlı değişken olarak kabul edilmiştir:

nerede α ben hesaplama yöntemidir, β J türler, ve y ij hesaplama yöntemi ve türler arasındaki etkileşim, tümü açıklayıcı sabit faktörler olarak kabul edilir ve ε ijk N(0,σ) dağılımını izleyen hata terimidir ij). Bu model, ırk rastgele bir etki olarak dahil edildiğinde (burada, ırklar her tür içinde örnek olarak kabul edilir) önemli bir etki gözlemlenmediği ve modelin hem Akaike Bilgisi (AIC) hem de Bayes Bilgisi (BIC) Kriterlerini en aza indirdiği için seçilmiştir (bkz. dosya 1: Tablo S1).

Son olarak, aralıkları değerlendirmenin yanı sıra n e değerleri, her tür için bir Temel Bileşen Analizi (PCA), ırkları gözlem ve altı yöntemi değişken olarak kabul ederek sıralamanın farklı yöntemlerle benzer olup olmadığını inceledik.


4. X'e bağlı baskın özellikler

O nasıl çalışır?

Bu tür kalıtım, X'e bağlı resesiften daha az yaygındır. X kromozomunda baskın bir gen taşındığında ortaya çıkar. X'e bağlı çekinik özelliklerden farklı olarak, hem erkek hem de dişi yavrularda fenotipin ortaya çıkması için baskın X'e bağlı alelin yalnızca bir kopyası gerekir.

X'e bağlı baskın bir özelliği nasıl tanımlayabilirsiniz?

-Bu tür bir özellik hem erkekleri hem de kadınları eşit olarak etkiler ve nesilleri atlamaz.

- Etkilenen tüm erkeklerin etkilenmiş bir annesi var

- Etkilenen tüm kadınların etkilenen bir babası var veya anne

-Etkilenen bir erkeğin tüm dişi yavruları etkilenir


İçindekiler

Biyolojik olarak ilgili kişilerin yavruları, doğuştan gelen doğum kusurları gibi akrabalı yetiştirmenin olası etkilerine tabidir. Biyolojik ebeveynler daha yakından ilişkili olduğunda bu tür bozuklukların olasılığı artar. Bunun nedeni, bu tür eşleşmelerin homozigot zigot üretme olasılığının %25 olması ve bu aleller zararlı olduğunda bozukluklar üretebilen iki resesif alel ile yavru oluşmasıdır. [14] Çekinik alellerin çoğu popülasyonlarda nadir olduğu için, akraba olmayan iki eşin her ikisinin de aynı zararlı alelin taşıyıcısı olması olası değildir, ancak yakın akrabalar alellerinin büyük bir bölümünü paylaştığı için, bu tür zararlı alellerin olma olasılığı Her iki ebeveyn aracılığıyla ortak atadan miras kalan önemli ölçüde artar. Oluşan her homozigot çekinik birey için, homozigot baskın bir birey - zararlı alelden tamamen yoksun bir birey üretme şansı eşittir. Yaygın inanışın aksine, akrabalı yetiştirme kendi başına alel frekanslarını değiştirmez, aksine homozigotların heterozigotlara göreli oranını arttırır, ancak zararlı homozigotların artan oranı aleli doğal seçilime maruz bıraktığından, uzun vadede frekansı daha hızlı azalır. akraba popülasyonları. Kısa vadede, ensest üremenin zigotların spontan düşüklerinin, perinatal ölümlerin ve doğum kusurlu doğum sonrası yavruların sayısını artırması bekleniyor. [15] Akrabalı yetiştirmenin avantajları, ortak bir seçici tarih tarafından birlikte adapte edilmiş farklı lokuslarda etkileşime giren alel yapılarını koruma eğiliminin sonucu olabilir. [16]

Malformasyonlar veya zararlı özellikler, yüksek homozigotluk oranı nedeniyle bir popülasyonda kalabilir ve bu, bir bölgede çok fazla kemiğe sahip olmak, Isle Royale'deki kurtların omurgası veya kafatasına sahip olmak gibi belirli özellikler için popülasyonun sabitlenmesine neden olur. Kuzey deniz fillerinde olduğu gibi, alt mandibular diş sırasındaki kranyal kemik uzunluklarının değiştiği anormallikler. Yüksek bir homozigotluk oranına sahip olmak bir popülasyon için sorunludur çünkü mutasyonlar tarafından üretilen resesif zararlı alellerin maskesini düşürür, heterozigot avantajını azaltır ve küçük, tehlike altındaki hayvan popülasyonlarının hayatta kalmasına zarar verir. [17] Akrabalı yetiştirme tarafından üretilen artan homozigotluk nedeniyle zararlı resesif aleller maskelendiğinde, bu akrabalı yetiştirme depresyonuna neden olabilir. [18]

