Bilgi

Prolin, Tirozin ve Sisteinin polaritesi ve hidrofobikliği konusunda kafa karışıklığı mı?

Prolin, Tirozin ve Sisteinin polaritesi ve hidrofobikliği konusunda kafa karışıklığı mı?



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Proline ve Tyrosine'in polaritesi ve hidrofobikliği hakkında farklı ifadeler veren birkaç kaynağı burada listeleyeceğim:

Wikipedia'daki Amino Asit makalesinden, prolin bir özel durum, tirozin NS hidrofobik ve sistein aynı zamanda bir özel durum.

Khan akademisinden, ayrıca şunu belirtiyor: prolin NS kutupsal, tirozin NS polar olmayan ve sistein NS kutupsal.

Yine de,

Pearson Prentice Hall'un Biyolojik Biliminden, şunu belirtir: prolin NS polar olmayan, tirozin NS kutupsal ve sistein NS kutupsal.

BioNinja'dan, diyor ki prolin NS polar olmayan, tirozin NS kutupsal ve sistein NS polar olmayan.

Wikipedia'da,

Proline'ın desteklediği makale prolin NS polar olmayan.

Makale Tirozin destekler tirozin NS polar ve hidrofilik.

Sistein makalesinde şöyle yazıyor: sistein NS polar ve hidrofobik, BİRLİKTE tirozin.

Sonucu özetlemek için, onları aşağıdaki tabloya koyacağım

Lütfen kafa karışıklığını gidermeme yardım edin, neden bu amino asitlerin polaritesi ve hidrofobikliği birbiriyle aynı fikirde değil?


TL/DR: bunlar sınırda, karmaşık durumlar. Sistein ve tirozinin hidrofobik mi yoksa polar mı kabul edilmesi gerektiği konusunda geniş bir fikir birliği yoktur. Prolin açıkça polar değildir.

Karışıklığın nedeni, amino asitler için polarite ve hidrofobikliği tanımlamanın ve ölçmenin birkaç yolunun olmasıdır. İlk olarak, serbest amino asidin polaritesi ve hidrofobikliği, bir peptit (protein) bağlamında amino asit yan zincirininkinden çok farklıdır. İkincisi ile ilgilendiğinizi varsayıyorum.

Polarite amino asitler için tanımlanması oldukça zordur. Dipol momenti, polaritenin olağan ölçüsüdür, ancak bu, molekülün geometrisine bağlıdır ve sonuç olarak, sadece su gibi "kıpırdayamayan" küçük moleküller için iyi tanımlanmıştır. Daha büyük amino asit yan zincirleri biraz kıpırdayabilir ve dipol momentlerini tanımlamak zordur. Bunun yerine, polarite genellikle "hidroksi grupları polardır" ve "aromatik halkalar polar değildir" gibi temel kurallarla verilir. Ancak hem aromatik halkaya hem de hidroksi grubuna sahip olan tirozin gibi sınırda durumlar vardır.

hidrofobiklik polarite ile ilgilidir, ancak genellikle bir amino asidin su ve polar olmayan çözücüler arasında nasıl bölündüğü veya katlanmış proteinlerde (su çözücüye doğru veya karşı) nasıl yönlendirildiğini gözlemleyerek belirlenen deneysel olarak ölçülen bir miktardır. Daha detaylı bilgi burada bulunur. Ancak bu tür deneylerin sonuçları her zaman aynı fikirde değildir ve bu nedenle sınırda hidrofobik/hidrofilik olan amino asitleri sınıflandırmak zor olabilir. Örneğin, iki amino asit X ve Y için, X'in suda Y'den daha iyi çözüldüğünü görebiliriz, dolayısıyla X bu anlamda daha hidrofilik görünür; fakat aynı zamanda X, bir lipid çift tabakasına daha iyi bölünebilir, bu nedenle bu anlamda X, Y'den daha hidrofobik görünür. Bu gibi durumlarda, çeşitli hidrofobiklik ölçekleri farklı olacaktır.

Bu nedenlerle, bazı amino asitlerin polar/hidrofobik olup olmadığı konusunda anlaşmazlık vardır. Bunu akılda tutarak, bahsettiğiniz amino asitlerle ilgili iki sentim:

prolin -NH3 grubuna sahip olmadığı için biraz özeldir; amin nitrojen yan zincire bağlanır - zincirden çok bir "döngü"dür - ve peptit bağı farklıdır. Ancak bu "yan döngü" açıkça kutup grubuna sahip değildir ve prolin'in polar olmayan olarak kabul edilmesi gerektiği konusunda iyi bir anlaşma olduğunu düşünüyorum. Khan Academy sayfası muhtemelen bu konuda yanılıyor. Prolin hidrofobiklikte orta düzeydedir.

Tirozin: Belirtildiği gibi, tirozin yan zincirinin polaritesi, oldukça büyük olduğu ve hem polar hem de polar olmayan gruplara sahip olduğu için belirsizdir. Tirozin bir şekilde hidrofobiktir, ancak amino asitler arasında kendisini çoğu hidrofobiklik ölçeğinde ortalara yakın bir yere yerleştirir. Dolayısıyla tirozin sınırda bir durumdur, bu da farklı kaynakların neden aynı fikirde olmadığını açıklar.

sistein proteinler bağlamında özeldir, çünkü sistein kalıntıları genellikle disülfid bağları yoluyla eşleşir ve bu, özelliklerini değiştirir. Kendi başına, -SH grubu polardır (bir -OH grubundan daha az olmasına rağmen), bu nedenle sistein yan zinciri biraz polardır. Çözücü bölme ile ölçüldüğü üzere hidrofobiklikte orta düzeydedir. Sistein, sisteinin genellikle proteinlerin içinde, su çözücüsünden uzakta bulunduğu gözlemine dayanarak hidrofobik olarak kabul edildi; ancak bu büyük ölçüde disülfid bağları oluşturma yeteneğinden kaynaklanmaktadır.


