Bilgi

8.4D: Sınıflandırma ve Adlandırma - Biyoloji

8.4D: Sınıflandırma ve Adlandırma - Biyoloji


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Adlandırma, taksonların adlarını yöneten kurallar ve kurallar dizisidir.

Öğrenme hedefleri

  • Mikroorganizma sınıflandırması için kullanılan genel sınıflandırma ve adlandırma ile ilgili faktörleri tanır

Anahtar noktaları

  • Prokaryotlara verilen isimler ( isimlendirme ) Uluslararası Bakteri Adlandırma Kodu ( Bakteriyolojik Kod ) tarafından düzenlenir.
  • Sınıflandırma, organizmaların filogeni ve fenotipe dayalı olarak giderek daha kapsayıcı gruplar halinde gruplandırılmasıdır, isimlendirme ise organizmaları adlandırmak için resmi kuralların uygulanmasıdır.
  • Taksonomik adlar, türler ve alt türler için kullanılan sıfatlar hariç, italik olarak (veya el yazısıyla yazıldığında altı çizilerek) büyük bir ilk harfle yazılır.

Anahtar terimler

  • isimlendirme: iki terimli adlandırma (iki terimli adlandırma veya ikili adlandırma olarak da adlandırılır), diğer dillerden sözcüklere dayanabilmelerine rağmen, her ikisi de Latin dilbilgisi biçimlerini kullanan iki bölümden oluşan bir ad vererek canlı türlerini adlandırmanın resmi bir sistemidir. . Böyle bir isme binom adı (sadece “binom” olarak kısaltılabilir), binomen veya bilimsel isim denir; daha gayri resmi olarak Latince adı da denir.
  • prokaryotlar: ( /proʊkæri.oʊts/, pro-kah-ree-otes veya /proʊkæriəts/, pro-kah-ree-əts) hücrelerinde hücre çekirdeği (karyon) veya başka herhangi bir zara bağlı organelden yoksun bir organizma grubu. Prokaryotların çoğu tek hücreli organizmalardır, ancak miksobakteriler gibi birkaçının yaşam döngülerinde çok hücreli aşamaları vardır.
  • bakteriyolojik kod: Uluslararası Bakteri Adlandırma Kodu (ICNB) veya Bakteriyolojik Kod (BC), Archaea dahil olmak üzere bakterilerin bilimsel adlarını yönetir. Göreceli sıralarına göre bakteri taksonlarını adlandırma kurallarını belirtir. Bu haliyle biyolojinin Adlandırma Kodlarından biridir.

İsimlendirme, taksonların isimlerini yöneten kurallar ve sözleşmeler dizisidir. Organizmaları adlandırmak için resmi kuralların uygulanmasıdır. Sınıflandırma, organizmaların filogeni ve fenotipe dayalı olarak giderek daha kapsayıcı gruplar halinde gruplandırılmasıdır. Prokaryotların resmi ve tam bir sınıflandırması olmamasına rağmen, prokaryotlara verilen isimler (isimlendirme), genel hususları, ilkeleri, kuralları ve çeşitli notları ve tavsiyeleri içeren bir kitap olan Uluslararası Bakteri Adlandırma Kodu (Bacteriological Code) tarafından düzenlenir. diğer grupların isimlendirme kodlarına benzer şekilde.

Doğru tanımlanmış taksonlar, Bergey'in türlerin tanımlanmasına yardımcı olmayı amaçlayan ve en yüksek otorite olarak kabul edilen Systematic Bacteriology kılavuzunda gözden geçirilmiştir. Bakteri ve arkelerin taksonomik taslağının çevrimiçi bir versiyonu mevcuttur. Taksonomik adlar italik olarak yazılır (veya el yazısıyla altı çizilir), türler ve alt türler için sıfatlar hariç, büyük bir ilk harfle yazılır. Zoolojide yaygın olmasına rağmen, totonimler (örneğin bizon bizon) kabul edilemez ve zooloji, botanik veya mikolojide kullanılan taksonların isimleri bakteriler için tekrar kullanılamaz (Botanik ve Zooloji isimleri paylaşır).

Bakteriler için geçerli isimlerin Latince veya Neolatince bir isme sahip olması ve yalnızca temel latin harflerini (w ve j dahil, bunlar için Latin alfabesinin geçmişine bakınız) kullanması gerekir, bu nedenle kısa çizgiler, aksanlar ve diğer harfler kabul edilmez ve doğru şekilde çevrilmelidir. (örn. ß=ss). Eski Yunanca, Yunan alfabesiyle yazıldığından, Latin alfabesine çevrilmesi gerekir.

Birçok tür, mikrobiyoloji alanında keşfeden veya ünlü bir kişi olsun, insanların isimleriyle anılır, örneğin Salmonella D.E.'den sonra gelir. Onu keşfeden somon ("Bacillus typhi" olarak da olsa). Jenerik sıfat için, insanlardan türetilen tüm isimler, isme bağlı olarak, sonunu -a veya küçültme -ella olarak değiştirerek kadın aday durumunda olmalıdır. Belirli sıfat için, isimler sıfat biçimine (cins adının cinsiyetine göre -nus (m.), -na (f.), -num (n.) eklenerek) veya tamlama biçimine dönüştürülebilir. latince isim.

Birçok tür (belirli sıfat), bulundukları veya bulundukları yerin adıyla anılır (örneğin Borrelia burgdorferi). Yer için klasik bir Latin sıfatı yoksa, cins adının cinsiyetine uygun olarak yöre adının -ensis (m. veya f.) veya ense (n.) eki ile birleştirilmesiyle bir sıfat oluşturularak adları oluşturulur. . Ancak yer adları tamlama durumunda isim olarak kullanılmamalıdır.

Prokaryotlar (Bakteriler ve Arkeler) için rütbe krallığı kullanılmaz (bazı yazarlar filumlardan krallıklar olarak söz etse de). Yeni veya değiştirilmiş bir tür yeni sıralara yerleştirilirse, Bakteriyolojik Kod'un 9. Kuralına göre, tür cinsinin adının sapına uygun bir son ekin eklenmesiyle isim oluşturulur. Alt sınıf ve sınıf için genellikle şuradan gelen tavsiyeye uyulur, bu da nötr çoğul ile sonuçlanır, ancak birkaç isim bunu takip etmez ve bunun yerine Greko-Latin dilbilgisini hesaba katar (örneğin, kadın çoğulları Thermotogae, Aquificae ve Chlamydiae, erkek çoğullar Chloroflexi , Bacilli ve Deinococci ve Yunanca çoğul Spirochaetes, Gemmatimonadetes ve Chrysiogenetes).

Phyla, Bakteriyolojik Kod kapsamında değildir, ancak bilim topluluğu genellikle, Firmicutes, Cyanobacteria ve Proteobacteria dışında, filum adının genellikle tür cinsinin çoğulu olduğu Ncbi ve Lpsn taksonomisini takip eder. adlar bir cins adından kaynaklanmaz. Cavalier-Smith tarafından önerilen daha yüksek taksonlar genellikle moleküler filogeni topluluğu tarafından göz ardı edilir (yukarıya bakın).


Sistematik (Tasonomi) ve Hayvan Sınıflandırması

Sistematik terimi, başta Linnaeus olmak üzere erken doğa bilimcileri tarafından geliştirilen sınıflandırma sistemlerine uygulandığı şekliyle Latince Yunanca kelime-systema'dan türetilmiştir.

Simpson'a göre Sistematik, organizmaların çeşitlerinin ve çeşitliliğinin ve aralarındaki tüm ilişkilerin bilimsel çalışmasıdır. Sistematik taksonomiyi, tanımlamayı, sınıflandırmayı ve isimlendirmeyi ve farklı organizma türleri ile uğraşmanın diğer tüm yönlerini içerir ve bunlar hakkında biriken veriler de sistematikte yer alır.

Sistematiğin Kökeni ve Gelişimi:

Sistematiklerin ve insan uygarlığının kökeni ve gelişimi eş zamanlı olarak başlamıştır, yani insan uygarlığı sistematiğidir ya da başka bir deyişle günlük hayatımızda evlerini sistemli bir şekilde sürdürenlerin medeni olduklarını söylüyoruz. Bilgi geliştikçe bitki ve hayvanları kendi tercihlerine göre isimlendirmeye başladılar.

En erken sınıflandırma için ipucu Vedalar ve Upanişadlardan (MÖ 1500 - MÖ 600) gelmektedir. Vedalarda ve Upanişadlarda, bitkilerin ve bitki kısımlarının tanımlanmasında hem morfolojik hem de anatomik olarak çeşitli teknik terimler kullanılır.

Tıbbi önemi olan bitkiler toplandı ve incelendi. İki seçkin antik Hintli bilgin ve ayurvedik doktor olan Charaka ve Susruta, organizmaların çeşitliliği ve faydası hakkındaki bilgimize çok katkıda bulundu.

Bitki yaşamını bilimsel bir şekilde ele alan en uzak eserlerden biri, Hıristiyanlık döneminin başlangıcından bile önce Para Sara tarafından derlenen ve dünyadaki botanik öğretimi ve tıbbi çalışmaların temelini oluşturan Vrikshayurveda'dır (bitkiler ve bitki yaşamı bilimi). eski Hindistan.

Bazı erken dönem Yunan bilginleri, özellikle Hipokrat (460-377 B.C) ve Demokritus (465-370 B.C.) hayvanlar üzerinde gözlemler yaptılar, ancak bunların sınıflandırılması yararlı değildi. Daha sonra Aristoteles (MÖ 384-322) canlı organizmaları, yani bitkileri ve hayvanları da incelemiş ve sınıflandırma konusunda şu açıklamayı yapmıştır: “hayvanlar yaşam tarzlarına, hareketlerine, alışkanlıklarına ve vücut bölümlerine göre karakterize edilebilir”.

Başlıca hayvan gruplarını kuşlar, balıklar, böcekler ve balinalar olarak sınıflandırdı. Aristoteles denir “Biyolojik sınıflandırmanın babası.” Platon'un ve ardından Aristoteles'in öğrencisi olan Theophrastus (M.Ö. “Botaniğin Babası”, tüm bitkileri form ve doku bazında sınıflandırmış ve ağaç, çalı, çalı altı ve otlar olarak ayırmıştır.

Sınıflandırması kesinlikle yapaydı ve kendi “Tarih plantarum” 480 bitkiyi sınıflandırmış ve tanımlamıştır.

Albertus Magnus (1193-1280), monokotiledonlar ve dikotiledonlar arasındaki ham merceklerin yardımıyla farkları tanıdı ve Theophrastus'un sınıflandırmasını tanıdı. Bir Alman olan Otto Brunfels (1464-1554), ilk önce sırasıyla çiçeklerin varlığına veya yokluğuna dayalı olarak Perfecti ve Imperfect bitki grubunu tanıdı.

Başka bir Alman olan Jerome Bock (1498-1554), bitkileri ağaçlar, çalılar ve otlar olarak sınıflandırdı. Andrea Cesalpino (1519-1603), bitkileri alışkanlık temelinde taksonomik olarak sınıflandırmış ve meyve ve tohum karakterlerine göre alt gruplara ayırmıştır.

Gaspard Bauhin (1560-1624), bitkileri doku ve biçim temelinde sınıflandırdı. Genellikle Linnaeus'a atfedilmesine rağmen, iki terimli isimlendirmeyi ilk bulan oydu. Sistematik tarihinde, John Ray (1627-1705) harika bir iş çıkardı. Ondan önce sınıflandırma temelsizdi ve güçlü bir bilimsel altyapı yoktu. John Ray, Francis Willougby (1635-1672) ile birlikte Avrupa'da geniş çapta seyahat etti.

Bitki ve hayvanları sadece gözlemleyip toplamakla kalmadılar, onları sınıflandırmayı da planladılar. Ne yazık ki, Willougby erken öldü ve daha sonra John Ray, Historia Generalis Plantarum'u 1668 ile 1704 yılları arasında üç cilt halinde yayınladı. Bu kitapta John Ray, doğru ve titiz ayrıntılarla tanımladı ve 18.000'den fazla bitkiyi katalogladı.

Cins ve tür arasındaki farkı tanıyan ve hayvanlardaki hem benzerlikleri hem de farklılıkları değerlendirerek, önceki insanlardan daha doğal bir yüksek sınıflandırmaya ulaşan ilk kişiydi.

John Ray'den sonra, taksonomi alanındaki en dikkat çekici adam, genellikle "Taksim" olarak anılan Carolus Linnaeus'tur (1707-1778). “Tassonominin Babası” bu alandaki üstün katkılarından dolayı. Linnaeus birçok Avrupa ülkesini ziyaret etti ve bitkiler ve hayvanlar üzerinde dikkatli gözlemler yaptı.

Sınıflandırma şemasını 1753'te ünlü kitabı Systema Naturae'de yayınladı. Bu kitabın 10. Baskısı 1758'de yayınlandı ve o yılın 1 Ocak'ı olarak bilinen şeyin tutarlı uygulamasının başlangıcını işaret ediyor. “binom isimlendirme sistemi”.

Bir organizmayı iki kelimeyle adlandırma ilkelerini ortaya koyan bu sistem, ilk olarak Linnaeus tarafından önerilmiş ve bugün evrensel olarak takip edilmektedir. Linnaeus'un bu çalışması sistematiğin temeli oldu. Ayrıca türler için net sınırlamalar koydu.

Jean Baptiste Monet de Lamarck (1744-1829), doğal sınıflandırma kavramının ilkelerini ortaya koyduğu Flore Francoise'ı 1778'de yazdı. Büyük bir evrimci olan Charles Darwin (1809-1882), kapsamlı araştırmaları ve Beagle'ın Yolculuğu'nda elde ettiği inandırıcı delillerle, türlerin kökenini doğal seleksiyonla açıklamıştır.

Lamarck ve Darwin'in evrim teorileri sadece Linnaean klasik sistematiği büyük ölçüde etkilemekle kalmadı, aynı zamanda Lamarck öncesi türlerin sabitliği fikrini tamamen reddetti. Ernst Haeckel (1866), ağaçlar veya dallanma diyagramları aracılığıyla filogeniyi temsil etme yöntemini tanıttı.

Sir Julian Huxley (1940) yeni terimi tanıttı “Yeni Sistematik” Bu, klasik sistematiğin bazı eski fikirlerini değiştiren sistematikte yaşam bilimlerinin çeşitli dallarındaki son çalışmaların sonuçlarını birleştirir. Günümüzde türlerin tanımı popülasyona dayanmaktadır, çünkü popülasyon genetiğinin gelişimi, bu da popülasyon sistematiğinin daha da gelişmesini etkilemiştir.

Sistematiğin Faydası (Sınıflandırma):

Ekolojik öneme sahip tüm türlerin en özenli şekilde tanımlanması olmadan hiçbir bilimsel ekolojik araştırma yapılamaz. Sistematiğe benzer bir bağımlılık, bilimin diğer alanları için de geçerlidir. Deneysel biyologlar bile sağlam sınıflandırmanın gerekliliğini takdir etmeyi öğrendiler. Sistematikçiler bilgimizdeki birçok boşluğu doldurabilirler.

Biyosferde tanımlanmış bir milyondan fazla hayvan türü ve yarım milyondan fazla bitki türü vardır. Ayrıca, henüz tanımlanamayan çok sayıda bitki ve hayvan türü olmalıdır. Sistematik bilgisi olmadan yeni bitki ve hayvan türlerinin keşfi mümkün değildir ve çevremizdeki organizmalar hakkında fazla bir şey bilemeyiz.

Bu nedenle, sistematiğin büyük bir gerekliliği veya faydası vardır.

SistemSınıflandırmanın s:

Şimdiye kadar farklı taksonomistler tarafından önerilen üç farklı sınıflandırma sistemi vardır.

1. Yapay Sınıflandırma Sistemi:

Bu tür sınıflandırma, yapay sınıflandırma olarak bilinen karakterlerin toplamının bir evrimi yerine, filogenetik ilişkiyi belirtmek için hatalı olarak sunulan karakterlere dayanan filogenetik önem sınıflandırması ve ayrıca keyfi olarak seçilen tek bir kritere dayalı sınıflandırmaya dayanan uygun karakterlere dayanır.

Bu sınıflandırma sistemi, Pliny tarafından MS 1. yüzyılda habitatlar, örneğin kara, hava ve su temelinde hayvanlar için benimsenmiştir.