Çekinik hastalıkların neden olduğu etkilerin yanı sıra başka zararlı etkileri de olabilir. Bu nedenle, benzer bağışıklık sistemleri bulaşıcı hastalıklara karşı daha savunmasız olabilir (bkz. Majör doku uyuşması kompleksi ve cinsel seçilim). [19]

Türler arasında ve türler içinde akrabalı yetiştirme depresyonunun ciddiyetindeki varyasyon tartışılırken popülasyonun akrabalı yetiştirme geçmişi de dikkate alınmalıdır. Kalıcı akrabalı yetiştirme ile, akrabalı yetiştirme depresyonunun daha az şiddetli hale geldiğini gösteren kanıtlar vardır. Bu, ciddi derecede zararlı resesif alellerin maskelenmesi ve ortadan kaldırılması ile ilişkilidir. Bununla birlikte, akraba evliliği depresyonu geçici bir fenomen değildir, çünkü zararlı resesif alellerin bu şekilde ortadan kaldırılması asla tamamlanmayacaktır. Ilımlı seçim altında akrabalı yetiştirme yoluyla hafif zararlı mutasyonları ortadan kaldırmak o kadar etkili değildir. Alellerin sabitlenmesi, büyük olasılıkla, aseksüel bir popülasyonun genomu, geri dönüşü olmayan zararlı mutasyonlar biriktirdiğinde, Muller'in mandalı yoluyla gerçekleşir. [20]

Tüm dezavantajlarına rağmen, akrabalı yetiştirme, rekombinasyon yükünü azaltmak [21] ve çekinik avantajlı fenotiplerin ifadesine izin vermek gibi çeşitli avantajlara da sahip olabilir. Akrabalı yetiştirmenin avantajlarının dezavantajlarından daha ağır bastığı koşullar altında, küçük gruplar içinde tercihli üremenin teşvik edilebileceği ve potansiyel olarak türleşmeye yol açabileceği öne sürülmüştür. [22]

Otozomal çekinik hastalıklar, belirli bir çekinik genetik mutasyon için bir alelin iki kopyasına sahip bireylerde ortaya çıkar. [23] Yeni mutasyonlar veya tek ebeveynli dizomi gibi bazı nadir durumlar dışında, böyle bir bozukluğu olan bir bireyin her iki ebeveyni de genin taşıyıcıları olacaktır. Bu taşıyıcılar mutasyon belirtisi göstermezler ve mutasyona uğramış geni taşıdıklarının farkında olmayabilirler. Akrabalar, akraba olmayan kişilerden daha yüksek oranda genlerini paylaştıklarından, akraba ebeveynlerin her ikisinin de aynı resesif alel taşıyıcısı olması daha olasıdır ve bu nedenle çocuklarına otozomal çekinik bir genetik bozukluğu kalıtım yoluyla alma riski daha yüksektir. Riskin artması, ebeveynler arasındaki genetik ilişkinin derecesine bağlıdır, ebeveynler yakın akraba olduğunda risk daha fazladır ve ikinci kuzenler gibi daha uzak akrabalar arasındaki ilişkiler için risk daha düşüktür, ancak yine de genel popülasyondan daha fazladır. [24]

Anne-baba-çocuk veya kardeş-kardeş birlikteliğinin çocukları, kuzen-kuzen birlikteliğine göre daha fazla risk altındadır. [25] : 3 Akrabalı yetiştirme, bir popülasyonda zararlı resesif alellerin beklenenden daha fazla fenotipik ifadesi ile sonuçlanabilir. [26] Sonuç olarak, birinci nesil kendi içinde yetiştirilmiş bireylerin fiziksel ve sağlık kusurları gösterme olasılığı daha yüksektir, [27] [28] şunları içerir:

  • Hem çöp boyutunda hem de sperm canlılığında azaltılmış doğurganlık
  • Artan genetik bozukluklar
  • Dalgalı yüz asimetrisi
  • Daha düşük doğum oranı
  • Daha yüksek bebek ölümleri ve çocuk ölümleri[29]
  • Daha küçük yetişkin boyutu
  • Bağışıklık sistemi fonksiyonunun kaybı
  • Artan kardiyovasküler riskler[30]

Küçük bir popülasyonun belirli bir süre izolasyonu, o popülasyon içinde akrabalı çiftleşmeye yol açarak üreyen bireyler arasında artan genetik akrabalık ile sonuçlanabilir. Bireyler rastgele çiftleşmek yerine akrabalarıyla çiftleşme eğilimindeyse, büyük bir popülasyonda akrabalı yetiştirme depresyonu da ortaya çıkabilir.

