Bilgi

NCBI ve Ensembl verilerini birleştirin

NCBI ve Ensembl verilerini birleştirin



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Bu gerçekten saf bir soruysa özür dilerim, ancak bunu nasıl kolayca yapacağımı anlayamıyorum. İşte bir türün ortolog genlerini bulmak için en iyi yöntemle ilgili bir yazı.


Diyelim ki Ensembl'den indirilen bir protein hizalamam var (örneğin, bu Ensembl ağacından geliyor).

Bu gen, ağacıma dahil etmek istediğim diğer bazı "NCBI türlerinde" mevcut (örneğin, stegastes partitus, mevcut genom ile ve NCBI veritabanında mevcut ancak OLUMSUZ Ensembl veritabanında). Gerçekten, eğer ben manuel olarak blastp bir yudum protein dizisi D. yeniden (Ensembl multifasta protein hizalamamdan çıkarıldı) nr veritabanı için ayrıştırıldı S. partitus, İlk patlama vuruşuna karşılık gelen bu diziyi buluyorum. Kusursuz! Ben de yapabilirim manuel olarak ilk protein ağacıma ekle.

Sorunun başladığı yer, sahip olmadığım bir gen ve bir NCBI türleri ancak birçok onlardan (diyelim kiPgenler venNCBI türleri). Her biri için zaten bir Ensembl protein multifasta dosyam var.Pgenler.

Sorum şu: her birine eklemenin kolay bir yolu var mı?Pmultifasta, ilgili homolog protein dizisini/dizilerini dosyalar.n"NCBI türleri" mi?

Herhangi bir anlayış için teşekkürler!


Videoyu izle: GRCh38 and Ensembl (Ağustos 2022).