Buna göre hayvanlar uçma yeteneklerine göre iki kategoriye ayrıldı:

(i) Uçabilen hayvanlar ve

(ii) Uçamayan hayvanlar.

Birinci grupta kelebekler, kuşlar ve yarasalar gibi alakasız hayvanlar bir araya getirildi.

Bitkilerin alışkanlık temelinde sınıflandırılması:

(iv) Ağaçlar da yapaydır.

Bu sınıflandırmada kullanılan kriterler, çok basit ve takip edilmesi kolay olmasına rağmen keyfidir ve organizmalar arasında var olan herhangi bir doğal ilişkiyi yansıtmaz. Ayrıca, ilgisiz organizmaların tek bir başlık altında heterojen bir şekilde toplanmasına yol açar ve bir organizmanın özelliklerinin toplamına hakkını vermez.

Linnaeus tarafından benimsenen sistem, bitkilerin organlarındaki ve karpellerin sayısı ve düzenine göre sınıflandırıldığı yapaydı. Yakın akraba organizma türleri, bu sınıflandırma sisteminde birbirinden çok uzakta tutulur.

2. Doğal Sınıflandırma Sistemi:

Doğal sınıflandırma şu şekilde tanımlanabilir: “Doğal ilişkileri gösteren karakterlere dayalı sınıflandırma”. Doğal bir sistematik kategorinin organizmaları, ortak bir atadan geldikleri için pek çok karakterde birbirleriyle uyumludur. Doğal sınıflandırma sistemi benzerliğe dayanmaktadır.

Zoologlar ve botanikçiler, bu sınıflandırma sisteminin anlamı hakkındaki yorumlarında farklılık gösterirler. Zoologlara göre, doğal sınıflandırma sistemi, kelimede açıkça görülen filogenetik ve evrimsel eğilimleri içerir. “doğal”.

Botanikçiler, doğal sistemin mutlaka bitkilerin filogenetik eğilimlerini içermediği görüşündedir. Burada önerdiler “filogenetik sistem” sınıflandırmadan ayrı olarak “doğal sistem” bitkilerdeki evrimsel eğilimleri dahil etmek. NS “doğal sistem” Bitki krallığının sınıflandırılması George Bentham (1800-1844) ve Joseph Dalton Hooker (1817-1911) tarafından önerildi.

3. Filogenetik Sınıflandırma Sistemi:

Filogenetik sistem, organizmaların evrimsel ve genetik ilişkisine dayanır. Herhangi bir taksonun atalarını veya türevlerini bulmamızı sağlar. Bugünkü bilgilerimiz mükemmel bir filogenetik sınıflama yapmak için yetersizdir ve mevcut tüm filogenetik sistemler, doğal ve filogenetik kanıtların birleşiminden oluşmaktadır.

Bu sistem Adolph Engler (1844-1930) ve Karl A.E. Prantl ve John Hutchinson (1884-1974) tarafından bitkilerin sınıflandırılmasında benimsenmiştir.

Isimlendirme:

Adlandırma, bitkilerin, hayvanların ve diğer nesnelerin veya bitki, hayvan ve diğer nesnelerin gruplarının adlandırılması sistemi olarak tanımlanır. Bilimsel isimler taksonomistlerin dilidir. Bir taksonomist, hayvanların doğal grubunu tanımlayıp tanımladığında, gruplara uygun bilimsel isimler verir.

Belirli bir hayvan dünyanın farklı yerlerinde farklı isimlerle bilindiği için yaygın isimler bu amaca hizmet etmez. Örneğin Hindistan ve Pakistan'da gauraiya olarak bildiğimiz kuş, diğer ülkelerde farklı isimlerle bilinir, İngiltere'de ev serçesi İspanya'da Pardal, Hollanda'da Musch Japonya'da Suzune vb.

Ayrıca ortak ad farklı hayvan türleri için kullanılabilir. Örneğin, kenchua adı hem solucan hem de Ascaris için kullanılır. Öte yandan, belirli bir tür veya belirli bir hayvan grubu için evrensel olarak bilimsel bir ad kullanılır. Örneğin, gauraiya veya ev serçesi, dünyadaki zoologlar tarafından Passer domesticus olarak adlandırılır.

Tek bir bilimsel adın her yerde belirli bir hayvan türünü temsil etmesini ve o organizmanın tek adı olmasını sağlamak için, taksonomist aşağıdakileri görmelidir:

(1) Bir hayvan için seçilen isim daha önce başka bir hayvan veya bitkiye verilmemiştir.

(2) Hayvanlar ve bitkiler, başka bir taksonomistin, tanımlamadan tam olarak hangi hayvanın adının verildiğini belirleyebileceği şekilde ayrıntılı olarak tanımlanmıştır.

(3) Hayvan veya bitki, ilişkilerini kuran sınıflandırma sistemine usulüne uygun olarak yerleştirilmiştir.

Binom Adlandırma:

İki terimli isimlendirme sisteminin tarihi çok uzundur. İsa'dan iki yüzyıl önce Cato, De Re Rustica'sında bitkiler için iki isim kullanmıştır. Ancak cinslerin genellikle birkaç türden oluştuğu konusunda hiçbir bilgisi yoktu. Daha sonra, isimlendirme fikrinin evrimi ile iki fikir gelişti.

Biri, cins için kullanılan tanımlayıcı Yunanca isimleri Latinceye çevirmekti. Latinceye yapılan bu çeviri sonucunda cins adı iki kelimeden oluşmaktadır.

Bunlara ikili jenerik isimler deniyordu. Diğer eğilim, belirli isimler için tanımlayıcı ifadeler kullanmaktı. Bu eğilimler birlikte polinom bir adlandırma sistemine yol açtı. Bu sisteme göre bir bitkinin adı, bitkinin kısa bir tanımını içeren bir dizideki birkaç kelimeden oluşuyordu.

Örneğin, Bentham, kayalar üzerinde, çimen benzeri yapraklar ve şemsiye şeklinde corymb'lerde çiçeklerle büyüyen Caryophyllum'u temsil etmek için Caryophyllum saxatilis, Folis gramineus umbellatis corymbis adını kullandı. Bu hantal bir sistemdi.

On altıncı yüzyılın ortalarında, Brunfels tarafından bir dizi ikili jenerik isim tekli isimlerle değiştirildi. Dodonaeus ve Gaspard Bauhin daha sonra genel olarak iki terimli sistemi takip ettiler, ancak genellikle onu yüz yıldan fazla bir süre sonra Species Plantarum'da kullanan Linnaeus'a yatırılır. Bu iki terimli terminolojiye göre, uzun isimler daha rahat kullanılabilmeleri için kısa kesildi.

Bu sistem, bitki ve hayvanlar aleminin her bireyinin, Latince'de cinsi belirten ilk kelime ve o cinse sahip belirli türleri belirten ikinci, ek sıfat olan yalnızca iki kelimeden oluştuğunu varsayar. İki adlandırma sistemi veya ikili sistem olarak da bilinir. Örneğin, modern atın cinsi Equus'tur.

Türleri arasında Equus caballus ve Equus asinus bulunur. Yukarıda yer alan caballus ve asinus kelimelerinin taksonomide bir anlamı yoktur, tür adı veya başka bir şey değildir. Sadece bir binom kombinasyonunun parçası olduklarında, taksonomik olarak anlamlıdırlar ve o zaman türün adı olan kombinasyondur.

Çoğu zaman, bazı kişilerin onuruna belirli hayvan ve bitki isimleri verilir. Onurlandırılan kişi bir erkekse, özel isim şu şekilde biter: “i”. Örneğin, solucan, Lumbricus friendi, Rev. H. Friend'in adını almıştır. Onurlandırılan kişi bir kadınsa, özel isim sona erer. “ae”. Bazen, belirli ad bir yeri (ör. Hintli için indica) veya rengi (ör. siyah için nijer) belirtir.

Bilimsel literatürde, belirli bir ismin ardından türü ilk tanımlayan kişinin adının ve bunu yaptığı yılın yazılması genel bir uygulamadır. Örneğin, insanın bilimsel adı Homo sapiens Linnaeus 1758 olarak yazılır. Tür, yayınlandıktan sonra başka bir cinse geçerse veya cins adı değiştirilirse parantez içinde ilk yazarın adı yazılır.

Örneğin, Panthera leo (Linnaeus), leo türünün başlangıçta Linnaeus tarafından başka bir cinse (Felis) atandığı anlamına gelir.

Üç Terimli Adlandırma:

Bu isimlendirme sistemi, alt türleri adlandırmak için kullanılır. Sınıflandırmada alt tür, türün altındaki bir kategoridir. Alt tür adı da Latince veya Latince bir kelimedir ve ait olduğu türün adını takip eder. Örneğin, Hindistan, Pakistan, Myanmar ve Sri Lanka'da görülen ev kargasının özel adı Corvus splendens'tir.

Hindistan ve Pakistan, Myanmar ve Sri Lanka'nın ev kargaları, küçük morfolojik özelliklerde birbirlerinden farklıdır ve bu nedenle farklı alt türler olarak ayrılır. Hintli ve Pakistanlı ev kargasına Corvus splendens splendens, Myanmarlı ev kargası, Corvus splendens insolens ve Sri Lankalı ev kargası, Corvus splendens protegatus alt-spesifik adı verilmiştir.

Alt türlerin tam bilimsel adı, bu nedenle, üç isimden oluşan üç terimli bir addır: cins, tür ve alt türün isimleri.

İsimlendirme Kuralları:

1898'de Uluslararası Zooloji Kongresi, tüm taksonomik yayınlar için bağlayıcı olacak bir dizi kural formüle etmek için Uluslararası Zoolojik Adlandırma Komisyonu kurdu. Uluslararası Adlandırma Kodunun amacı, taksonların isimlendirilmesinde hataya, belirsizliğe veya karışıklığa neden olabilecek isimlerin kullanılmasından kaçınarak istikrarı sağlamaktır.

Adlandırma uygulamalarının standardizasyonu ve mevzuatı genellikle Uluslararası Botanik ve Zooloji Kongrelerinde yapılır. Bu, geçmişin isimlendirmesini düzene sokmak ve geleceğin terminolojisini sağlamak için yapılır.

Bir terminoloji kodunun esasları olarak kabul edilebilecek, yaygın olarak izlenen birkaç kural ve tavsiye aşağıda verilmiştir:

1. Kabul edilen isimlendirme sistemi, özel ismi ve alt-spesifik isim için üç terimliyi belirtmek için binom sistemidir.

2. Cinsin adı, yalın tekilde tek bir kelimedir ve büyük harfle başlamalıdır. Türün adı tek veya birleşik bir kelime olabilir ve küçük bir harfle başlamalıdır.

3. Adı açıklarken ilk yayınlayan yazarın adı tür adını takip etmeli ve nadiren kısaltılmalı ve roma tipinde basılmalıdır.

4. Hayvan ve bitkilerin bilimsel isimleri farklı olmalıdır.

5. İsimler Latince veya Latin harfleriyle yazılmış biçimde olmalıdır ve genellikle italik olarak basılmıştır.

6. Hayvanlar ve bitkiler aleminde iki cins aynı ada sahip olamaz ve bir cins içinde iki tür aynı ada sahip olamaz.

7. İlk yayınlanan jenerik veya özel isim tanınan tek isimdir. Tüm yinelenen adlar eşanlamlıdır.

8. Cins adı, asıl yazar tarafından bir türün altına yerleştirildiği ad değilse veya cins adı değiştirilirse, asıl yazarın adı parantez içinde yazılır.

9. Aile ve alt aile adlarının oluşumu, Zoolojik ve Botanik Kodlarında farklı olan kurallara uyar.

10. Bir isim orijinal yazımını korumalıdır, bariz hatalar ve baskı hataları düzeltilebilir, aksan işaretleri atılır.

11. Bir ad, bir hayvanın veya bitkinin herhangi bir parçasına veya bir organizmanın yaşam tarihinin herhangi bir aşamasına dayandırılabilir.

Öneriler:

Yeni isimler yapmak için aşağıdaki öneriler izlenir:

1. Bir isim Latince olmalı veya kolayca Latince forma çevrilmelidir.

2. Bir isim üçten az on ikiden fazla harf içermemelidir.

3. Bir isim telaffuzu kolay olmalıdır.

4. Verilen isim tercihen organizmanın bazı özelliklerini tanımlamalıdır.

5. Bir isim iki dilden türetilmemelidir.

6. Bir isim anlamsız olmamalıdır.

Taksona aşinalık:

Darwin'e göre (1850), “Bütün organik varlıklar azalan derecede birbirine benzediği için gruplar altında gruplandırılabilsinler”. Tüm büyük hayvan grupları, bireysel olarak daha küçük ve daha küçük alt gruplara ayrılabilir.

Omurgalılar içinde memeliler içindeki kuşlar ve memeliler, etoburlar içindeki etoburlar ve kemirgenler, köpeğe benzeyenler, kediye benzeyenler vb. alt grupları ayırt edebiliriz. Bu türlerin bir sınıflandırmasını yapmak istersek, bu sınıflandırma keyfi değildir.

O halde sınıflandırma görevi, bu grupların sınırlandırılması ve düzenli bir sırayla, yani hiyerarşi içinde düzenlenmesidir.

Sistematik Hiyerarşi:

Hayvan ve bitki türlerinin sayısı çok fazla olduğu için onları tek tek isimleriyle tanımak ya da literatürde atıfta bulunmak mümkün değildir. Bu, onları farklı derecelerde kategoriler ve taksonlar halinde düzenlemeyi gerektirdi. Daha sonra bu kategorileri ve taksonları artan bir düzende düzenleyerek daha yüksek bir kategorinin bir veya daha fazla alt kategoriyi içermesi ve daha yüksek taksonların bir veya daha fazla alt taksonu içermesi.

Linnaeus, hayvanlar aleminde tanınan taksonomik kategorilerin kesin bir hiyerarşisini kuran ilk taksonomistti. Bunlar sınıflar, takımlar, cinsler, türler ve çeşitlerdir. Linnaeus tarafından çeşitli tür içi varyantların isteğe bağlı bir kategorisi olarak kullanılan çeşitler, sonunda atıldı veya türler tarafından değiştirildi.

Bu birkaç kategori, o zamanlar bilinen az sayıda hayvan ve bitki ile başa çıkmak için yeterliydi.

Ancak, bilinen türlerin sayısı ve bununla birlikte bu türlerin akrabalık dereceleri hakkındaki bilgimiz arttıkça, türlerin taksonomik konumunun daha kesin bir şekilde belirtilmesi ve aralarına yenilerinin eklenmesi ihtiyacı ortaya çıktı.

Çoğu, orijinal kategori adlarının süper veya alt önekleriyle birleştirilmesiyle oluşturulur. Böylece, üst sınıf, üst aile ve alt aileler vb. vardır. En sık kullanılan ek yeni kategori adı, belki de cins ve aile arasındaki bir kategori için kabile terimidir.

Omurgalı paleontologlar ayrıca düzen ve sınıf arasındaki kategori kohortunu rutin olarak kullandılar. Bazı yazarlar, cladus, legio ve sectio gibi ek alt bölümler için terimler kullandılar. Bazıları alt sınıfın altında alt sınıf ve alt sıranın altında alt sıra kullandı.

Genel olarak kabul edilen kategoriler şunlardır:

Parantez içinde kabilelerin, alt ailelerin, ailelerin ve süper ailelerin adları için standartlaştırılmış sonlar belirtilmiştir. Yaygın olarak bilindiği şekliyle sistematik hiyerarşi veya Linnaean hiyerarşisi, keyfi sıralama ihtiyacı ile sıklıkla bilimsel olmayan bir sınıflandırma sistemi olarak saldırıya uğradı.

Sayısal şema gibi alternatif yöntemler önerilmiş, ancak öncelikle aşağıdaki iki nedenden dolayı taksonomistler arasında rağbet görmemiştir:

(i) Taksonlara belirli sayısal değerler atamak, taksonların ilişkileri hakkında mevcut kanıtlardan çıkarılabilecek olandan çok daha fazla bilgi gerektirir.

(ii) Bu tür değerlerin atanması, sistemi daha fazla iyileştirmeyi engelleyecek bir aileye dondurur.

Linnaean hiyerarşinin öznelliği, ona ilişkiler bilgimizin eksikliğinin gerektirdiği esnekliği verir. Alternatif ilişki modellerinin önerilmesine izin verir ve farklı yazarlara, maksimum miktarda bilginin sunumuna izin veren bölme ve parçalama arasındaki belirli dengeyi test etme fırsatı verir.