Akrabalı yetiştirmenin ilk neslindeki birçok birey asla üremek için yaşayamaz. [31] Zamanla, maksatlı (assortative) üreme veya doğal çevresel faktörlerin neden olduğu bir popülasyon darboğazı gibi izolasyonla birlikte, zararlı kalıtsal özellikler itlaf edilir. [6] [7] [32]

Bir anakaradaki daha büyük gruptan izole edilmeleri, doğal seçilimin popülasyonları üzerinde çalışmasına izin verdiğinden, ada türleri genellikle çok akrabadır. Akrabalı yetiştirme ilk önce birçok zararlı geni ortadan kaldırdığından ve bir popülasyonun bir ekosisteme uyum sağlamasına izin veren genlerin ifadesine izin verdiğinden, bu tür bir izolasyon ırk oluşumuna ve hatta türleşmeye neden olabilir. Adaptasyon daha belirgin hale geldikçe, yeni tür veya ırk, yeni alana girişinden itibaren yayılır veya uyum sağlayamazsa ve en önemlisi üreyemezse ölür. [33]

Örneğin bir darboğaz nedeniyle azalan genetik çeşitlilik, kaçınılmaz olarak tüm popülasyon için akrabalı yetiştirmeyi artıracaktır. Bu, bir türün çevresel koşullardaki değişikliklere uyum sağlayamayacağı anlamına gelebilir. Bağışıklık sistemleri genetik temelli olduğundan, her birey benzer bağışıklık sistemlerine sahip olacaktır. Bir tür tehlike altına girdiğinde, popülasyon minimumun altına düşebilir, bu sayede kalan hayvanlar arasındaki zorla melezleme nesli tükenmeye neden olur.

Doğal üreme, zorunlu olarak akrabalı yetiştirmeyi içerir ve çoğu hayvan yalnızca gerektiğinde göç eder. Çoğu durumda, en yakın eş bir anne, kız kardeş, büyükanne, baba, erkek kardeş veya büyükbabadır. Her durumda, çevre, hastalık nedeniyle hayatta kalamayan bireyleri popülasyondan çıkarmak için stresler sunar. [ kaynak belirtilmeli ]

Bir varsayım vardı [ Kim tarafından? ] vahşi popülasyonların kendi aralarında çiftleşmediği, vahşi doğada bazı durumlarda gözlemlenen şey bu değildir. Bununla birlikte, atlar gibi türlerde, vahşi veya vahşi koşullardaki hayvanlar genellikle her iki cinsiyetten yavruları kovar, bunun türlerin akrabalı yetiştirmenin bazı genetik sonuçlarından içgüdüsel olarak kaçındığı bir mekanizma olduğu düşünülür. [34] Genel olarak, insanlığın en yakın primat akrabaları da dahil olmak üzere birçok memeli türü, muhtemelen zararlı etkilerden dolayı yakın akrabalı çiftleşmeden kaçınır. [25] : 6

Örnekler Düzenle

Yabani hayvanların kendi içinde yetiştirilmiş popülasyonlarının birkaç örneği olmasına rağmen, bu akrabalı yetiştirmenin olumsuz sonuçları yeterince belgelenmemiştir. [ kaynak belirtilmeli ] Güney Amerika deniz aslanında, son zamanlardaki nüfus çarpışmalarının genetik çeşitliliği azaltacağı endişesi vardı. Tarihsel analiz, popülasyondaki bireylerin çoğundan sadece iki anasoylu çizgiden bir popülasyon genişlemesinin sorumlu olduğunu göstermiştir. Buna rağmen, soylar içindeki çeşitlilik, gen havuzunda Güney Amerika deniz aslanının neslinin tükenmesine karşı korunmasına yardımcı olabilecek büyük farklılıklara izin verdi. [35]

Aslanlarda, gururları genellikle bekar gruplarındaki ilgili erkekler izler. Baskın erkek bu bekarlardan biri tarafından öldürüldüğünde veya kovulduğunda, bir babanın yerine oğlu geçebilir. Akrabalı çiftleşmeyi önleyecek veya çapraz geçişi sağlayacak bir mekanizma yoktur. Gururlarda, çoğu dişi aslan birbiriyle akrabadır. Birden fazla baskın erkek varsa, alfa erkek grubu genellikle akrabadır. İki hat daha sonra "hat yetiştirildi". Ayrıca Krater aslanları gibi bazı popülasyonlarda popülasyon darboğazı oluştuğu bilinmektedir. Araştırmacılar beklenenden çok daha fazla genetik heterozigotluk buldular. [36] Aslında, avcılar, bir ekosistemin trofik seviyelerinin en üst kısmının çoğuyla birlikte düşük genetik varyans ile bilinir. [37] Ek olarak, iki komşu gururun alfa erkekleri aynı çöpten olabilir, bir erkek kardeş diğerinin gururu üzerinde liderlik edinebilir ve daha sonra 'yeğenleri' veya kuzenleriyle çiftleşebilir. Bununla birlikte, devralma üzerine başka bir erkeğin yavrularını öldürmek, gelen alfa erkeğinin yeni seçilen gen tamamlayıcısının önceki erkeğe üstün gelmesini sağlar. Aslanların genetik çeşitliliklerini belirlemek için programlanmış genetik testler var. Ön çalışmalar, çalışılan grupların bireysel ortamlarına dayanan çaprazlama paradigmasıyla tutarsız sonuçlar göstermektedir. [36]

Orta Kaliforniya'da, 1930'larda Point Sur bölgesinde küçük bir koloni keşfedilene kadar deniz su samurlarının aşırı avlanma nedeniyle neslinin tükendiği düşünülüyordu. [38] O zamandan beri, nüfus büyüdü ve orta Kaliforniya kıyıları boyunca yaklaşık 2.000 kişiye yayıldı, bu on yıldan fazla bir süredir sabit kalan bir seviye. Nüfus artışı, tüm Kaliforniya deniz su samurlarının izole koloniden türediği gerçeğiyle sınırlıdır ve bu da akrabalı üreme ile sonuçlanır. [39]

Çitalar, akrabalı yetiştirmenin başka bir örneğidir. Binlerce yıl önce çita, nüfusunu önemli ölçüde azaltan bir nüfus darboğazından geçti, bu yüzden bugün yaşayan hayvanların hepsi birbiriyle akraba. Bu tür için akrabalı yetiştirmenin bir sonucu, yüksek çocuk ölüm oranı, düşük doğurganlık ve düşük üreme başarısı olmuştur. [40]

Ötücü serçelerden oluşan bir ada popülasyonu üzerinde yapılan bir çalışmada, kendi içinde yetiştirilen bireyler, şiddetli kış mevsimi ile ilgili bir nüfus kazası sırasında, soydan gelen bireylere göre önemli ölçüde daha düşük hayatta kalma oranları gösterdi. Bu çalışmalar, akrabalı yetiştirme depresyonu ve ekolojik faktörlerin hayatta kalma üzerinde bir etkisi olduğunu göstermektedir. [20]

Bir birey A'nın akrabalı yetiştirme ölçüsü, olasılıktır. F(A) bir lokustaki her iki alel de bir atadaki aynı alelden türetilmiştir. Her ikisi de ortak bir atadan türetilen bu iki özdeş alelin, atadan itibaren özdeş olduğu söylenir. Bu olasılığa F(A) "aile içi üreme katsayısı" denir. [41]

İki bireyin (örneğin A ve B bireyleri) ne ölçüde ilişkili olduğunu tanımlayan bir başka yararlı ölçü, A'dan rastgele seçilen bir alelin ve B'den rastgele seçilen bir alelin olma olasılığını veren koancestry katsayısı f(A,B)'dir. iniş ile aynıdır. [42] Bu aynı zamanda A ve B arasındaki akrabalık katsayısı olarak da belirtilir. [43]

Belirli bir durum, bireysel A'nın kendi kendisiyle uyumluluğudur, f(A,A), bu, A'dan bir rastgele alel alma ve sonra bağımsız olarak ve değiştirme ile yine A'dan başka bir rastgele alel alma olasılığıdır, her ikisinin de özdeş olma olasılığıdır. iniş yoluyla. Aynı aleli örnekleyerek veya iniş yoluyla özdeş olan her iki aleli örnekleyerek iniş yoluyla özdeş olabildikleri için, f(A,A) = 1/2 + F(A)/2'ye sahibiz. [44]

Hem akrabalı yetiştirme hem de soy katsayıları belirli bireyler için veya ortalama popülasyon değerleri olarak tanımlanabilir. Soy kütüklerinden hesaplanabilirler veya popülasyon büyüklüğü ve üreme özelliklerinden tahmin edilebilirler, ancak tüm yöntemler seçim olmadığını varsayar ve nötr alellerle sınırlıdır.

Bu yüzdeyi hesaplamak için birkaç yöntem vardır. İki ana yol, yol yöntemi [45] [41] ve tablo yöntemidir. [46] [47]

Akrabalar arasındaki tipik akrabalıklar şunlardır:

  • Baba/kız veya anne/oğul → %25 ( 1 ⁄ 4 )
  • Erkek/kız kardeş → %25 (
  • 1 ⁄ 4 )
  • Büyükbaba/torun veya büyükanne/torun → %12,5 (
  • 1 ⁄ 8 )
  • Üvey erkek kardeş/üvey kız kardeş, Çift kuzen → %12,5 (
  • 1 ⁄ 8 )
  • Amca/yeğen veya teyze/yeğen → %12,5 (
  • 1 ⁄ 8 )
  • Büyük-büyükbaba/büyük-torun veya büyük-büyükanne/büyük-torun → %6,25 (
  • 1 ⁄ 16 )
  • Yarı amca/yeğen veya yarı teyze/yeğen → %6,25 (
  • 1 ⁄ 16 )
  • İlk kuzenler → %6,25 (
  • 1 ⁄ 16 )