Diğer herhangi bir bilimsel teori gibi, sonsuza dek geçici olacaktır.

Takson ve Kategori:

Taksonlar, genellikle tür grupları olan hayvan gruplarıdır. Hayvanlarda böcekler, balıklar, kuşlar, memeliler algler, mantarlar, eğrelti otları, yosunlar, otlar vb. kelimeler organizma gruplarıdır. Bunlar sınıflandırmanın somut nesneleridir. Böyle bir popülasyonun herhangi bir grubuna takson denir.

Ancak sıradan kullanımda yalnızca sözde temel kategoriler (cins, aile, düzen, sınıf, filum, krallık) bu tür gruplar olarak ele alınır. Tüm seviyelerdeki üst taksonlar, temel taksonların grupları (bir sınıflar grubu olarak bir üst sınıf) ve tüm seviyelerdeki alt taksonlar, temel taksonun bir alt bölümü (taksonun bir bölümü olarak bir alt takım) olarak kabul edilir.

Simpson'a göre “A takson, hiyerarşik bir sınıflandırmanın herhangi bir düzeyinde resmi bir birim olarak tanınan bir grup gerçek organizmadır.”

Mayr'a göre, “A takson, belirli bir kategoriye atanmaya layık olmak için yeterince farklı olan herhangi bir sıradaki taksonomik bir gruptur.”

Hayvan grubu taksondur. Her takson hiyerarşide belli bir seviyeye yerleştirilmiştir. Bir kategori, hiyerarşik bir sınıflandırmada rütbe veya seviyeyi belirtir. Üyelerinin tümü belirli bir rütbeye atanmış taksonlardan oluşan bir sınıftır. Bir kategori diğerinden daha yüksek veya daha düşük olabilir, bu nedenle daha yüksek bir kategoriden bahsedebiliriz.

Kategorilerin adları vardır, ancak bunlar biyolojik terminolojideki isimler değil terimlerdir. Bunlar krallık, filum, sınıf vb. belirtmek hatadır “bu hayvan Memeliler kategorisine ait”, Mammalia kategorisinin değil taksonun adıdır.

Taksonomik Ckategoriler:

Türler:

Türler, taksonomik hiyerarşideki en önemli kategoridir. Taksonomide ve ayrıca evrimde temel birimdir. Tanımı uzun zamandır taksonominin en büyük sorunlarından biri olmuştur. Türlerin tanımı hakkında çeşitli tanımlar ve yönler tartışılmaktadır.

Blackweldler'a göre türler şu şekilde tanımlanabilir:

(i) Gruplardan biri, tür düzeyi (bir tür grubu) olarak adlandırılan kategoride yer alan.

(ii) Tür gruplarının yerleştirildiği kategori veya seviye (tür seviyesi).

Türler için iki ana tanım yapılmıştır.

Biyolojik türler genellikle, üreme açısından bu tür diğer gruplardan izole edilmiş, gerçekte veya potansiyel olarak kendi aralarında üreyen doğal popülasyon grupları olarak tanımlanır. Bu, pratikte nadiren ayırt edilebilen teorik gruplar verir.

Simpson, hayvan türlerinin tüm tanımlarının bize biyolojik türler verdiğine dikkat çekti. Bu nedenle, bunun için genetik tür adını tercih eder ve ayrıca biyo-türlere atıfta bulunur. (Popülasyonların kendi aralarında çiftleşmediği, sadece bireysel hayvanların ve bitkilerin kendi aralarında çiftleştiğine dikkat edilmelidir).

Genetik türler, üreme açısından birbirinden izole edilmiş iç içe üreyen popülasyon gruplarıdır. Dolayısıyla biyolojik türlerle aynıdırlar. Örneğin, Homo sapiens'te sapiens, bir Homo türüdür.

Cins:

Cins kategorisine yerleştirilen taksonlar cinslerdir. Bunlar, jenerik adın dahil edilen türlerin her birinin adının bir parçası olduğu gerçeğiyle kanıtlandığı gibi, taksonomistler tarafından bir araya getirilen tür gruplarıdır.

Cins, adının ilk bölümünü oluşturduğu ilk türün adlandırılmasıyla ilgilidir. Yine bir cinsin, herhangi bir taksonomist tarafından tek bir genel isim altında yer alan herhangi bir tür grubu olduğunu söylemek mümkündür. Bu tamamen özneldir, ancak yaklaşık olarak çoğu taksonomik çalışmanın temeli olan çalışma tanımıdır.

Cins, türün bir sonraki üst seviyesi olarak tam olarak tanımlanamaz, çünkü bu yaygındır ve her zaman mümkündür. cins ve türler arasında alt türler kullanın ve ayrıca bölümleri veya diğer resmi olmayan kategorileri kullanın.

Cins durumlarının pragmatik bir tanımı, “A cinsi, tek bir türü veya monofiletik bir tür grubunu içeren ve aynı sıradaki diğer taksonlardan (diğer cinsler) belirli bir boşlukla ayrılan taksonomik bir kategoridir. Felis cinsi, altın kediyi (Felis temincki), balıkçı kedisini (Felis viverrina) ve leopar kedisini (Felis bengalensis) içerir.

Aile:

Bu, bir veya daha fazla ilgili cins içeren ve diğer ilgili familyalardan önemli ve karakteristik farklılıklarla ayrılan taksonomik bir kategoridir. Aslan, leopar, kaplan ve farklı cinslere ait her tür kediyi içeren Felidae ailesi. Bu aile, köpekleri ve tilkileri içeren Canidae ailesinden belirgin bir şekilde ayrıdır.

Emir:

Sıra, üst-sınıflar, alt-sınıflar, alt-sınıflar ve üst-aile ile alt-sınıf arasında enterpole edilen diğer seviyelerdeki taksonları da içeren, düzen grubu olarak adlandırılan şeyin temel kategorisidir. Birçok filumda, takımlar çok iyi bilinen gruplardır, ancak bazı filumlarda sınıflardan daha az bilinirler, oysa sınıflar hayvanlar aleminde oldukça belirgin bir tekdüzeliğe sahiptir.

Örneğin, omurgalıların takımları, böceklerdeki ailelerle neredeyse hiç kıyaslanamaz ve diğer gruplarda seviyeler farklılık gösterir. Örneğin, Carnivora takımı Felidae ve Canidae ailelerini içerir.

Sınıf:

Sınıf, üst sınıfları ve alt sınıfları ve bunların arasına eklenen diğer sınıfları da içeren sınıf grubu olarak adlandırılan şeyin temel kategorisidir. Bir bütün olarak hayvanlar aleminde, sınıflar şüphesiz en iyi bilinen taksonlardır, hatta filumlar bile daha fazla görüş farklılığına tabidir.

Bir sınıf genellikle bir filumun bir alt bölümüdür. Örneğin, Carnivora düzeni aslan, kedi vb.'yi içerir, Mammalia sınıfına dahildir.

Filum:

Filum kategorisine yerleştirilen taksonlar, krallığın filumları, alt bölümleridir. Süper filumda birleştirilebilirler veya alt filumlara bölünebilirler. Filum Porifera, Calcarea, Hexactinellida ve Demospongia gibi üç sınıf içerir.

Krallık:

Bu en yüksek taksonomik kategoridir. Tüm hayvanlar hayvanlar alemine, tüm bitkiler de bitkiler alemine dahildir.

Kategori Olarak Türler:

Biyolojinin tüm alanlarında tür teriminin önemi o kadar büyüktür ki, özel olarak ele alınmayı hak eder. Birçok ortak özelliğe sahip olan ve sadece kendi aralarında üreyebilen bireysel organizmaların tür terimi kapsamına girdiği daha önce belirtilmişti.

Türlerin tanımı sadece taksonomistlerle sınırlı değildir. Günümüzde biyolojinin diğer alanları da türleri büyük ölçüde ele almaktadır. Sitologlar, genetikçiler, ekolojistler, biyokimyacılar ve diğerleri de türleri tanımladılar.

Farklı çalışanlar tarafından verilen tanımlar aşağıdaki gibidir:

Farklı coğrafi bölgelerde yaşayan türler.

Normalde aynı coğrafi alanları işgal eden türler.

“Bunlar, diğer hususlardan bağımsız olarak morfolojik benzerlik tarafından kurulanlardır” (Simpson).

Biyo-türler ve genetik türler:

Bu tür diğer gruplardan üreme açısından izole edilmiş, kendi aralarında üreyen popülasyonlar grubu.

Çok benzer ve yakından ilişkili türlerin çiftlerine veya gruplarına uygulanan bir terimdir. Yakın akraba türlere (filogenetik anlamda) uygulandığında, bu ifade varsayımsal türlere atıfta bulunur, bunlar taksonomide ele alınamaz, ancak evrim üzerine spekülasyonlarda faydalı olabilir.

Uluslararası Adlandırma Kuralları kapsamında belirli bir isim verilmiş bir tür.

Bunlar, birbirlerinden ayrı olarak ve kendi üniter evrimsel rolleri ve eğilimleri ile evrimleşen soylardır (popülasyonların atadan gelen soy dizileri).

Politipik türler, iki veya daha fazla alt türden oluşan türlerdir.

Monotipik türler, tek bir alt türden oluşur.

Hayvanların Anahat Sınıflandırması:

Hayvanlar farklı yazarlar tarafından çeşitli şekillerde sınıflandırılmıştır. Aşağıdaki sınıflandırma, Meglitsch, P.A. (1972). Bu sınıflandırmada sadece daha büyük gruplar dikkate alınmıştır.

Kralo Animalia:

Bu, hayvan sınıflandırmasının en büyük grubudur. Dünyanın tüm hayvan popülasyonunu (faunasını) içerir.

İki alt krallığa ayrılmıştır:

Subkingdom A. Protozoa:

Yaklaşık 50.000 tür. Hücresiz mikroskobik hayvanlar. Yalnız veya sömürge. Özelleşmiş hücre organelleri. Tek ila birçok çekirdek. Beslenme holozoik, holofitik veya saprozoik veya parazitik. Tatlı su, deniz veya nemli karasal.

Protozoa (İlk hayvanlar). Alt krallığınkiler gibi karakterler.

Kölelik B. Metazoa:

Çok hücreli hayvanlar. Vücut, genellikle katmanlar veya dokular halinde düzenlenmiş birçok hücreden oluşur.

Üç şubeye ayrılmıştır:

Mezozoa, Parazoa, Eumetazoa.

Şube I. Mezozoa:

Somatik hücrelerin yüzey tabakasından ve iç üreme hücrelerinden oluşan stereo-blastula yapısına sahip hücresel hayvanlar.

Mezozoa (Orta hayvanlar). Yaklaşık 50 tür, Solucan benzeri, küçük. Simetri ikili. Bir veya daha fazla üreme hücresini çevreleyen kirpikli sindirim hücrelerinin dış tabakası.Kafadanbacaklılarda ve diğer omurgasızlarda parazit.

Şube II. parazoa:

Yeni başlayan doku oluşumu ile hücresel düzeyde organizasyon hayvanları. Birkaç farklı türden iç hücreler. Ağız veya sindirim sistemi yoktur ve organ sistemleri yoktur. Vücut, koanositlerle kaplı bir ila birçok iç boşlukla gözeneklidir. Sapsız, deniz, birkaç tatlı su. Yalnız veya sömürge.

Porifera (Gözenek taşıyanlar). Yaklaşık 5.000 tür. Dalınkiler gibi karakterler.

Scypha veya Sycon, Euplectella, Hyalonema, Euspongia, vb.

Şube III. ömetazoa:

Ağız ve sindirim sistemi ile doku veya organ-sistem dereceli organizasyon hayvanları (parazitik dejenerasyonla kaybedilenler hariç). Birkaç çeşit iç hücre. Vücut gözenekli değildir ve koanositlerle kaplı boşluklar yoktur.

Omurgasız Filumunun Temsili Tipleri.

Derece I. Radiata:

Birincil radyal simetriye sahip Eumetazoa. Dokular mevcuttur ve organ sistemleri başlangıç ​​aşamasındadır. Genellikle ektodermden türetilen mezoderm, yüksek derecede hücresel özelleşme olmaksızın yeni başlayan bir doku olarak mevcuttur. Tek vücut boşluğu, ağzı olan ancak anüsü olmayan sindirim boşluğudur.

Filum 4. Cnidaria (Coelenterata):

Yaklaşık 10.000 tür. Simetri radyal, biradial veya radyo-bilateral. Ağız, nematosistleri taşıyan dokunaçlarla çevrilidir. Siliyer plaka sıraları yok. Coelenteron olarak vücut boşluğu. Sessil veya serbest yüzme. Yalnız veya sömürge. Deniz veya tatlı su.

Hydra, Obelia, Aurelia, Metridium, Mercanlar vb.

Phylum 5. Ctenophora (Penye taşıyanlar veya Tarak jöleleri):

Yaklaşık 90 tür. Simetri çift yönlüdür. Dokunaçlar mevcut olduklarında ağzı çevrelemezler. Nematosist yok. Kirpikli yüzme plakalarının sekiz radyal sırası. Serbest yüzme ve denizcilik.

Pleurobrachia, Coeloplana, Ctenoplana, vb.

2. sınıf. bilaterya:

Bilateral simetriye sahip Eumetazoa veya daha sonra radyal simetriye dönüşen embriyonik bilateral simetriye sahip olanlar. Organ-sistem organizasyon derecesi. Çoğunlukla endodermal kökenli iyi gelişmiş bir mezoderm ile. Çoğunlukla sindirim boşluğu dışındaki vücut boşlukları ile. Ağız ve anüs genellikle mevcuttur.

Bilateria iki bölüme ayrılmıştır:

Protostomia ve Deuterostomia.

Bölüm A. Protostomia:

Ağzın blastopordan veya blastoporun ön kenarından çıktığı bilateri.

Protostomia üç alt bölüme ayrılmıştır:

Acoelomata, Pseudocoelomata ve Coelomata.

Alt Bölüm 1. Acoelomata:

Vücut boşluğu veya sölom yok. Vücut duvarı ile sindirim sistemi arasındaki boşluk mezenkim ile doldurulur. Alev ampulleri ile protonephrida boşaltım sistemi.

Süperfilum Acoelomata:

Sölomsuz bilateria. Vücut duvarı ve sindirim sistemi arasındaki mezenşim ile. Alev ampulleri ile protonephridia boşaltım sistemi. Gövde parçalanmamış veya en genç bölümü başa doğru olan bir strobiladan oluşur.

Filum 6. Platyhelminthes (Yassı solucanlar):

Yaklaşık 12.700 tür. Vücut dorsoventral olarak basıktır. Anüs ve dolaşım sistemi yoktur. Serbest yaşam veya parazit. Karasal, tatlı su veya deniz.

Planaria, Fasciola, Taenia, vb.

Phylum 7. Nemertinea veya Rhynchocoela- (Şerit solucanları):

Yaklaşık 750 tür. Vücut ince, yumuşak, çok elastik ve kirpiklerle kaplı. Segmentasyon yok. Uzun ters çevrilebilir hortumlu ön ağız. Sindirim sistemi anüs ile tamamlandı. Dolaşım sistemi mevcut. Özgür Yaşam. Çoğunlukla deniz, az karasal ve tatlı su.

Serebratulus, Stichostemma, vb.

Alt Bölüm 2. Pseudocoelomata:

Sindirim sistemi ile vücut duvarı arasında bulunan boşluk, ancak bu boşluk bir psödocoel (blastocoel kalıntısı) ve bir coelom değil. Anüs, protonephridia ile birlikte veya olmadan mevcut, alev ampulleri mevcut veya mevcut değil.

Filum 8. Acanthocephala (Diken başlı solucanlar):

Yaklaşık 500 tür. Dakika parazit solucanlar. Proboscis, kıvrık dikenleri olan çıkıntılı (tersine çevrilebilir). Sindirim sistemi yok.

Echinorhynchus, Gigantorhynchus, vb.

Filum 9. Entoprocta (Yosunlu hayvanlar):

Yaklaşık 60 tür. Sindirim borusu U şeklinde. Ağız ve anüs, kirpikli dokunaçlarla çevrili bir bölge içinde birbirine yakındır. Sapsız. Çoğunlukla deniz, az tatlı su. Yalnız veya sömürge.