Vahşi hayvanlar Düzenle

    dişiler düzenli olarak babaları ve erkek kardeşleriyle çiftleşirler. [48] ​​: North Carolina Eyalet Üniversitesi, tahtakurularının, diğer böceklerin çoğunun aksine, ensesti tolere ettiğini ve genetik olarak akrabalı çiftleşmenin etkilerine oldukça iyi dayanabildiğini buldu. [49] dişiler, akraba olmayan erkekler yerine kendi erkek kardeşleriyle çiftleşmeyi tercih ederler. [1] : Oxford Üniversitesi Zooloji Bölümü'nden Laura Ross, "Bu hermafrodit böceklerdeki dişilerin aslında yumurtalarını kendilerinin döllemediği, bunun yerine doğumda onları enfekte eden parazitik bir doku tarafından yaptırdıkları ortaya çıktı" diyor. "Görünüşe göre bu bulaşıcı doku, kızlarıyla çiftleşerek daha fazla çocuk sahibi olmanın sinsi bir yolunu bulan babalarından arta kalan spermlerden geliyor." [50]
  • adaktilidyum: Tek erkek yavru akar, tüm kızları henüz annedeyken çiftleşir. Hamile kalan dişiler, yeni trips yumurtaları bulmak için dışarı çıkabilmeleri için annelerinin vücudunda delikler açarlar. Erkek de ortaya çıkar, ancak yiyecek veya yeni eş aramaz ve birkaç saat sonra ölür. Dişiler, kendi yavruları onları içeriden canlı canlı yediğinde 4 günlükken ölürler. [51]

Yarı evcil hayvanlar Düzenle

Evcil hayvanlar Düzenle

Evcil hayvanlarda üreme, öncelikle sınıflandırıcı üremedir (bkz. seçici üreme). Bireyleri özelliklerine göre ayırmadan bir cins oluşturulamaz ve zayıf genetik materyal ortadan kaldırılamaz. Homozigotluk, benzer veya özdeş alellerin başka türlü ifade edilmeyen bir özelliği (çekiniklik) ifade etmek için birleştiği durumdur. Akrabalı yetiştirme, artan homozigotluk yoluyla resesif alelleri ortaya çıkarır. [55]

Yetiştiriciler, hastalığa neden olan aleller için homozigotluk veya heterozigotluk gösteren bireylerden üremekten kaçınmalıdır. [56] Zararlı alellerin transferini önleme amacına üreme izolasyonu, sterilizasyon veya aşırı durumda itlaf yoluyla ulaşılabilir. Eldeki tek sorun genetik ise, ayırma kesinlikle gerekli değildir. Kediler ve köpekler gibi küçük hayvanlar kısırlaştırılabilir, ancak sığır gibi büyük tarım hayvanları söz konusu olduğunda, itlaf genellikle tek ekonomik seçenektir.

Sığırlarla ilgili aşağıdaki alıntıda sorumsuzca çiftleşen sıradan yetiştiriciler sorunu tartışılmaktadır:

Bu arada, Holstein cinsi için laktasyon başına inek başına süt üretimi 1978'den 1998'e kadar 17.444 libreden 25.013 libreye yükseldi. Holstein ineklerinin sütü için ortalama damızlık değerleri bu dönemde 4.829 libre arttı. [57] Yüksek verimli ineklerin üremesi giderek daha zor hale geliyor ve üretim için daha düşük genetik değere sahip ineklere göre daha yüksek sağlık maliyetlerine maruz kalıyor (Cassell, 2001).

Daha yüksek verim için yoğun seçim, cins içindeki hayvanlar arasındaki ilişkileri artırdı ve rastgele akrabalı yetiştirme oranını artırdı.

Modern süt ırklarının melezlerinde karlılığı etkileyen özelliklerin çoğu, tasarlanmış deneylerde incelenmemiştir. Gerçekten de, eğer varsa, Kuzey Amerika ırklarını ve türlerini içeren tüm melezleme araştırmaları çok eskidir (McAllister, 2001). [58]

BBC, köpeklerin akrabalı yetiştirilmesiyle ilgili başlıklı iki belgesel hazırladı: Soyağacı Köpekler Maruz Kaldı ve Soyağacı Köpekler Maruz Kaldı: Üç Yıl Sonra aşırı akrabalı yetiştirmenin olumsuz sağlık sonuçlarını belgeleyen.

Linebreeding Düzenle

Linebreeding is a form of inbreeding. There is no clear distinction between the two terms, but linebreeding may encompass crosses between individuals and their descendants or two cousins. [54] [59] This method can be used to increase a particular animal's contribution to the population. [54] While linebreeding is less likely to cause problems in the first generation than does inbreeding, over time, linebreeding can reduce the genetic diversity of a population and cause problems related to a too-small gene pool that may include an increased prevalence of genetic disorders and inbreeding depression. [ kaynak belirtilmeli ]

Outcrossing Edit

Outcrossing is where two unrelated individuals are crossed to produce progeny. In outcrossing, unless there is verifiable genetic information, one may find that all individuals are distantly related to an ancient progenitor. If the trait carries throughout a population, all individuals can have this trait. This is called the founder effect. In the well established breeds, that are commonly bred, a large gene pool is present. For example, in 2004, over 18,000 Persian cats were registered. [60] A possibility exists for a complete outcross, if no barriers exist between the individuals to breed. However, it is not always the case, and a form of distant linebreeding occurs. Again it is up to the assortative breeder to know what sort of traits, both positive and negative, exist within the diversity of one breeding. This diversity of genetic expression, within even close relatives, increases the variability and diversity of viable stock.