Pedicellina, Loxosoma, Urnatella, vb.

Süper filum Aschelminthes:

Sahte coelomatların bir topluluğu. Hepsinin ön ağzı, arka anüsü ve düz sindirim borusu vardır.

Filum 10. Rotifera (Tekerlek hayvancık):

Yaklaşık 1.500 tür. Mikroskobik. Kirpikli bir korona ile ön uç. Terminal alev ampulleri ile trofik Protonephridial sistem olarak bilinen iç çeneli farenks. Çoğunlukla tatlı su, biraz deniz.

Brachionus, Philodina, Rotatoria, vb.

Phylum 11. Gastrotricha (Kıllı mide solucanları):

Yaklaşık 150 tür. Mikroskobik. Ventral yüzey düzleştirilmiş ve kirpiklidir. Dikenli, plakalı veya pullu ve bölünmemiş kütikül. Trophi içermeyen farinks tübüler. Tatlı su ve deniz.

Chaetonotus, Macrodasys, vb.

Phylum 12. Kinorhyncha (Çeneli solucanlar):

Yaklaşık 60 tür. Küçük. Yüzeysel kirpikler olmadan az çok dikenlidir. Ön ucu içe dönük bir Denizci ile bölünmemiş vücut.

Ekinoderler, Pycnophyses, vb.

Filum 13. Nematoda (Yuvarlak solucanlar):

Yaklaşık 10.000 tür. Gövde yuvarlak, ince, sürekli bir kütikülle kaplı, genellikle uçlarda sivrilen. Silya yok. Epidermis dört veya daha fazla akora bölünmüştür. Vücut duvarında sadece uzunlamasına kaslar. Üçgen lümene sahip uzun kaslı farenks. Serbest yaşayan veya parazit. Tatlı su veya deniz veya toprakta.

Ascaris, Rhabditis, Enterobius, Ancylostoma, Wuchereria, vb.

Phylum 14. Nematomorpha (At kılı solucanları):

Yaklaşık 230 tür. Gövde uzun, ince, silindirik, dorsal ve ventral epidermal akorlu. Bağırsaklara katılan gonoduktlar. Larvalar parazitik ve erginler serbest yaşar.

Alt Bölüm 3. Coelomata:

Gerçek bir sölomlu ve genellikle iyi gelişmiş ektomesodermli hayvanlar. Boşaltım organları nefrostomlu veya nefrostomsuz protonephridialardır. Anüs mevcut.

Süper filum Belirsiz:

Bölümlenmemiş, coelomat protostomlar.

Yaklaşık 8 tür. Gövde yüzeyi dikenler ve tüberküllerle kaplıdır. Ön hortum. Ürinogenital gözenekler her iki cinsiyette de sindirim tüpünden ayrılır. Gonoduktlara katılan solenositlerde sonlanan protonefridia. Deniz.

Filum 16. Sipunculida (Fıstık solucanları):

Yaklaşık 275 tür. Vücut uzun ve silindirik, geri çekilebilir ön içe dönük. Ağız çevresinde kısa içi boş dokunaçlar. Segmentasyon veya kıl yok. Anüs dorsal. Deniz.

Sipunculus, Phascolosoma, vb.

Filum 17. Mollusca (Yumuşak gövdeli hayvanlar):

Yaklaşık 1, 28.000 tür. Manto ile örtülü yumuşak gövde, genellikle ön kafa ve ventral kaslı ayak ile. Manto kabuğu salgılar. Kabuk bazen körelmiş, bazen de birkaç parça halindedir. Coelom azaltıldı. Karasal, tatlı su ve deniz.

Chiton, Pila (Salyangoz), Unto (Midye), Sepya, Loligo (Kalamar), Nautilus vb.

Filum 18. Echiurida (Ekleyici kuyruklu solucanlar):

Yaklaşık 150 tür. Oluk şekilli elastik hortumlu (geri çekilmeyen) silindirik gövde. Ağız ventral. Setae ile gövde. Coelom geniş. Deniz.

Süper filum Articulata:

Segmentli coelomat hayvanlar. Yetişkin metamerik organizasyonunu ikincil olarak kaybetmiş olsa bile, embriyonik aşamaların segmentasyonu ile karakterize edilir.

Filum 19. Annelida (Halkalı veya Segmentli solucanlar):

Yaklaşık 8.700 tür. Vücut uzatılmış ve metamerik olarak bölümlere ayrılmıştır. Coelom geniş, tipik olarak metamerik bölmelere bölünmüştür. Karasal, tatlı su ve deniz.

Nereis (Clamworm), Pheretima (Toprak kurdu), Hirudinaria (Sülük), vb.

Filum 20. Tardigrada (Su ayıları veya Ayı hayvancıkları) Dakika:

Gövde silindirik ve parçalı, dört çift bölünmemiş bacak, pençelerle son buluyor. Coelom geçici yerini bir hemocoel alır. Ağızla ilişkili uzantı yok.

Phylum 21. Onychophora (Pençe taşıyanlar):

Yaklaşık 73 tür. Vücut solucan benzeri, uzun ve segmentsiz. İnce, bölünmemiş kütikül vücudu kaplar. Birçok çift kısa, bölünmemiş bacak. İkisi ağızla ilişkili üç çift uzantıya sahip kafa. Solunum için trakeal sistem. Nemli karasal.

Phylum 22. Pentastomatida (Dil solucanları):

Yaklaşık 70 tür. Ağzın kenarlarında iki çift pençe veya kısa uzantıları olan solucan benzeri gövde. Solunum sistemi yok. Omurgalılarda parazit.

Porocephalus, Cephalobaena. vesaire.

Phylum 23. Arthropoda (Eklem ayaklı hayvanlar):

Yaklaşık 9.000.000 tür. Vücut genellikle pençelerde sonlanan eklemli uzantılarla bölümlere ayrılmıştır. Dış iskelet chitinous. Coelom büyük ölçüde azaldı ve yerini hemokoel aldı. Karasal, tatlı su ve deniz. Örnekler: Karidesler, Akrepler, Sinekler, Kırkayaklar vb.

Bölüm B. Deuterostomia:

Ağzın blastopordan veya ön kenarına yakın çıkmadığı bilateriler. Coelom, ilkel bağırsaktan kaynaklanır.

Süper filum Tentaculata (Lophophorates):

Dairesel, hilal şeklinde veya çift sarmal sarmal kenarlı, kirpikli dokunaçları olan ve lophophore olarak bilinen hayvanlar. Ağız ve anüs birbirine yakın. Bir döngü oluşturan bağırsak.

Yaklaşık 15 tür. Soliter solucan benzeri hayvanlar. Gövde, ince bir tüp içine alınmış. Kapalı dolaşım sistemi. Bir çift metanefridia Marine.

Phylum 25. Ectoprocta veya Bryozoa (Moss hayvanları):

Yaklaşık 4.000 tür. Lophophore'lu sapsız veya kolonyal hayvanlar. Jelatinli, kitinli veya kalkerli bir kaplama ile çevrelenmiş gövde. Lophophore bölgesinin dışında anüs. Çoğunlukla deniz, az tatlı su.

Filum 26. Brachiopoda (Lamba kabukları):

Yaklaşık 260 tür. Lophophore'lu yalnız hayvanlar. Gövde çift kabuklu bir kabukla çevrilidir. Bir veya iki çift metanefridia. Deniz.

Lingula, Crania, Hemithyris, vb.

Phylum 27. Echinodermata (Dikenli derili hayvanlar):

Yaklaşık 6.000 tür. İkincil radyal simetriye sahip hayvanlar. Su damar sistemi mevcut. Tüp ayak ile hareket.

Denizyıldızı, Kırılgan yıldız, Deniz kestaneleri, Deniz zambakları vb.

Phylum 28. Chaetognatha (Ok solucanları):

Yaklaşık 50 tür. Küçük, narin, uzun, şeffaf hayvanlar. Vücut baş, gövde ve kuyruğa ayrılmıştır. Ağzın yanında kancalar veya kıllar, gövdede eşleştirilmiş yüzgeçler ve bir terminal kuyruk yüzgeci. Sindirim tüpü tamamlandı. Planktonik ve deniz. Özgür Yaşam.

Phylum 29. Pogonophora (Sakal solucanları):

Yaklaşık 43 tür. Vücut chitinous bir tüp içinde uzadı. Bir ila birçok dokunaç ile ön uç. İç iskelet, solungaç yarıkları ve sindirim borusu yoktur. Derin su ve deniz.

Siboglinum, Polybrachia, Spirobrachia, vb.

Phylum 30. Hemichordata (Meşe Palamudu solucanları):

Yaklaşık 80 tür. Hayvanlar solungaç yarıkları ile kalıcı olarak çift taraflıdır. İç iskelet zayıf. Tipik bir notokord içermeyen embriyo. Deniz.

Balanoglossus (Meşe palamudu solucanı), Cephalodiscus, vb.

Yaklaşık 45.000 tür. Hayvanlar kalıcı olarak iki taraflı. Yaşam öyküsünün bir aşamasında bulunan bir dorsal tübüler sinir kordonu, bir notokord ve eşleştirilmiş faringeal solungaç yarıkları. Karasal, tatlı su, deniz.

Ascidianlar, Amphioxus, Balıklar, Kurbağalar ve Kurbağalar, Kertenkeleler ve Yılanlar, Kuşlar ve Memeliler vb.


5.5.2 Takson alem, şube, sınıf, takım, familya, cins ve tür hiyerarşisinde yedi seviyeyi her seviye için iki farklı krallıktan bir örnek kullanarak listeleyiniz.

kırmızı kanguru :
krallık: hayvanlar
filum: Kordata
Sınıf: memeli
Emir: Diprotodonti
Aile: Makropodidae
cins: Makropus
Türler: M. rufus

Beyaz Meşe ağacı :
krallık: Bitkiler
filum: Manolyofit
Sınıf: Magnoliopsida
Emir: Fagales
Aile: Baklagiller
cins: Quercus
Türler: alba


1610, anlam 1'de tanımlanan anlamda

Latince'den ödünç alınmış isimlendirme "şeylere isim atama" isim "name" + kalatus, geçmiş katılımcı calāre "toduyurmak, ilan etmek" + -ura -ure — ad girişi 1'de daha fazla, düşük giriş 3'te

Not: Latince kelime daha öncekilerden sonra oluşturulmuştur. isimlendirme "Köle, müşterilerinin ve herkesin önünde karşılaştığı diğerlerinin adlarını efendisine söylemekle görevliydi" bkz. isimlendirme.


İçindekiler

A kafes sistemi aritmetik kristal sınıflarının alt grupları olan aynı kafes noktası gruplarına sahip bir kafes sınıfıdır. 14 Bravais kafesi yedi kafes sisteminde gruplandırılmıştır: triklinik, monoklinik, ortorombik, tetragonal, eşkenar dörtgen, altıgen ve kübik.

İçinde kristal sistem, bir dizi nokta grubu ve bunlara karşılık gelen uzay grupları bir kafes sistemine atanır. Üç boyutta var olan 32 nokta grubundan çoğu sadece bir kafes sistemine atanır, bu durumda hem kristal hem de kafes sistemleri aynı ada sahiptir. Bununla birlikte, beş nokta grubu iki kafes sistemine, eşkenar dörtgen ve altıgen olarak atanmıştır, çünkü her ikisi de üç katlı dönme simetrisi sergiler. Bu nokta grupları, trigonal kristal sistemine atanır. Toplamda yedi kristal sistemi vardır: triklinik, monoklinik, ortorombik, tetragonal, trigonal, altıgen ve kübik.

A kristal ailesi kafesler ve nokta grupları tarafından belirlenir. Ortak bir kafes sistemine atanmış uzay gruplarına sahip kristal sistemlerin birleştirilmesiyle oluşturulur. Üç boyutta, kristal aileleri ve sistemleri, tek bir altıgen kristal ailede birleştirilen altıgen ve trigonal kristal sistemleri dışında aynıdır. Toplamda altı kristal ailesi vardır: triklinik, monoklinik, ortorombik, tetragonal, altıgen ve kübik.

Üç boyutun altında olan uzaylar aynı sayıda kristal sistemlerine, kristal ailelerine ve kafes sistemlerine sahiptir. Tek boyutlu uzayda tek kristal sistem vardır. 2B uzayda dört kristal sistem vardır: eğik, dikdörtgen, kare ve altıgen.

Üç boyutlu kristal aileleri, kristal sistemleri ve kafes sistemleri arasındaki ilişki aşağıdaki tabloda gösterilmiştir:

kristal aile kristal sistemi Nokta grubunun gerekli simetrileri Nokta grupları Uzay grupları Bravais kafesleri kafes sistemi
triklinik triklinik Hiçbiri 2 2 1 triklinik
monoklinik monoklinik 1 çift dönüş ekseni veya 1 ayna düzlemi 3 13 2 monoklinik
ortorombik ortorombik 3 adet iki katlı dönme ekseni veya 1 adet iki katlı dönme ekseni ve 2 ayna düzlemi 3 59 4 ortorombik
dörtgen dörtgen 1 dörtlü dönme ekseni 7 68 2 dörtgen
altıgen üçgen 1 üç katlı dönme ekseni 5 7 1 eşkenar dörtgen
18 1 altıgen
altıgen 1 altı katlı dönme ekseni 7 27
kübik kübik 4 adet üç katlı dönüş ekseni 5 36 3 kübik
6 7 Toplam 32 230 14 7
Not: "Üçgen" kafes sistemi yoktur. Terminoloji karışıklığını önlemek için "üçgen kafes" terimi kullanılmamıştır.

7 kristal sistemi, aşağıdaki tabloda gösterildiği gibi 32 kristal sınıfından (32 kristalografik nokta grubuna karşılık gelir) oluşur:

kristal aile kristal sistemi Nokta grubu / Kristal sınıfı Schönflies Hermann-Mauguin orbifold coxeter nokta simetrisi Emir soyut grup
triklinik pedial C1 1 11 [ ] + enantiomorfik kutup 1 önemsiz Z 1 _<1>>
pinakoidal Cben (S2) 1 1x [2,1 + ] merkez simetrik 2 döngüsel Z 2 _<2>>
monoklinik sfenoidal C2 2 22 [2,2] + enantiomorfik kutup 2 döngüsel Z 2 _<2>>
domatik Cs (C1 saat) m *11 [ ] kutupsal 2 döngüsel Z 2 _<2>>
prizmatik C2 saat 2/m 2* [2,2 + ] merkez simetrik 4 Klein dört V = Z 2 × Z 2 =matematik _<2>kez mathbb _<2>>
ortorombik eşkenar dörtgen disfenoidal NS2 (V) 222 222 [2,2] + enantiomorfik 4 Klein dört V = Z 2 × Z 2 =matematik _<2>kez mathbb _<2>>
eşkenar dörtgen C2v mm2 *22 [2] kutupsal 4 Klein dört V = Z 2 × Z 2 =matematik _<2>kez mathbb _<2>>
eşkenar dörtgen-dipiramidal NS2 saat (VH) mmm *222 [2,2] merkez simetrik 8 V × Z 2 imes mathbb _<2>>
dörtgen tetragonal-piramidal C4 4 44 [4] + enantiomorfik kutup 4 döngüsel Z 4 _<4>>
tetragonal-disfenoidal S4 4 2 kere [2 + ,2] sentrosimetrik olmayan 4 döngüsel Z 4 _<4>>
tetragonal-dipiramidal C4 saat 4/m 4* [2,4 + ] merkez simetrik 8 Z 4 × Z 2 _<4>kez mathbb _<2>>
tetragonal-trapezohedral NS4 422 422 [2,4] + enantiomorfik 8 dihedral D 8 = Z 4 ⋊ Z 2 _<8>=mathbb _<4> times mathbb _<2>>
ditetragonal-piramidal C4v 4mm *44 [4] kutupsal 8 dihedral D 8 = Z 4 ⋊ Z 2 _<8>=mathbb _<4> times mathbb _<2>>
tetragonal-skalanohedral NS2 boyutlu (VNS) 4 2m veya 4 m2 2*2 [2 + ,4] sentrosimetrik olmayan 8 dihedral D 8 = Z 4 ⋊ Z 2 _<8>=mathbb _<4> times mathbb _<2>>
ditetragonal-dipiramidal NS4 saat 4/mm *422 [2,4] merkez simetrik 16 D 8 × Z 2 _<8>kez mathbb _<2>>
altıgen üçgen Köşeli piramit C3 3 33 [3] + enantiomorfik kutup 3 döngüsel Z 3 _<3>>
eşkenar dörtgen C3i (S6) 3 3x [2 + ,3 + ] merkez simetrik 6 döngüsel Z 6 = Z 3 × Z 2 _<6>=mathbb _<3>kez mathbb _<2>>
trigonal-trapezohedral NS3 32 veya 321 veya 312 322 [3,2] + enantiomorfik 6 dihedral D 6 = Z 3 ⋊ Z 2 _<6>=mathbb _<3> times mathbb _<2>>
ditrigonal-piramidal C3v 3m veya 3m1 veya 31m *33 [3] kutupsal 6 dihedral D 6 = Z 3 ⋊ Z 2 _<6>=mathbb _<3> times mathbb _<2>>
ditrigonal-scalenohedral NS3 boyutlu 3 m veya 3 m1 veya 3 1m 2*3 [2 + ,6] merkez simetrik 12 dihedral D 12 = Z 6 ⋊ Z 2 _<12>=mathbb _<6> times mathbb _<2>>
altıgen altıgen-piramidal C6 6 66 [6] + enantiomorfik kutup 6 döngüsel Z 6 = Z 3 × Z 2 _<6>=mathbb _<3>kez mathbb _<2>>
trigonal-dipiramidal C3 saat 6 3* [2,3 + ] sentrosimetrik olmayan 6 döngüsel Z 6 = Z 3 × Z 2 _<6>=mathbb _<3>kez mathbb _<2>>
altıgen-dipiramidal C6h 6/m 6* [2,6 + ] merkez simetrik 12 Z 6 × Z 2 _<6>kez mathbb _<2>>
altıgen yamuk NS6 622 622 [2,6] + enantiomorfik 12 dihedral D 12 = Z 6 ⋊ Z 2 _<12>=mathbb _<6> times mathbb _<2>>
dihegzagonal-piramidal C6v 6mm *66 [6] kutupsal 12 dihedral D 12 = Z 6 ⋊ Z 2 _<12>=mathbb _<6> times mathbb _<2>>
ditrigonal-dipiramidal NS3 saat 6 m2 veya 6 2m *322 [2,3] sentrosimetrik olmayan 12 dihedral D 12 = Z 6 ⋊ Z 2 _<12>=mathbb _<6> times mathbb _<2>>
dihegzagonal-dipiramidal NS6h 6/mm *622 [2,6] merkez simetrik 24 D 12 × Z 2 _<12>kez mathbb _<2>>
kübik tetratoidal T 23 332 [3,3] + enantiomorfik 12 alternatif A 4 >
diploidal TH m3 3*2 [3 + ,4] merkez simetrik 24 A 4 × Z 2 imes mathbb _<2>>
gyroidal Ö 432 432 [4,3] + enantiomorfik 24 simetrik S 4 _<4>>
altı yüzlü TNS 4 3m *332 [3,3] sentrosimetrik olmayan 24 simetrik S 4 _<4>>
altı yüzlü ÖH m 3 m *432 [4,3] merkez simetrik 48 S 4 × Z 2 _<4>kez mathbb _<2>>

Bir yapının nokta simetrisi aşağıdaki gibi daha ayrıntılı olarak açıklanabilir.Yapıyı oluşturan noktaları göz önünde bulundurun ve hepsini tek bir nokta üzerinden yansıtın ki (x,y,z) olur (-x,−y,−z). Bu 'ters yapı'dır. Orijinal yapı ve ters çevrilmiş yapı aynıysa, yapı merkez simetrik. Aksi halde sentrosimetrik olmayan. Yine de, merkezi simetrik olmayan durumda bile, bazı durumlarda ters çevrilmiş yapı, orijinal yapı ile hizalanmak üzere döndürülebilir. Bu, sentrosimetrik olmayan aşiral yapı. Tersine çevrilmiş yapı, orijinal yapıyla hizalanacak şekilde döndürülemiyorsa, yapı kiral veya enantiomorfik ve simetri grubu enantiomorfik. [1]

Bir yön (oksuz bir çizgi anlamına gelir) denir kutupsal iki yönlü duyuları geometrik veya fiziksel olarak farklıysa. Polar olan bir kristalin simetri yönüne denir. kutup ekseni. [2] Kutup ekseni içeren gruplara denir. kutupsal. Bir polar kristal benzersiz bir kutup eksenine sahiptir (daha doğrusu tüm kutup eksenleri paraleldir). Bu eksenin iki ucunda bazı geometrik veya fiziksel özellikler farklıdır: örneğin, piroelektrik kristallerde olduğu gibi bir dielektrik polarizasyon gelişebilir. Bir kutup ekseni sadece merkez simetrik olmayan yapılarda meydana gelebilir. Kutup eksenine dik bir ayna düzlemi veya iki katlı eksen olamaz, çünkü bunlar eksenin iki yönünü eşdeğer yapar.

Kiral biyolojik moleküllerin kristal yapıları (örneğin protein yapıları) sadece 65 enantiomorfik uzay grubunda meydana gelebilir (biyolojik moleküller genellikle kiraldir).

Yedi farklı kristal sistem türü vardır ve her tür kristal sistemin dört farklı türde merkezlenmesi vardır (ilkel, taban merkezli, vücut merkezli, yüz merkezli). Ancak, kombinasyonların hepsi benzersiz değildir, bazı kombinasyonlar eşdeğerdir, diğer kombinasyonlar simetri nedeniyle mümkün değildir. Bu, benzersiz kafeslerin sayısını 14 Bravais kafesine indirger.

14 Bravais kafesinin kafes sistemlerine ve kristal ailelerine dağılımı aşağıdaki tabloda verilmiştir.

Geometri ve kristalografide, bir bravais kafes üç yönde bir öteleme simetri grupları (kafesler olarak da bilinir) kategorisidir.

Bu tür simetri grupları, formun vektörleri tarafından yapılan ötelemelerden oluşur.

nerede n1, n2, ve n3 tam sayılardır ve a1, a2, ve a3 olarak adlandırılan üç eş düzlemli olmayan vektördür. ilkel vektörler.

Bu kafesler, kafesin kendisinin uzay grubuna göre sınıflandırılır, noktaların toplamı olarak bakıldığında, her biri sadece bir kafes sistemine ait olan üç boyutta 14 Bravais kafesi vardır. Onlar [ açıklama gerekli ] verilen öteleme simetrisine sahip bir yapının sahip olabileceği maksimum simetriyi temsil eder.

Tüm kristal malzemeler (kuazi kristaller hariç) tanım gereği bu düzenlemelerden birine uymalıdır.

Kolaylık sağlamak için bir Bravais kafesi, ilkel hücreden 1, 2, 3 veya 4 kat daha büyük olan bir birim hücre ile gösterilir. Bir kristalin veya başka bir desenin simetrisine bağlı olarak, temel etki alanı yine 48 faktöre kadar daha küçüktür.

Bravais kafesleri, 1842'de Moritz Ludwig Frankenheim tarafından incelenmiş ve 15 Bravais kafesi olduğunu bulmuştur. Bu, 1848'de A. Bravais tarafından 14'e düzeltildi.

‌Dört boyutlu birim hücre, dört kenar uzunluğuyla tanımlanır (a, B, C, NS) ve altı eksenler arası açı (α, β, y, δ, ε, ζ). Kafes parametreleri için aşağıdaki koşullar 23 kristal ailesini tanımlar

Buradaki isimler Whittaker'a göre verilmiştir. [3] Brown ile hemen hemen aynılar ve diğerleri, [4] 9, 13 ve 22 kristal ailelerinin isimleri hariç. Brown'a göre bu üç ailenin isimleri ve diğerleri parantez içinde verilmektedir.

Dört boyutlu kristal aileleri, kristal sistemleri ve kafes sistemleri arasındaki ilişki aşağıdaki tabloda gösterilmektedir. [3] [4] Enantiomorfik sistemler bir yıldızla işaretlenmiştir. Enantiyomorfik çiftlerin sayısı parantez içinde verilmiştir. Burada "enantiomorfik" terimi, üç boyutlu kristal sınıfları için tablodakinden farklı bir anlama sahiptir. İkincisi, enantiomorfik nokta gruplarının kiral (enantiomorfik) yapıları tanımladığı anlamına gelir. Mevcut tabloda "enantiomorfik", bir grubun kendisinin (geometrik bir nesne olarak kabul edilir) enantiomorfik olduğu anlamına gelir, üç boyutlu uzay gruplarının enantiomorfik çiftleri gibi P31 ve P32, P4122 ve P4322. Dört boyutlu uzaydan başlayarak nokta grupları da bu anlamda enantiyomorfik olabilir.


Sonuçlar

Adlandırma ve Genomik Dağılımı Arabidopsis thaliana F-Box Protein Gen Ailesi

Burada FBP genlerini adlandırmak için önerilen standartlaştırılmış terminolojinin şematik temsili, ilgilenilen geni örnekleyen Şekil 4A'da gösterilirken, Arabidopsis FBP gen ailesi isimlendirmesi Ek Tablo S1'de sağlanır. Genlerin yerini belirlemek için kullanılan ePlant kromozom görüntüleyicisi, hedef genimizin kromozom 3'ün kısa kolunda (p) (Şekil 4B) bulunduğunu ve isimlendirmeye göre ilgilendiğimiz genin aşağıdaki gibi olduğunu ortaya çıkardı. 3p.AtFBP113. NCBI araştırması gösterdi ki 3p.AtFBP113 kromozom 3 referans genom dizisi NC_003074.8 (Şekil 4C) üzerinde ters oryantasyonda bulunurken dizi analizi göstermiştir ki 3p.AtFBP113 tek bir ekzondan oluşan (Şekil 4D) ve 397 amino asit uzunluğunda protein kodlayan 1.24 Kb uzunluğunda bir gendir. FBP genlerinin genomik dağılımı, beş kromozomun hepsinde eşit dağılımlarını gösterdi (Şekil 5A). FBP kodlayan genlerin eşit dağılımı, kromozom uzunluğu ile pozitif bir korelasyonu tanımlar, yani daha uzun olan kromozom 1, 3 ve 5, daha kısa olan kromozom 2 ve 4'e kıyasla daha fazla FBP geni barındırır. Bununla birlikte, daha uzun kromozomlar arasında, kromozom 3 üzerindeki FBP kodlayan genlerin sayısı, boyut olarak nispeten daha büyük olan kromozom 5'e kıyasla daha fazladır (Şekil 5B).

Şekil 4. FBP gen ailesi isimlendirme sistemi ve 3p.AtFBP113 kromozom lokalizasyonu, oryantasyonu ve gen yapısı. (A) Arabidopsis'te FBP gen ailesini adlandırmak için ilgili geni örnekleyen, birkaç parçadan oluşan bir alfanümerik isimlendirme sistemini gösterir. (B) Özellikle şunu gösteriyor 3p.AtFBP113 Arabidopsis 3. kromozomun yüksek gen yoğunluklu bölgesinde kısa kolunda yer alır. (C) Gösterir ki 3p.AtFBP113 diğer genlerle birlikte NCBI referans kromozom dizisi NC_003074.8 üzerinde ters oryantasyonda bulunur. (NS) açıklar 3p.AtFBP113 yapı. Gen 1.24 Kb uzunluğundadır ve 5×2032 UTR bölgesi ile bir eksonu kodlar.

Şekil 5. genomik dağılımı Arabidopsis thaliana F-box genleri. (A) FBP genlerinin beş farklı kromozom üzerindeki dağılımını ve lokalizasyonunu gösterir. Arabidopsis thaliana. (B) Kromozom uzunluğu ile FBP kodlayan genlerin sayısı arasındaki pozitif korelasyonu tanımlar. Daha uzun kromozomlar, daha küçük kromozomlara kıyasla daha fazla FBP genine sahip olma eğilimindedir, ancak kromozom 3'ten daha büyük olan kromozom 5'e kıyasla kromozom 3'te daha fazla FBP geni bulunur.

Öngörülen Hücre Altı Lokalizasyon ve Fizikokimyasal Özellikler

UniPort'tan alınan 3p.AtFBP113 protein dizisi üzerinde ayrıntılı sistemik analiz yapmak için farklı hesaplama araçları kullanıldı. Hücre altı lokalizasyon tahmin araçları, 3p.AtFBP113'ün ya çekirdekte, sitoplazmada ya da plazma zarında yer aldığını ve sinyal/geçiş peptitlerinden ve zar ötesi sarmallardan yoksun olduğunu öngörmüştür. cNLS eşleyicisi, iki tür nükleer lokalizasyon sinyalinin, yani tek parçalı ve çift parçalı varlığını öngördü. N-terminal bölgesinde bulunan monopartit sinyal, yüksek skor nedeniyle güçlü nükleer lokalizasyon önerdi, bipartit sinyal skoru ise her iki bölmede, yani sitoplazmada ve çekirdekte lokalizasyonunu önerdi. Protter kullanılarak elde edilen 3p.AtFBP113 protein topolojisinin görselleştirilmesi Şekil 6'da sunulmaktadır. 3p.AtFBP113 proteininin hesaplanan fizikokimyasal özellikleri Tablo 1'de özetlenmiştir.

Şekil 6. 3p.AtFBP113 protein topolojisinin görselleştirilmesi. Protter, 3p.AtFBP113'ün zar ötesi sarmallardan yoksun olduğunu ve hücre içi bölgede bulunduğunu gösterir. Bu nedenle TM proteinlerinin karakteristik özelliği olan tipik topolojiden yoksundur.

Tablo 1. ExPASy sunucusunda bulunan ProtParam aracı kullanılarak tahmin edilen 3p.AtFBP113 proteininin fizikokimyasal özellikleri.

Öngörülen İşlevsel Etki Alanları, Motifler, Kıvrımlar ve Aile

CDD, ScanProsite, SMART, Pfam, CDART ve InterProScan gibi kullanılan tüm fonksiyonel alan tahmin veritabanları, 3p.AtFBP113'ün N-terminal bölgesinde yaklaşık 40-50 amino asit uzunluğunda bir F-box alanı içerdiğini tahmin etmiştir. N-terminal alanının yanı sıra, CDD, SMART, Pfam ve CDART çıktıları gibi bu veritabanlarından bazıları, C-terminal bölgesinde ek bir alan gösterdi. Örneğin, CDD ve CDART, 127 ila 365 amino aside yayılan F-box ilişkili alan tip1'i (FBA1) tahmin ederken, SMART ve Pfam çıktıları, C-'de 233 ila 357 amino arasında uzanan bir F-box bağlantılı alan tipi3 (FBA3) gösterdi. terminal. InterProScan veri tabanı araştırması, 3p.AtFBP113 dizisinin C-terminal bölgesinde ya F-box bağlantılı etkileşim alanı (127-365 aa) ya da FBA3 alanı (234-357 aa) içerdiğini ortaya çıkardı. CDD ve CDART, F-box benzeri alan süper ailesinin veya FBA1 alan süper ailesinin bir üyesi olduğunu tahmin etti. InterProScan çıktısı, onu F-box domain süper ailesinin ya da F-box benzeri domain süper ailesinin bir üyesi olarak gösterirken, Süper Aile sonucu, F-box domain süper ailesine ait olduğunu tahmin etti. Farklı biyoinformatik araçlar tarafından tahmin edilen alanlar Şekil 7'de gösterilmektedir. MotifFinder, protein dizisinde üç motif tespit etti, yani N-terminal bölgesinde F-kutusu veya F-kutusu benzeri motif, FBA3 motifi ise N-terminal bölgesinde. C-terminal bölgesi, oysa PFP-FunDSeqE web sunucusu, protein dizisinde immünoglobulin benzeri katlanma öngördü.

Şekil 7. 3p.AtFBP113 protein dizisinde öngörülen fonksiyonel alanlar. Şekil, 3p.AtFBP113 dizisinin, biri N-terminal bölgesinde bulunan, diğerinin ise C-terminal bölgesinde bulunan iki ana alan içerdiğini göstermektedir. Farklı C-terminali alanları, farklı alan tahmin veritabanlarından tahmin edilse de, bunlar örtüşen bölgelere sahiptir ve F-box proteinlerinin aynı alt sınıfına, yani F-box ilişkili domaine (FBA) aittir.

Tahmini Sonrası/Birlikte Çeviri Değişiklikleri

Glikosilasyon, proteinlerin translasyonlarından sonra en önemli modifikasyonlarından biridir ve glikoproteinler, proteinlerin katlanması, hücre-hücre etkileşimi, hücre tanıma ve konak-patojen etkileşimi gibi hücresel düzeyde çeşitli önemli işlemleri gerçekleştirir (Chauhan ve diğerleri, 2013). 3p.AtFBP113 protein dizisinde, GlycoEP aracı, 154N'yi N-bağlı glikosilasyon için potansiyel bir kalıntı olarak tahmin etti, birçok kalıntı, yani 42S, 61S ve 252S, potansiyel O-bağlı siteler olarak tahmin edildi, ancak herhangi bir potansiyel C bağlantılı yeri tahmin edemedi. protein dizisindeki glikosilasyon bölgeleri. N-terminal asetilasyonu, birlikte-çeviri yoluyla meydana gelen en yaygın modifikasyondur (Kiemer ve diğerleri, 2005). NetAcet 1.0 sunucu çıktısı, 3p.AtFBP113 dizisinin herhangi bir potansiyel asetilasyon sitesi içermediğini gösterdi. Serin, treonin veya tirozinde fosforilasyon, çeşitli hücresel süreçlerin sinyalleşmesini etkileyen en önemli modifikasyondur (Blom ve diğerleri, 1999). NetPhos 3.1 sunucusu, 3p.AtFBP113 dizisinde çeşitli potansiyel fosforilasyon bölgelerini öngördü (Şekil 8). Farklı post/co-translational modifikasyonlar için 3p.AtFBP113 dizisindeki beklenen potansiyel bölgeler Tablo 2'de belirtilmiştir.

Şekil 8. 3p.AtFBP113 dizisinde öngörülen potansiyel fosforilasyon bölgeleri. Fosforilasyon için yüksek potansiyele sahip birkaç tortu, grafikteki yüksek puanlarıyla belirtildiği gibi NetPhos sunucusu tarafından tahmin edildi. Daha yüksek puan, yani 1, tahminde yüksek güveni gösterir. Bunlar arasında, birçok serin kalıntısı 1'e yakın bir puana sahip olduğundan, serin kalıntıları fosforilasyon için daha fazla potansiyele sahip gibi görünmektedir.

Tablo 2. 3p.AtFBP113 protein dizisinde tahmin edilen potansiyel kalıntılar, post/co-translational modifikasyonlardan geçmek için.

GO Terimlerine, ÜFE Ağı ve Gen Ortak İfade Analizine Dayalı Çıkarsanan Moleküler ve Hücresel Fonksiyonlar

ARGOT2.5 çıktısı, aralarında en önemli terimlerin beklediği çeşitli GO terimlerini (Ek Tablo S2) döndürdü. 3p.AtFBP113 protein ubiquitination gibi biyolojik süreçlerde yer alır. Moleküler düzeyde, 3p.AtFBP113 protein bağlanmasında yer aldığı tahmin edilirken, hücresel düzeyde proteazom çekirdek kompleksinin bir parçası olması beklenir.

Anlamak için 3p.AtFBP113 hücresel ortamda iyi organize edilmiş bir biyolojik ağ bağlamında işlev gören STRING veritabanı, 3p.AtFBP113 proteininin etkileşimli ortaklarını tahmin etmek için kullanıldı. Bununla birlikte, kesme değeri 0.04 ile güvenilir etkileşimli protein ortakları elde edemedik. Daha sonra, İfade Angler kullanarak benzer ifade modellerine sahip yaklaşık 24 gen elde ettik. 3p.AtFBP113 mikrogametogenez sürecinde (Şekil 9). TAIR veritabanı, gen fonksiyonlarının açıklaması için arandı. Güçlü benzer ekspresyon modelleri gösteren, yani Pearson korelasyon katsayısı ≥ 0.7 olan genler, esas olarak protein fosforilasyonu, hücre bölünmesi, taşınması, protein ubiquitination ve protein bağlanması ile ilgili olanlardır (Ek Tablo S3).

Şekil 9. Birlikte ifade edilen genlerin ısı haritası 3p.AtFBP113 dokuya özgü bir şekilde. Parça (A) Şekilde, aday gen ile birlikte eksprese edilen genlerin lokal ekspresyon paternleri gösterilmektedir. 3p.AtFBP113 (At3g49450) mikrogametogenezin farklı gelişim aşamaları sırasında bir ısı haritası şeklinde. (B) Mikrogametogenezin son aşaması sırasında bir genin güçlü diferansiyel ekspresyonunu gösteren gen ekspresyonunun global görünümünü gösterir. Renk göstergesi, ifade seviyelerini kat değişimi şeklinde gösterir; burada kırmızı maksimum değişimi ve sarı minimum değişimi temsil eder. (C) ifadesini tasvir eder 3p.AtFBP113 sadece mikrogametogenezin farklı gelişim aşamalarında. Gen ekspresyonu, erken evrelerde düşüktür, ancak kat değişiminin renk efsanesinde gösterildiği gibi, üremenin sonraki aşamalarında yüksek bir seviyeye ulaşır.

3p.AtFBP113'ün İkincil ve Üçüncül Yapıları

3p.AtFBP113'ün ikincil ve üçüncül yapılarının, yapısal özellikleri ve işlevi hakkında bilgi edinmesi öngörülmüştür. PSIPRED sonuçları, 3p.AtFBP113 dizisine β kıvrımlı levha ve bobinlerin ve ardından α sarmallarının hakim olduğunu gösterdi (Şekil 10). Homoloji modellemesi için PDB kütüphanesinde uygun homolog protein 3D yapısı bulamadığımız için I-TASSER ve Robetta sunucularını kullanarak 3D yapılar oluşturduk. I-TASSER çıktısı, -4 ile -2 arasında değişen farklı C puanlarına sahip 5 model üretti ve yüksek güveni yansıtan en yüksek C puanına sahip model nihai model olarak seçildi. Robetta sunucusu karşılaştırmalı modelleme kullandı ve ayrıca aralarından en iyi modelin seçildiği 5 model oluşturdu. YASARA enerji minimizasyon sunucusuyla yapılan iyileştirme, düşük enerjili ve yüksek Z değerlerine sahip modelleri geri getirdi. Daha sonra, I-TASSER ve Robetta modellerinin ProSA web sunucusuyla doğrulanması, proteinlerin deneysel olarak belirlenmiş 3B yapıları aralığında Z puanları verdi ve bunların genel kalitesini gösterdi (Şekil 11A,B). PDBsum modülü PROCHECK tarafından oluşturulan Ramachandran grafiklerinin analizi, I-TASSER ve Robetta tarafından oluşturulan modeller için, artık phi (Φ) ve psi (Ψ) bağlarının konformasyonlarının %94,3 ve %97,7'sinin en çok tercih edilenlerde bulunduğunu ortaya koydu. bölgeler ve ayrıca izin verilen bölgeler, böylece 3p.AtFBP113 3D modellerinin iyi kalitesini gösterir (Şekil 11C,D). SAVES v5.0 aracının ERRAT modülü, I-TASSER protein modelinin genel kalite faktörünün 87.9, Robetta modelininki ise 84.6 olduğunu gösterdi. Bu nedenle, kullanılan tüm doğrulama araçları, öngörülen 3B modelin iyi kalitesini önerdi. Son olarak, 3D modellerin PyMol ile görselleştirilmesi, 3p.AtFBP113 protein dizisinde iki tip alanın varlığını gösterdi (Şekil 12).

Şekil 10. 3p.AtFBP113 proteininin tahmin edilen ikincil yapısı. 3p.AtFBP113'ün ikincil yapısı, β-ipliklerinin (sarı silindirler) en bol bulunan ikincil yapısal elemanlar olduğunu ve bunu α-helislerinin (pembe silindirler) izlediğini göstermektedir. Ayrıca, 3p.AtFBP113'ün ikincil yapısında bobinler (gri çizgiler) de bol miktarda bulunur.

Şekil 11. I-TASSER ve Robetta'nın doğrulaması, 3p.AtFBP113 protein 3D modellerini oluşturdu. Kısmen arsa (A) I-TASSER tarafından oluşturulan 3D model için Z-skorunu gösterirken, (B) Robetta sunucusu tarafından geliştirilen model için. Grafikler, deneysel olarak belirlenmiş protein yapıları aralığında Z puanlarının mevcudiyeti nedeniyle modellerin genel kalitesinin iyi olduğunu göstermektedir. Parça (C) Şekildeki resim, I-TASSER tarafından oluşturulan 3B yapının phi (Φ) ve psi (Ψ) bağlarını gösterir; burada artıkların toplam % 97.4'ü phi (Φ) ve psi (Ψ) bağlarıdır. ya en uygun olan ya da izin verilen konformasyonda, %2,6 kalıntı ise aykırı değerlerdir. (NS) Robetta tarafından oluşturulan 3B modelin Ramachandran grafiğini gösterir. Grafik, en çok tercih edilen, ek olarak izin verilen ve cömertçe izin verilen bölgelerin kalıntının %98'ine sahip olduğunu ve kalıntıların %2'sinin allosterik engellere sahip olduğunu ve aykırı değerler olduğunu göstermektedir.

Şekil 12. İki farklı modelleme sunucusu tarafından üretilen 3p.AtFBP113 proteininin üçüncül yapıları. (A) I-TASSER tarafından oluşturulan üçüncül yapının tamamının bir şerit diyagramı olarak şematik gösterimi. (B) Robetta yazılımı tarafından oluşturulan 3B yapının şerit diyagramı. Her iki üçüncül yapıda da, β kıvrımlı kılıflar macenta rengiyle gösterilir ve camgöbeği rengi α sarmallarını tanımlarken, bobinler (açık kırmızı) protein kısmının geri kalanını oluşturur. α-helisleri, N-terminal bölgesindeki F-box alanını oluştururken, immünoglobulin benzeri kat oluşturan iki antiparalel β-kıvrımlı kılıf, C-terminal FBA alanını oluşturur.


Mikrobiyolojide Tür Kavramı

Bakteri ve arke türlerinin sayısı, erken evrimlerine, genetik ve ekolojik çeşitliliklerine rağmen şaşırtıcı derecede azdır.

Öğrenme hedefleri

Çok fazlı türler kavramını açıklayın

Önemli Çıkarımlar

Anahtar noktaları

  • Bakteriler ve makro organizmalar arasındaki tür kavramlarındaki farklılıklar, saf kültürde yetiştirme / karakterize etme zorlukları (yeni türlerin adlandırılması için ön koşul, yukarıda video) ve türlerin ayrımını bulanıklaştıran kapsamlı yatay gen transferi farklılaşmayı zorlaştırır.
  • En yaygın olarak kabul edilen tanım, çok fazlı türler hem fenotipik hem de genetik farklılıkları hesaba katan tanım.
  • Daha hızlı bir tanı eşiği, türleri %70'den az DNA-DNA hibridizasyonu olarak ayırmaktır, bu da %97'den daha az 16S DNA dizi özdeşliğine karşılık gelir.

Anahtar terimler

  • bakteri: Bakteriler, prokaryotik mikroorganizmaların geniş bir alanını oluşturur. Tipik olarak birkaç mikrometre uzunluğunda olan bakteriler, kürelerden çubuklara ve spirallere kadar geniş bir şekil yelpazesine sahiptir. Bakteriler, Dünya'da ortaya çıkan ilk yaşam formları arasındaydı ve gezegendeki çoğu habitatta mevcuttu.
  • Türler: Biyolojide tür, biyolojik sınıflandırmanın ve taksonomik sıralamanın temel birimlerinden biridir. Bir tür genellikle, kendi aralarında çiftleşebilen ve verimli yavrular üretebilen bir organizma grubu olarak tanımlanır.
  • DNA hibridizasyonu: Hibridizasyon, iki veya daha fazla tamamlayıcı nükleik asit dizisi arasında, iki zincir durumunda bir dupleks olarak adlandırılan tek bir kompleks halinde, kovalent olmayan, diziye özgü bir etkileşim kurma işlemidir. Oligonükleotitler, DNA veya RNA, normal koşullar altında tamamlayıcılarına bağlanacaktır, bu nedenle iki mükemmel tamamlayıcı iplik birbirine kolayca bağlanacaktır.

biyolojik sınıflandırma: Biyolojik sınıflandırmanın sekiz ana taksonomik sıralamasının hiyerarşisi. Bir cins bir veya daha fazla tür içerir. Orta dereceli küçük sıralamalar gösterilmez.

Türleri Aseksüel Bağlamda Yargılamak

Bakteriler eşeysiz olarak bölünürler ve çoğunlukla bölgeselcilik göstermezler. Başka bir deyişle, “Her şey her yerdedir. Buna göre, hayvanlar için en iyi olan tür kavramı, tamamen bir yargı meselesi haline gelir.

Yaklaşık 5000 bakteri ve arke türü, nispeten erken evrimleri, genetik çeşitlilikleri ve Dünya'daki tüm ekosistemlerde yaşama yetenekleri göz önüne alındığında şaşırtıcı derecede küçük bir sayıdır. Bu sayısal özelliğin nedeni, bakteri ve makro organizmalar arasındaki tür kavramlarındaki farklılıklarda ve saf kültürde büyüme ve karakterize etmedeki zorluklarda (yeni türler adlandırmak için bir ön koşul) yatmaktadır. yukarıda video). Ek olarak, mikroorganizmalar arasındaki geniş miktarda yatay gen aktarımı, mikroorganizmalar arasındaki türler arasındaki ayrımların bulanıklaşmasına neden olur.

En yaygın olarak kabul edilen tanım, çok fazlı türler Hem fenotipik hem de genetik farklılıkları hesaba katan tanım. Bununla birlikte, türleri ayırmak için daha hızlı bir tanısal geçici eşik, %70'ten daha az DNA-DNA hibridizasyonudur ve bu, %97'den daha az 16S DNA dizi özdeşliğine karşılık gelir. Bu, hayvan sınıflandırmasına uygulansaydı, Primatların düzeninin tek bir tür olarak kabul edileceği kaydedildi.

Uluslararası Sistematik Bakteriyoloji Dergisi/Uluslararası Sistematik ve Evrimsel Mikrobiyoloji Dergisi (IJSB/IJSEM), yeni prokaryotik taksonların yayınlanması için resmi uluslararası forum görevi gören hakemli bir dergidir. Bir tür farklı bir hakemli dergide yayınlanmışsa, yazar uygun açıklama ile IJSEM'e bir talep gönderebilir. Bilgiler doğruysa, yeni türler IJSEM Validasyon Listesinde yer alacaktır.


16.4 Krallıklar ve Etki Alanları

Linnaeus'tan çok önce, bitkiler ve hayvanlar ayrı Krallıklar olarak kabul edildi. Linnaeus bunu en üst sıra olarak kullandı ve fiziksel dünyayı bitki, hayvan ve mineral krallıklarına böldü. Mikroskopideki gelişmeler mikroorganizmaların sınıflandırılmasını mümkün kıldı, krallıkların sayısı arttı, en yaygın olanları beş ve altı krallık sistemleriydi.

Carl Linnaeus 1735'te sıra tabanlı adlandırma sistemini biyolojiye tanıttığında, en yüksek sıraya "krallık" adı verildi ve onu diğer dört ana veya ana sıra izledi: sınıf, düzen, cins ve türler. Daha sonra, krallık, filum veya bölünme, sınıf, düzen, aile, cins ve tür dizisini oluşturan iki ana sıra daha tanıtıldı. 1990'da, alan rütbesi krallığın üstüne getirildi.

Ön ekler eklenebilir, böylece alt krallık (subregnum) ve infrakingdom (infraregnum olarak da bilinir) krallığın hemen altındaki iki sıra olur. Süper krallık, alan veya imparatorluğun bir eşdeğeri veya krallık ile alan veya alt alan arasında bağımsız bir rütbe olarak düşünülebilir. Bazı sınıflandırma sistemlerinde ek rütbe dalı (Latince: ramus), alt krallık ve alt krallık arasına yerleştirilebilir, örneğin Cavalier-Smith sınıflandırmasında Protostomia ve Deuterostomia.

Modern kladistiğe dayanan bazı yeni sınıflandırmalar, geleneksel krallıkların monofiletik olmadığına, yani ortak bir atadan gelen tüm torunlardan oluşmadığına dikkat çekerek “krallık” terimini açıkça terk etmiştir.