Laboratory animals Edit

Systematic inbreeding and maintenance of inbred strains of laboratory mice and rats is of great importance for biomedical research. The inbreeding guarantees a consistent and uniform animal model for experimental purposes and enables genetic studies in congenic and knock-out animals. In order to achieve a mouse strain that is considered inbred, a minimum of 20 sequential generations of sibling matings must occur. With each successive generation of breeding, homozygosity in the entire genome increases, eliminating heterozygous loci. With 20 generations of sibling matings, homozygosity is occurring at roughly 98.7% of all loci in the genome, allowing for these offspring to serve as animal models for genetic studies. [61] The use of inbred strains is also important for genetic studies in animal models, for example to distinguish genetic from environmental effects. The mice that are inbred typically show considerably lower survival rates.

Effects Edit

Inbreeding increases homozygosity, which can increase the chances of the expression of deleterious recessive alleles and therefore has the potential to decrease the fitness of the offspring. With continuous inbreeding, genetic variation is lost and homozygosity is increased, enabling the expression of recessive deleterious alleles in homozygotes. The coefficient of inbreeding, or the degree of inbreeding in an individual, is an estimate of the percent of homozygous alleles in the overall genome. [63] The more biologically related the parents are, the greater the coefficient of inbreeding, since their genomes have many similarities already. This overall homozygosity becomes an issue when there are deleterious recessive alleles in the gene pool of the family. [64] By pairing chromosomes of similar genomes, the chance for these recessive alleles to pair and become homozygous greatly increases, leading to offspring with autosomal recessive disorders. [64]

Inbreeding is especially problematic in small populations where the genetic variation is already limited. [65] By inbreeding, individuals are further decreasing genetic variation by increasing homozygosity in the genomes of their offspring. [66] Thus, the likelihood of deleterious recessive alleles to pair is significantly higher in a small inbreeding population than in a larger inbreeding population. [65]

The fitness consequences of consanguineous mating have been studied since their scientific recognition by Charles Darwin in 1839. [67] [68] Some of the most harmful effects known from such breeding includes its effects on the mortality rate as well as on the general health of the offspring. [69] Since the 1960s, there have been many studies to support such debilitating effects on the human organism. [66] [67] [69] [70] [71] Specifically, inbreeding has been found to decrease fertility as a direct result of increasing homozygosity of deleterious recessive alleles. [71] [72] Fetuses produced by inbreeding also face a greater risk of spontaneous abortions due to inherent complications in development. [73] Among mothers who experience stillbirths and early infant deaths, those that are inbreeding have a significantly higher chance of reaching repeated results with future offspring. [74] Additionally, consanguineous parents possess a high risk of premature birth and producing underweight and undersized infants. [75] Viable inbred offspring are also likely to be inflicted with physical deformities and genetically inherited diseases. [63] Studies have confirmed an increase in several genetic disorders due to inbreeding such as blindness, hearing loss, neonatal diabetes, limb malformations, disorders of sex development, schizophrenia and several others. [63] [76] Moreover, there is an increased risk for congenital heart disease depending on the inbreeding coefficient (See coefficient of inbreeding) of the offspring, with significant risk accompanied by an F =.125 or higher. [27]

Prevalence Edit

The general negative outlook and eschewal of inbreeding that is prevalent in the Western world today has roots from over 2000 years ago. Specifically, written documents such as the Bible illustrate that there have been laws and social customs that have called for the abstention from inbreeding. Along with cultural taboos, parental education and awareness of inbreeding consequences have played large roles in minimizing inbreeding frequencies in areas like Europe. That being so, there are less urbanized and less populated regions across the world that have shown continuity in the practice of inbreeding.

The continuity of inbreeding is often either by choice or unavoidably due to the limitations of the geographical area. When by choice, the rate of consanguinity is highly dependent on religion and culture. [65] In the Western world some Anabaptist groups are highly inbred because they originate from small founder populations and until [ açıklama gerekli ] today [ ne zaman? ] marriage outside the groups is not allowed for members. [ kaynak belirtilmeli ] Especially the Reidenbach Old Order Mennonites [77] and the Hutterites stem from very small founder populations. The same is true for some Hasidic and Haredi Jewish groups.

Of the practicing regions, Middle Eastern and northern Africa territories show the greatest frequencies of consanguinity. [65] The link between the high frequency and the region is primarily due to the dominance of Islamic populations, who have historically engaged in familyline relations. [68] However, inbreeding culture in Middle East didn't begin with Islam, having roots in ancient Egypt and Mesopotamia.