Geleneğe göre, türlerin iki terimli adları genellikle italik olarak dizilir, örneğin, homo sapiens. Genel olarak, iki terimli normal metinde kullanılandan farklı bir yazı tipi stilinde yazdırılmalıdır, örneğin, "Birkaç tane daha homo sapiens fosiller keşfedildi.” Elle yazıldığında, bir binom adının altı çizilmelidir, örneğin, homo sapiens.

İki terimlinin ilk kısmı olan cins adı her zaman ilk büyük harfle yazılır. Mevcut kullanımda ikinci kısım hiçbir zaman ilk büyük harfle yazılmaz. Daha eski kaynaklar, özellikle 1950'lerden önce yayınlanan botanik eserler, farklı bir kural kullanır. Adın ikinci kısmı özel bir addan türetilmişse, örn. bir kişinin veya yerin adı, büyük harf kullanıldı. Böylece Berberis darwinii'nin modern formu Berberis Darwinii olarak yazılmıştır. İsim, apozisyondaki iki isimle oluşturulduğunda da bir büyük harf kullanıldı, örn. panter aslan veya Centaurea Camgöbeği.

Ortak bir adla kullanıldığında, bilimsel ad genellikle parantez içinde gelir, ancak bu yayına göre değişir. Örneğin, “Ev serçesi (yoldan geçen yerli) Avrupa'da azalıyor.”

Binom adı genellikle tam olarak yazılmalıdır. Bunun istisnası, aynı cinse ait birkaç türün aynı yazıda veya raporda listelenmesi veya tartışılması veya aynı türden tekrar tekrar bahsedilmesidir; bu durumda cins ilk kullanıldığında tam olarak yazılır, ancak daha sonra olabilir. bir başlangıç ​​(ve nokta/tam nokta) olarak kısaltılır. Örneğin, Canis cinsinin üyelerinin listesi “Canis lupus, C. aureus, C. simensis” şeklinde yazılabilir. Nadir durumlarda, bu kısaltılmış form daha genel kullanıma yayılmıştır, örneğin, Escherichia coli bakterisine genellikle sadece E. coli olarak atıfta bulunulur ve Tyrannosaurus rex, belki daha da iyi bir şekilde T. rex olarak bilinir, bu ikisi çoğu zaman bir arada görülür. Bu form, tam cins adı henüz verilmemiş olsa bile popüler yazılarda.

16.4.1 Üç Alanlı Sistem

Üç alanlı sistem, ilk olarak 1977'de Carl Woese tarafından önerilen ve hücresel yaşam formlarını Archaea, Bacteria ve Eukaryota olarak ayıran biyolojik bir sınıflandırmadır. Daha önceki sınıflandırmalardan temel fark, daha önce tek bir Bakteri krallığı (bazen Monera olarak da adlandırılan bir krallık) halinde gruplandırılmış olan arke ve bakterilerin bölünmesidir.

Üç alanlı sistem, daha önce kullanılan beş veya altı krallık sistemlerinde bulunan krallıkların “üstünde” bir sınıflandırma düzeyi (alanlar) ekler. Bu sınıflandırma sistemi, iki prokaryotik grup arasındaki temel ayrımı tanır, çünkü Archaea, diğer prokaryotlara göre Ökaryotlarla daha yakından ilişkili görünmektedir - hücre çekirdeği olmayan bakteri benzeri organizmalar. Mevcut sistem, daha önce bilinen krallıkları şu üç alana ayırır: Archaea, Bacteria ve Eukarya.

Woese, 16S rRNA genlerindeki farklılıklar temelinde, bakteri, arke ve ökaryotların her birinin, genellikle bir progenot olarak adlandırılan, zayıf gelişmiş genetik mekanizmaya sahip bir atadan ayrı olarak ortaya çıktığını savundu. Bu birincil soy çizgilerini yansıtmak için, her birini birkaç farklı krallığa bölünmüş bir alan olarak ele aldı. Başlangıçta prokaryotları bölünmesi Eubacteria (şimdi Bakteriler) ve Arkebakteriler (şimdi Archaea) idi. Woese başlangıçta üç ana filogenik gruba atıfta bulunmak için "krallık" terimini kullandı ve bu adlandırma 1990'da "alan" terimi kabul edilene kadar yaygın olarak kullanıldı.

Woese'nin filogenetik olarak geçerli sınıflandırmasının geçerliliğinin kabul edilmesi yavaş bir süreçti. Salvador Luria ve Ernst Mayr gibi önde gelen biyologlar onun prokaryotlara bölünmesine itiraz ettiler. Ona yönelik tüm eleştiriler bilimsel düzeyle sınırlı değildi. On yıllık emek-yoğun oligonükleotid kataloglaması, ona “bir deli” olarak ün kazandırdı ve Woese, Science dergisinde yayınlanan bir haber makalesi tarafından “Mikrobiyolojinin Yaralı Devrimcisi” olarak adlandırılmaya devam edecekti. Artan miktarda destekleyici veri, bilim topluluğunun 1980'lerin ortalarında Archaea'yı kabul etmesine yol açtı. Bugün, birkaç bilim adamı birleşik bir Prokarya fikrine tutunuyor.


Bilimsel İsimlendirme

İtalikler, familya düzeyinde ve altındaki bakteriyel ve viral taksonlar için kullanılır. Tüm bakteriyel ve birçok viral gen italik olarak yazılmıştır. serovarları Salmonella enterika italik değildir.

Bakteri, mantar ve virüs dışındaki organizmalar için cins seviyesinin üzerindeki taksonların (aileler, takımlar vb.) bilimsel isimleri roma tipinde olmalıdır.

Restriksiyon endonükleazlarının kısaltmaları, izole edildikleri organizmanın (genellikle bakteri) adından türetildiği için, italik yazılmalıdır.

smaizole edildim Serratia marcescens.

tak PCR'lerde kullanılan polimeraz izole edildi. termos aquaticus.

Virüs adlarında cins ve türler için italik kullanın.

Tekil olarak kullanıldığında türü, çeşidi veya alt türü ve cinsi italik yazın. Çoğul olarak kullanıldığında cins adını italik veya büyük harfle yazmayın.

Listeria monocytogenes NS

&helliplisteria, salmonella mikobakterileridir

cins Salmonella sadece 2 türden oluşur: S. enterika (6 alt türe ayrılmıştır) ve S. bongori. EID'de karşılaşılan çoğu salmonella, aşağıdakilere ait serotipler (serovarlar) olacaktır. S. enterika. Cinsi ve türleri italik yazı tipiyle yazın, ardından başlangıçta Roma dilindeki sınırlı serotip (örn. Salmonella enterika serotip Paratyphi). Cins kısaltması &ldquoS.&rdquo asla tür adı olmadan kullanılmamalıdır

Doğru: S. enterika serovar Typhimurium

Doğru: S. enterikbir ser. Typhimurium

Yanlış: Salmonella Typhimurium

Diğer alt türlere ait serotipler, alt tür adlarından sonra gelen antijenik formülleriyle belirtilir (örn. S. enterika alttür diarizonae 60:k:z veya S. IIIb 60:k:z).

1 cinsle ilgili bir makale için yazar, yeni türler tanıtmak için kısaltma kullanabilir.

Biz çalıştık Pseudomonas aeruginosa, P. putida, P. fluorescens, ve P. denitrificans.

Her biri farklı bir kısaltmaya sahip birden fazla cins hakkında bir makale için yazar, yeni türler tanıtmak için kısaltma kullanabilir.

Biz çalıştık Pseudomonas aeruginosa, Streptococcus pyogenes, P. putida, ve S. felis.

Bazıları aynı kısaltmaya sahip birden fazla cins hakkında bir makale için, yeni türlerin ilk sözünü yazın. Daha sonra kısaltın.

arasındaki ilişkiyi inceledik. tripanosoma cruzi ve triatoma istilası.

arasındaki ilişkiyi bulduk. T. infestans ve T. cruzi olmak.

Aynı cinsin birkaç türü ile ilgili bir makale için, cins sadece başlıkta ve ilk kullanımda özet, metin, tablo ve şekillerde yazılmalıdır. Daha sonra diğer türler için kısaltılabilir.

Biz çalıştık Pseudomonas aeruginosa, P. putida, ve P. floresan.

Ancak, bir makalede >1 cinsi aynı harfle başlıyorsa, yeni bir türle ilk kez kullanıldığında cins adının tamamı yazılmalıdır. Bir türden daha sonra bahsedildiğinde, cins kısaltılabilir.

Keneler keşfedildi Canis lupus, Canis latrans, serdocyon bin, ve Krizosyon brachyurus, ancak C. lupus en fazla sayıda kene ev sahipliği yaptı.

Bakteri

Aileyi, cinsi, türü ve çeşidi veya alt türleri italik yazın. Aile ve cinse büyük harfle başlayın. Krallık, şube, sınıf, sıra ve alt sıra büyük harfle başlar ancak italik yazılmaz. Bir organizma için jenerik çoğul varsa (bkz. Dorland&rsquos), ne büyük harfle ne de italik olarak yazılır.

aile Mikobakterigiller, Actinomycetales sipariş edin

İkili cins-tür kombinasyonları her zaman tekil olarak kullanılır. Tek başına kullanılan cins (büyük harfle ve italik olarak) genellikle tekil olarak kullanılır, ancak o cins içindeki tüm türlere atıfta bulunuyorsa çoğul olarak (italik değil) kullanılabilir.

Salmonellalar her yerde bulunur

MRSA izolatları için boşluk kullanmayın.

Mantarlar

Koksidiyoidomikozdan söz ederken Valley Fever değil, Valley Fever kullanın. &ldquofever&rdquo'da küçük harfli &ldquof&rdquo kullanımı, Bulaşıcı Hastalıklar Kılavuzundaki kullanımla ve Rift Valley ateşi için AMA stiliyle tutarlıdır.

Genler

Gen tanımlamaları genellikle italik yazılır; bu, yazarın bir gene mi yoksa bir genle karıştırılabilecek başka bir varlığa mı atıfta bulunduğunu netleştirmeye yardımcı olur. Genlerin stili organizmaya göre değişir.

için kısaltmaları tasvir tarzı üzerinde gerçek bir fikir birliği yoktur. Plazmodyum genler, ancak gen olarak adlandırıldıklarında, protein olarak adlandırıldıklarında italik yazılırlar, değildirler. Stil, belirli dergiye daha fazla bağımlıdır. Moleküler mikrobiyolojide gen ve tür kısaltması, yani pf, italik yazılır ve terimin tamamı küçük harfle yazılır pfmdr1, pfatp6, pvdhfr. Bu özel gen The Lancet'te şu şekilde sunuldu: PfATPase6. Ana fikir, el yazması boyunca tutarlı olmaktır.

Kısaltmalar Plazmodyum genler, bir gene atıfta bulunulduğunda italik yazılır. Bir proteinden bahsederken italik yazılmazlar.

Birçok virüs gen adı italik olarak yazılır ve geleneksel olarak 3 harf, küçük harftir, ancak bazıları büyük harfle yazılacaktır, roma. Bu tür genleri adlandırmak için kesin kurallar yoktur ve bunların çeşitli şekillerde tanımlandığını göreceksiniz.

Bakteri gen isimleri her zaman italik olarak yazılır.

Mantar gen adları genellikle virüs gen adlarıyla aynı şekilde ele alınır (yani, italik 3 harf, küçük harf). Bir multigen ailesi ile sayısal bir gösterim dahildir. Aynı genin farklı alelleri not edildiğinde, terminoloji bir üst simgeye izin verir.

Mitokondriyal genler, 3 veya 4 harfli gene, küçük harfle yazılabilen veya olmayabilen bir &ldquomt&rdquo ön eki ekler. İlaç hedef genlerinin tümü kapalıdır, italik yoktur.

xyz1 (aynı genin farklı alelleri)

mtLSU (mitokondriyal genler)

DHPS ve DHFR (ilaç hedef genleri)

Kolera toksin geni ctx, kolera toksin geni alt birimi A ctxA olarak yazılır.

Ekleme dizileri &ldquoIS&rdquo artı italik bir sayı (IS6110).

İnsan gen adlarının tümü büyük harfle ve italik olarak yazılmıştır. İdeal olarak 6 karakterden uzun olmayan, tümü büyük Latin harfleri veya büyük harflerle Arapça sayıların bir kombinasyonu olabilir. İlk karakter her zaman bir harftir. Alt simge, üst simge, romen rakamları veya Yunan harfleri kullanılmaz.

İnsanlar ve fareler için benzer gen isimleri mevcut olabilir. Örneğin, AMA Manual of Style aşağıdaki genleri listeler:

CD5 antijeni: Cd5 (fareler) ve CD5 (insanlar)

İnsan gen adlarının bir listesi http://www.genenames.org/guidelines.html adresinde mevcuttur.

Proteinler

İnsanlar da dahil olmak üzere bitkileri ve hayvanları oluşturan amino asit kombinasyonları olan proteinler, genellikle bir gen ile aynı ada sahiptir, ancak italikleştirilmez ve her zaman büyük harfle başlar. Örneğin, dış yüzey proteinlerinden 1 tanesi Borrelia burgdorferi dış yüzey proteini A olarak adlandırılır. operasyonA (gen) ve protein OspA'dır.

Proteinlerin genellikle ortak isimleri vardır (örneğin, &beta-galaktosidaz, proteinlerin gen ürünüdür). lakZ).

Proteinler ve genler arasındaki fark nasıl anlaşılır? Bir terim aşağıdaki kelimelerden biri ile birleştirilirse, muhtemelen bir geni tanımlamaktadır:

Promoter (örneğin, P2 core promotörü [myc geninin]) promotörleri, proteinlerin değil, genlerin parçalarıdır.

Terminatör, operatör, zayıflatıcı siteler

Terim aşağıdaki kelimelerden biriyle birleştirilirse, muhtemelen bir proteini tanımlamaktadır.

Repress&mdasha proteini bastırır, bir gen bastırmaz.

Tepki ver&mdasha proteini tepki verir, bir gen tepki vermez

Yükseltilmiş ____ seviyeleri [Yazarlar için yaygın bir kullanım hatası, &ldquoelevated myc&rdquo şu anlama geldiklerinde yazmalarıdır: &ldquoelevated level of myc&rdquo]

MMR'yi italik hale getirmek, başka bir yaygın kullanım hatasıdır. &ldquomismatch Repair&rdquo anlamına gelen bu terim asla bir gen değildir, sadece bir sürecin kısaltmasıdır. Ancak &ldquoFarelerin bir dizi MMR geninde spesifik değişiklikler geliştirildiğini görebilirsiniz&hellip&rdquo

Kısıtlama enzimleri

Kısıtlama enzimleri, izole edildikleri bakterinin 3 harfli bir gösterimi, artı tek harfli bir suş gösterimi (gerektiği gibi) ve tanımlanma sırasını gösteren bir romen rakamı ile tanımlanır. 3 harfli bakteri tanımı büyük harfle başlamalı ve italik olarak yazılmalı ve enzim adının geri kalanı roman olarak ayarlanmalıdır.

Virüsler

Virüs Adlarıyla İtalik Kullanım

Bir virüs bir tür değildir, bir virüs bir türe aittir. Taksonomik anlamda kullanıldığında bir virüsün türünü, cinsini ve ailesini italik yazın. Bununla birlikte, bir virüsün, özellikle de dang humması veya çocuk felci gibi iyi bilinen birinin sınıflandırmasından bahsetmemenin iyi olduğunu unutmayın.

Genel olarak kullanıldığında bir virüs adını italik yazmayın. Bir virüs adını büyük harfle yazarsanız (büyük harfle yazabilmeniz için içinde özel bir ad bulunan dışında), italik yazmanız gerekir.

sığır kobuvirüsleri, bir kobuvirüs, kobuvirüsler, ancak Kobuvirüs spp.

Batı Nil virüsünün varlığı sivrisineklerde ve ölü kargalarda doğrulandı. (AMA Stil Kılavuzu, s. 758).

Batı Nil virüsünün (WNV) salgın bulaşması ve hızlandırılmış hava uygulaması.

türler Batı Nil Virüsü cinsinin bir üyesidir Flavivirüs.