Among these populations with high levels of inbreeding, researchers have found several disorders prevalent among inbred offspring. In Lebanon, Saudi Arabia, Egypt, and in Israel, the offspring of consanguineous relationships have an increased risk of congenital malformations, congenital heart defects, congenital hydrocephalus and neural tube defects. [65] Furthermore, among inbred children in Palestine and Lebanon, there is a positive association between consanguinity and reported cleft lip/palate cases. [65] Historically, populations of Qatar have engaged in consanguineous relationships of all kinds, leading to high risk of inheriting genetic diseases. As of 2014, around 5% of the Qatari population suffered from hereditary hearing loss most were descendants of a consanguineous relationship. [78]


Genome assembly of wild tea tree DASZ reveals pedigree and selection history of tea varieties

Wild teas are valuable genetic resources for studying domestication and breeding. Here we report the assembly of a high-quality chromosome-scale reference genome for an ancient tea tree. The further RNA sequencing of 217 diverse tea accessions clarifies the pedigree of tea cultivars and reveals key contributors in the breeding of Chinese tea. Candidate genes associated with flavonoid biosynthesis are identified by genome-wide association study. Specifically, diverse allelic function of CsANR, CsF3'5'H and CsMYB5 is verified by transient overexpression and enzymatic assays, providing comprehensive insights into the biosynthesis of catechins, the most important bioactive compounds in tea plants. The inconspicuous differentiation between ancient trees and cultivars at both genetic and metabolic levels implies that tea may not have undergone long-term artificial directional selection in terms of flavor-related metabolites. These genomic resources provide evolutionary insight into tea plants and lay the foundation for better understanding the biosynthesis of beneficial natural compounds.

Çıkar çatışması beyanı

Yazarlar, rekabet eden çıkarlar beyan etmemektedir.

Rakamlar

Fig. 1. Features of DASZ genome and…

Fig. 1. Features of DASZ genome and mQTL distributions.

Fig. 2. Population genetic analysis of 221…

Fig. 2. Population genetic analysis of 221 tea accessions.

Fig. 3. Catechin and gallic acid profiles…

Fig. 3. Catechin and gallic acid profiles of tea population.

Fig. 4. Catechin biosynthesis pathway and identification…

Fig. 4. Catechin biosynthesis pathway and identification of favorable genetic variants of candidate genes.


The scale of genomic variation

New genotyping-by-sequencing (GBS) technologies and bioinformatic methods, based on light shotgun sequencing or reduced representation and multiplexing, have the ability to discover, genotype, and impute near-complete population genomic data in any species [46–49]. For a given sequencing investment, there is a trade-off between the sample sequencing depth and the number of samples with multiplexing, more samples can be sequenced but with lighter coverage. Importantly for imputation, the sequencing depth required for each individual depends on the extent of LD. The increased LD within families allows the haplotype map to be imputed from lower-coverage data, and this is an important advantage of the NAM design [30]. With moderate LD, the rice haplotype map could be assembled from hundreds of landraces typed at 1X coverage [36]. To integrate linkage-based pedigrees and association studies, GBS can be used to type progeny from several maternal lines of population samples. As has been achieved in rice, high-resolution genotypes of the maternal line could be assembled and near-complete genotypes imputed for the progeny.

Genotyping arrays only include a fraction of the SNPs identified in a restricted set of lines. Some missing heritability probably originates from the characterization of the genetic diversity using ascertained SNPs, which reduces the ability to detect rare alleles and causal polymorphisms. This can lead to an underestimation of the diversity and relatedness [50]. This component of missing heritability can be largely overcome by next generation sequencing technology, but repetitive and highly divergent portions of the genome might remain largely inaccessible. Aligning short reads to a single reference genome might introduce some ascertainment bias but this should be less of an issue as reads become longer.


Let's conclude Most successful crosses have at least 1 high-quality, adapted parent that is preferred by farmers in the TPE. It is often difficult to use unadapted donor parents directly to develop varieties. Pre-breeding may be needed. BC1- or BC2-derived populations may be more efficient in terms of generating high-quality, high-yield lines than two-way, three-way, or double crosses because they leave adapted gene blocks in the elite recurrent parents intact. At least 2000 plants should be screened in the F2 (more, if 3-way or double crosses are used. A standard pedigree description system should be used, to facilitate exchange of information with other breeding programs. Bulk inbreeding in the F2 and F3 generations is used by some breeders to inexpensively produce relatively uniform lines in which to begin pedigree selection. Pedigree selection should focus only on highly heritable, easily-scored traits. The goal is to produce a large sample of adapted lines of appropriate quality to submit to replicated yield testing. Pedigree selection through the F6 or F7 generation may be needed to produce visually uniform lines, but there is little genetic variability among F6 sister lines derived from the same F5 plant. Regularly occurring checks should be included in pedigree nurseries, but their frequency should not exceed 10% of the total number of plots. Selection among families of closely-related lines can be used in advanced pedigree generations. Individual lines in a family can be treated as replicates, and planted in different blocks to overcome the effect of field variability. This design combines the features of an advanced pedigree nursery and an observational yield trial. 5: Pedigrees and Populations - Biology

Veritabanlarımızdan seçilen içeriğin makine çevirisini talep ettiniz. Bu işlevsellik yalnızca size kolaylık sağlamak için sağlanmıştır ve hiçbir şekilde insan çevirisinin yerini alması amaçlanmamıştır. Ne BioOne ne de içeriğin sahipleri ve yayıncıları, çeviri özelliğinin işlevselliği veya içeriğin doğruluğu veya eksiksizliği ile ilgili beyanlar ve garantiler dahil ancak bunlarla sınırlı olmamak üzere, herhangi bir açık veya zımni beyan veya garanti vermez ve açıkça reddederler. çeviriler.

Çeviriler sistemimizde tutulmaz. Bu özelliği ve çevirileri kullanımınız, BioOne web sitesinin Kullanım Hüküm ve Koşullarında yer alan tüm kullanım kısıtlamalarına tabidir.

Pedigrees and the Study of the Wild Horse Population of Assateague Island National Seashore

Lori S. Eggert, 1 David M. Powell, 2 Jonathan D. Ballou, 3 Aurelio F. Malo, 4 Allison Turner, 5 Jack Kumer, 6 Carl Zimmerman, 7 Robert C. Fleischer, 8 Jesús E. Maldonado 9

1 aResearch Associate, Center for Conservation and Evolutionary Genetics, National Zoological Park/Nat
2 bDepartment of Mammalogy, Wildlife Conservation Society-Bronx Zoo, 2300 Southern Boulevard, Bronx, N
3 cCenter for Conservation and Evolutionary Genetics, National Zoological Park/National Museum of Natu
4 dCenter for Conservation and Evolutionary Genetics, National Zoological Park/National Museum of Natu
5 eAssateague Island National Seashore, 7206 National Seashore Lane, Berlin, MD 21811, USA
6 fAssateague Island National Seashore, 7206 National Seashore Lane, Berlin, MD 21811, USA
7 gAssateague Island National Seashore, 7206 National Seashore Lane, Berlin, MD 21811, USA
8 hCenter for Conservation and Evolutionary Genetics, National Zoological Park/National Museum of Natu
9 iCenter for Conservation and Evolutionary Genetics, National Zoological Park/National Museum of Natu

Mevcut olduğunda PDF ve HTML içerir

Bu makale yalnızca aboneler.
Tek tek satışı yoktur.

Recently, a number of papers have addressed the use of pedigrees in the study of wild populations, highlighting the value of pedigrees in conservation management. We used pedigrees to study the horses ( Equus caballus ) of Assateague Island National Seashore, Maryland, USA, one of a small number of free-ranging animal populations that have been the subject of long-term studies. This population grew from 28 in 1968 to 175 in 2001, causing negative impacts on the island ecosystem. To minimize these effects, an immunocontraception program was instituted, and horse numbers are slowly decreasing. However, there is concern that this program may negatively affect the genetic health of the herd. We found that although mitochondrial DNA diversity is low, nuclear diversity is comparable to that of established breeds. Using genetic data, we verified and amended maternal pedigrees that had been primarily based on behavioral data and inferred paternity using genetic data along with National Park Service records of the historic ranges of males. The resulting pedigrees enabled us to examine demography, founder contributions, rates of inbreeding and loss of diversity over recent generations, as well as the level of kinship among horses. We then evaluated the strategy of removing individuals (using nonlethal means) with the highest mean kinship values. Although the removal strategy increased the retained diversity of founders and decreased average kinship between individuals, it disproportionately impacted sizes of the youngest age classes. Our results suggest that a combined strategy of controlled breeding and immunocontraception would be more effective than removing individuals with high mean kinships in preserving the long-term health and viability of the herd.

Bu makale yalnızca aboneler.
Tek tek satışı yoktur.


Videoyu izle: Soyağaçları. 10. Sınıf Biyoloji (Haziran 2022).


Yorumlar:

  1. Baltasar

    Bana çok üzücü, sana hiçbir şey yardım edemem. Ancak, doğru kararı bulacağınızdan emindir.

  2. Danawi

    Bravo, büyük düşünce

  3. Derry

    Yanılıyorsun. Pozisyonu savunabilirim. Bana PM'de yazın, tartışacağız.

  4. Daimi

    Bence haklı değilsin. Kanıtlayabilirim.

  5. Tugal

    Bence bu yanlış.

  6. Milaan

    Kesinlikle sana katılıyorum. Bu fikri seviyorum, sana tamamen katılıyorum.



Bir mesaj yaz