Aile Bunyaviridae, cins Flebovirüs, türler Rift Vadisi humması virüsü

Son zamanlarda dikkatler Toscana virüsüne çekildi (aile Bunyaviridae, cins Flebovirüs, türler Tatarcık ateşi Napoli virüsü) ülkelerde&hellip

Kısaltmalar Virüs adlarıyla birlikte kullanın

Bir virüs için bir kısaltma (örneğin, Batı Nil virüsü için WNV) tanımlandıktan sonra kullanılmasına izin verilir. Ancak, bir türü kısaltmayın (Batı Nil virüsü türleri dahil).Kısacası, italik yazarsanız, bir kısaltma kullanmayın.

Doğru: Batı Nil virüsü (WNV ailesi Flaviviridae, cins Flavivirüs) insanlara bulaşır [burada virüs bulaşıyor, tür adı değil, bu nedenle Batı Nil virüsü roman tipi ve kısaltılmış olabilir].

Yunanca bir harfle başlayan virüsler için, onu yazın ve harf ile kelimenin geri kalanı arasındaki boşluğu kapatın.

İçin insan koronavirüsü, hCoV kısaltmasını kullanın. Adlı bir cins/tür olduğunu unutmayın. İnsan koronavirüsüolarak kısaltılmalıdır. H. koronavirüshCoV değil.

İçin numaralı ekovirüsler (örneğin, echovirus 13), aşağıdaki formatı kullanın: E13 (EV kullanmayın)

İçin hepatit E virüsü, HEV kısaltmasını kullanın.

için büyük H kullanın insan virüsü kısaltmaları (örn., HMPV, hMPV değil), yazar veya emsal tarafından aksi belirtilmedikçe (yukarıdaki insan koronavirüsüne bakın).

İçin insan enterovirüsü, insan EV'sini kullanın, HEV'yi değil. Numaralandırılmış enterovirüsler için aşağıdaki formatı kullanın: EV75.

İnfluenza virüsü için ayrı bölüme bakın (yani, aşağıdaki Batı Nil virüsünden sonra).

İçin poliomavirüsler, aşağıdakileri kullanın:

KI polyomavirüsleri için KIPyV (önceden Karolinska Institute polyomavirus olarak biliniyordu)

Merkel hücreli polioma virüsü için MCV değil MCPyV ve

WU polyomavirüsleri için WUPyV (eski adıyla Washington University polyomavirus).

İçin Batı Nil Virüsü, kullanmak BNV.

Grip

18 Ekim 2011'de DSÖ, pandemik A(H1N1)2009 virüsünün terminolojisinin standardizasyonu için yönergeler yayınladı (bkz. http://www.who.int/influenza/gisrs_laboratory/terminology_ah1n1pdm09/en/index.html). Kılavuzlar, kafa karışıklığını en aza indirmeyi ve pandemik virüsü, pandemik A(H1N1)2009 virüsünden önce insanlarda dolaşan eski mevsimsel A (H1N1) virüslerinden ayırmayı amaçlamaktadır. DSÖ yönergeleriyle uyumlu olarak, EID pandemik A(H1N1)2009 virüsü için aşağıdaki terminolojiyi kullanacaktır:

influenza A(H1N1)pdm09 virüsü

İlk olarak &ldquoinfluenza sözcüğü de dahil olmak üzere virüs adının ilk kez zikredilmesinden sonra, &ldquoA(H1N1)pdm09&rdquo kullanmak yeterlidir, ancak, isme uygun şekilde &ldquovirus,&rdquoenfeksiyon,&rdquo veya ldquooutbreak&rdquo eklenmelidir. Terim sık sık geçiyorsa, &ldquopH1N1&rdquo kısaltması kullanılabilir.

EID tarafından kullanılan diğer influenza virüsü terminolojisine örnekler:

kuş gribi A(H7N9) virüsü

kuş gribi A(H5N1) virüsü

Yukarıda influenza A(H1N1)pdm09 virüsü için belirtildiği gibi, diğer influenza virüsü adları, &ldquoinfluenza&rdquo kelimesini içeren bir ilk sözden sonra kısaltılabilir, ancak uygun olduğu şekilde &ldquovirus,&rdquoenfeksiyon,&rdquo veya &ldquooutbreak&rdquo kelimesi eklenmelidir. isim. Örnekler: A(H7N9) virüsü, A(H7N9) enfeksiyonu, A(H7N9) salgını.

H ve N alt türü, &ldquoinfluenza&rdquo'dan sonra geldiğinde her zaman parantez içinde olmalıdır:

influenza virüsü A (H5N1) (&ldquoinfluenza virüsü A alt tipi H5N1&rdquo için)

A (H3N2)v (&ldquovariant influenza A (H3N2) için&rdquo)

Tek başına kullanıldıklarında, alt türlerin parantez içine alınması gerekmez, ancak &ldquosubtype&rdquo kelimesinin eşlik etmesi gerekir.

H5N1&hellip gibi farklı alt tipler

Not: H5N1 ne bir virüs ne de bir hastalıktır, yalnızca influenza virüsü tip A'nın bir alt tip tanımıdır. Makalenin ilerleyen kısımlarında herhangi bir şey bırakmak isterseniz, alt tip tanımını atlayabilirsiniz. Sadece 1 virüs inceleniyorsa, Yöntemler'de influenza virüsünün influenza virüsü A alt tipi H5N1 anlamına geldiğini söyleyebilir ve alt tipi bundan sonra dışarıda bırakabilirsiniz.

Grip virüsü (H5N1) yüksek veya düşük patojeniteye sahip olabilir. Başlıkta "yüksek derecede patojenik" ifadesinin yer alması gereksiz değildir.

Birkaç uluslararası kuruluş tarafından benimsenen bu virüs isimlendirme stili hakkında bilgi için, bkz. Uluslararası Virüslerin Taksonomisi Komitesi.

İnfluenza virüsü izolatları için, virüs alt tipini dahil edin, menşei tam olarak yazın (insan ise atlayın), izolasyon bölgesini ve suş numarasını ekleyin ve virüs 2000 veya sonrasında izole edilmişse 4 basamaklı yılı kullanın. 1900'lerde izole edilen virüsler için 2 basamaklı yılı kullanın.

İzole adlarda konakçının cinsini ve türlerini italik yazın.

İnfluenza virüslerinin tanımı için resmi isimlendirme, Dünya Sağlık Örgütü (WHO) tarafından revize edilmiş ve yayınlanmıştır. (WHO. İnfluenza virüsleri için isimlendirme sisteminin bir revizyonu: bir WHO memorandumu. Bull.World Health Organ. 198058585&ndash9). Tam ve doğru isimlendirme, virüsün tipini (A, B veya C), menşe konakçıyı (insan hariç), izolasyonun coğrafi bölgesini, suş numarasını, izolasyon yılını (virüsler için 4 basamaklı yıl) içerir. 2000 veya daha sonraki yıllarda 1900'lerde izole edilen virüsler için 2 basamaklı yıl) ve alt tip (16 olası H ve 9 olası N alt tipi).

Bu nedenle, 1995 yılında Memphis Tennessee'deki bir Yeşilbaş ördeğinden 123 soy numarası ve bir H5N1 alt tipi ile izole edilen bir A tipi virüs belirlenir:

Grip A/yeşilbaş/Memphis/123/95 (H5N1).

Site, PR (Porto Riko) ve FM'nin (Fort Monmouth) iyi bilindiği ve yazılı olmadığı aşağıdaki gibi, insan virüslerinde kısaltılabilir.

Kullanılan influenza virüsleri A/PR/8/34 (H1N1), A/FM/1/47 (H1N1) ve
A/Tayland/SP-83/2004 (H5N1).

Düşük patojeniteye sahip kuş gribi virüslerinden bahsederken, &ldquodüşük patojeniteli kuş gribi&rdquodüşük patojenik kuş gribi değil&rdquo terimini kullanın. 3 veya daha fazla kez kullanılırsa, terim LPAI olarak kısaltılabilir.

Yüksek patojeniteye sahip kuş gribi virüslerinden bahsederken, &ldquoyüksek patojeniteli kuş gribi&rdquo değil, &ldquoyüksek patojeniteli kuş gribi&rdquo terimini kullanın.&rdquo &ge3 kez kullanılırsa, terim HPAI olarak kısaltılabilir.


İçindekiler

Homolog özellikler, ortak atadan kaynaklanan benzerliklerdir. Benzer özelliklerden farklıdırlar. Örneğin, kuşların ve yarasaların her ikisinin de uçma gücü vardır, ancak bu, ortak bir atadan miras alınmadığı için onları bir arada sınıflandırmak için kullanılmaz.

Aralarındaki diğer tüm farklılıklara rağmen, yarasaların ve balinaların yavrularını sütle beslemeleri, ortak bir atadan miras kaldıkları için her ikisini de memeli olarak sınıflandırmak için kullanılan özelliklerden biridir.

Canlıları adlandırmanın mevcut sistemi geliştirildiğinde, Latince dünya çapında en yaygın kullanılan dildi. Yani, bu tür isimler hala Latince'de. Latince'deki yeni taksonların resmi tanımları ve teşhisleri de Latince'de yazılmıştır ve yazılmıştır. Zoolog, hayvanların tanımlanması için herhangi bir dile izin verir. 1 Ocak 2012'den itibaren yeni alg, mantar ve bitki taksonları İngilizce veya Latince olarak tanımlanabilir. [2]

Cins seviyesinin üzerindeki taksonlara genellikle standart bir sonekle birlikte bir "tür cinsine" dayalı isimler verilir. Bu isimlerin oluşturulmasında kullanılan ekler, aşağıdaki tabloda belirtildiği gibi krallığa ve bazen filum ve sınıfa bağlıdır.


Tip örneklerine göre doğrulama ve doğrulama

Belirli bir adla belirtilen organizmanın tam olarak belirlenmesi, genellikle, adın geçerli olduğu taksonun tanımının veya tanımının salt okunmasından fazlasını gerektirir. Tanımlama yazıldığından beri bilinen yeni formlar, orijinal olarak düşünülmeyen özelliklerde farklılık gösterebilir veya daha sonra işçiler orijinal materyali inceleyerek orijinal yazarın yanlışlıkla iki veya daha fazla formu karıştırdığını keşfedebilir. Hiçbir açıklamanın tüm zamanları kapsayacağı garanti edilemez. Bir ismin kullanımının doğrulanması, orijinal örneğin incelenmesini gerektirir. Bu nedenle, açık bir şekilde belirtilmelidir.

Bir zamanlar yazarlar, Linnaeus'un sık sık yaptığı gibi, açıklamalarını bir dizi örnekten veya kısmen (veya tamamen) diğer yazarların açıklamalarından veya şekillerinden almış olabilirler. Özellikle 18. yüzyılın sonlarından kalma olanlar olmak üzere, günümüzde kullanılan belirli isimlerin geçerliliği konusundaki tartışmaların çoğu, orijinal yazarlar tarafından kullanılan malzemenin kimliğini belirlemedeki zorluktan kaynaklanmaktadır. Modern uygulamada, yeni bir tür veya alttür adı için tek tip bir numune belirlenmelidir. Tip her zaman uygun şekilde bakımının yapılabileceği ve taksonomistlerin kullanımına sunulabileceği güvenilir bir kamu kurumuna yerleştirilmelidir. Birçok mikroorganizma için tip kültürleri nitelikli kurumlarda muhafaza edilmektedir. Bununla birlikte, mikroorganizmaların kısa üretim süresi nedeniyle, aslında depolama sırasında gelişebilirler.

Farklı türdeki numunelere karmaşık bir isimlendirme uygulanır. Holotip, formun orijinal tanımlayıcısı (yalnızca bir tür veya alt tür) tarafından belirlenen ve diğer örneklerin durumunu doğrulamak isteyenler için mevcut olan tek bir örnektir. Çoğu zaman olduğu gibi, hiçbir holotip olmadığında, bir neotip seçilir ve daha sonra taksonu revize eden biri tarafından belirlenir ve neotip, holotipinkine eşdeğer bir pozisyon işgal eder. Geçerli olarak belirlenen ilk tip, diğer tüm tip numunelerine göre önceliğe sahiptir. Paratipler, holotip ile birlikte kullanılan örneklerdir, yeni bir formun orijinal tanımında, holotip ile aynı serinin (yani aynı yakın yerde ve aynı zamanda toplanmış) parçası olmalıdırlar.

Tür seviyesinin üzerindeki bir takson için, tip bir sonraki alt sıradaki taksondur. Örneğin bir cins için o bir türdür. Cins düzeyinden üst familya düzeyine kadar, tür grubu adından bir grup adının oluşturulmasına ilişkin kurallar vardır. cins Homo (insanlar) örneğin Hominidae ailesinin tür cinsidir ve kod, Hominidae geçerli bir aile ve isim olarak kabul edildiği sürece Hominidae ailesinden çıkarılmasını yasaklar. Homo taksonomik olarak geçerlidir. İçeriğinin geri kalanı ne olursa olsun, cinsi içeren aile Homo Hominidae olmalı.

Rastgele toplama bugün çok az kullanışlıdır, ancak Dünya'nın büyük bölgeleri, en azından birçok grup söz konusu olduğunda, biyolojik olarak hala çok az bilinmektedir ve uygun şekilde toplanmış ve hazırlanmış az sayıda örneğin herhangi bir kapsamlı taksonomik analizi engellediği birçok grup kalmıştır. . Yüksek omurgalılar gibi iyi çalışılmış gruplarda bile, materyali analiz etmenin yeni yöntemleri genellikle özel toplama gerektirir. Türler veya popülasyonlar içindeki varyasyonun belirlenmesi, (her zamanki gibi) uzman birçok kurumdan materyal kullanabilse bile, mevcut olandan daha fazla örneğin incelenmesini gerektirebilir. Genellikle, mevcut malzemeyi inceleyen uzmanlar tarafından halihazırda gün ışığına çıkarılan boşlukları (coğrafi aralık, jeolojik oluşumlar veya taksonomik kategorilerdeki) doldurmak için toplama yapılır. İyi bilgilendirilmiş canlı koleksiyoncusu nereye gideceğini, neyi arayacağını ve özellikle değerli veya olağanüstü herhangi bir şeyi nasıl tespit edeceğini bilir.

Gerçek toplama ve koruma teknikleri, bir organizma grubundan diğerine büyük ölçüde farklılık gösterir - toprak protozoaları, mantarlar veya çamlar, kuşlarla aynı şekilde toplanmaz veya korunmaz. Bazı hayvanlar sadece zayıf alkolde korunabilir, ancak diğerleri içinde yumuşar (çözünür). Zayıf alkolde "korunan" bazı solucanlar, kaldırıldıklarında kendi derilerinden dışarı akarlar. Taksonomide özel değere sahip karakterleri korumak için uzun deneyimlerden sonra özel yöntemler kullanılır. Bazı yöntemler numunelerin gözlemlenmesini zorlaştırır, bu durum özellikle kesit alınması veya mikroskobik gözlem için uygun preparasyonlar haline getirilmesi gereken malzeme için geçerlidir.

Taksonomik materyal toplanıp korunduktan sonra, doğru ve tam olarak etiketlenmedikçe değeri kaybolabilir. Sadece nadiren etiketlenmemiş veya herhangi bir kullanım için yetersiz etiketlenmiş malzemedir. Taksonomist normalde her örneğin (veya birçok örneğin) toplandığı yeri, genellikle habitatı (örn. orman türü, bataklık, deniz suyu türü), tarihi, toplayıcının adını ve orijinal alan numarasını bilmelidir. numuneye veya partiye verilir. Bu bilgilere koleksiyonun katalog numarası ve cinsiyeti (sahada henüz belirlenmemişse ve ilgiliyse) eklenir. Tanınmış bir uzman tarafından belirlenen örneğin bilimsel kimliği genellikle müzedeki etikete eklenir. Ayrıca numuneyi tanımlayan uzmanın adı da dahildir. Sınıflandırmanın sonraki revizyonları ve organizmanın ek bilgisi, bilimsel ismin daha sonra değiştirilmesine neden olabilir, ancak orijinal etiketler hala değiştirilmeden tutulmalıdır.

Diğer bilgiler de gerekli olabilir. Örneğin, bazı böcek gruplarının erkekleri ve dişileri görünüşte son derece farklıdır ve aynı türün erkek ve dişilerinin tanımlanması gerekebilir. Vahşi doğada gerçekten çiftleşme halinde olan bir çiftin yakalanması, erkek ve dişinin aynı türe ait olduğuna dair güçlü (ama şaşırtıcı bir şekilde, mutlak olmayan) bir belirti verir. çiftleşiyordu.