Prolin polar mı yoksa polar olmayan mı?

Pearson Prentice Hall'un Biyolojik Biliminden, şunu belirtir: prolin NS polar olmayan, Tirozin kutupsal ve Sistein kutupsal. BioNinja'dan, diyor ki prolin NS polar olmayan, Tirozin kutupsal ve Sistein polar olmayan.

prolin hidrofobik mi hidrofilik mi? hidrofobik Amino Asitler Amino asitler, yan zincirlerinin nasıl olduğuna göre gruplandırılır. sahip olan dokuz amino asit hidrofobik yan zincirler glisin (Gly), alanin (Ala), valin (Val), lösin (Leu), izolösin (Ile), prolin (Pro), fenilalanin (Phe), metionin (Met) ve triptofan (Trp).

Ayrıca, tirozin polar mı yoksa polar değil mi?

tirozin tek bir tane var kutupsal kısmen dengeleyen hidroksil grubu olmayan-kutupsal benzen halkası, ancak genel olarak yan zincir yapısı orta derecede kabul edilir olmayan-kutupsal.

prolin, ise genellikle polar değildir ve Gly'ninkilere zıt özelliklere sahiptir, yapının segmentine belirli burulma açıları getirerek polipeptit zincirine rijitlik sağlar.


Biyoloji olimpiyatı için amino asit anımsatıcıları

Kısaltması olarak amino asit adının ilk harfini kullanmayan bazı amino asitler vardır. Bunlar şunları içerir:

    • K = lizin
      • Düşünmek ' K lizin'
        • Y = tirozin.
          • ‘t düşünün Y gül reçinesi
            • D = aspartik asit
              • ‘aspar düşünün NS ik asit’
                • Q = glutamin.
                  • ‘ düşün Q -tamin’
                    • R = arginin.
                      • Düşün ‘ r -ginine’
                        • E = glutamik asit.
                          • ‘glut düşünün E mikrofon’ asit’
                            • F = fenilalanin
                              • Düşün ‘ F enylalanin’
                                • N = asparajin
                                  • ‘ düşün n asparajin’
                                  • W = triptofan
                                    • ‘t düşününWyptophan’.

                                    Başka bir yararlı hafıza yardımı aşağıdadır:

                                    polar olmayan alifatik amino asitler:

                                    • FVIP WGLAM :
                                          • Fenilalanin (F)
                                          • (V)alin
                                            • (I)solösin
                                              • (P)rolin
                                                  • Triptofan (W)
                                                  • (G)lisin
                                                    • (L)ösin
                                                      • (A) şerit
                                                      • (M)etiyonin

                                                      kutup şarj edilmemiş amino asitler:

                                                      • S an T a N asla C uits C hrYNoel:
                                                              • (S)erin
                                                                • (T)hreonin
                                                                  • kuşkonmaz(N)e
                                                                    • Glutamin (Q)
                                                                    • (C)ystein
                                                                    • T(Y)rosin

                                                                    Aromatik : W hif bilginize

                                                                    -OH gruplarına sahip olmak :

                                                                      • asidik
                                                                          • DE ath her zaman negatiftir (-)
                                                                          • Aspartat (D), Glutamat(E)
                                                                          • Temel :
                                                                            • OnunL ies Ar e Temel' veya BA HRK (kabuk olarak telaffuz edilir)
                                                                              • (H)istidin , Lizin (K), A(R)ginin

                                                                              AMİNO ASİTLER İÇİN TEK HARFLİ KISALTMALAR

                                                                              Aromatik amino asitler: WFY (“esim” olarak okuyun). WFY her zaman güzel kokar!


                                                                              Amino asitler nelerdir?

                                                                              Amino asitler, amino gruplarına sahip karboksilik asitlerdir. En önemli amino asit türü α-amino asittir. Amino asitler esas olarak karbon, azot, oksijen, hidrojen ve diğer doğal elementlerden oluşur. Yaklaşık 500 amino asit biliyoruz, bunlardan 20'si en önemli ve yaygın olarak kullanılıyor.

                                                                              Su ile kas ve doku oluşturduğunda vücudun ikinci en büyük bileşenidir.

                                                                              Genel formül aşağıdaki şekilde verilmiştir.

                                                                              Amino asit Yapısı

                                                                              20 ortak amino asidin tümü, tümü a-karbona bağlı bir karboksi grubu, bir amino grubu ve bir yan zincir (R grubu) içerir.

                                                                              20 Tür Amino Asit

                                                                              Aşağıda, yaygın olarak kullanılan 20 amino asidin yanı sıra, sıklıkla bildiğimiz amino asit sembollerinin üç harfli ve tek harfli kodları (büyük harf) yer almaktadır. Bu kağıt, amino asitlerin hızlı bir şekilde işaretlenmesi için kullanılır ve öğrenmesi kolaydır.

                                                                              • alanin – ala – A
                                                                              • arginin – arg – R
                                                                              • asparagin – asn – N
                                                                              • aspartik asit – asp – D
                                                                              • sistein – cys – C
                                                                              • glutamin – gln
                                                                              • glutamin – gln – Q
                                                                              • glutamik asit – glu – E
                                                                              • glisin – gly – G
                                                                              • histidin – onun – H
                                                                              • izolösin – ile – I
                                                                              • lösin – leu – L
                                                                              • lisin – lys – K
                                                                              • metiyonin – met – M
                                                                              • fenilalanin – phe – F
                                                                              • prolin – pro – P
                                                                              • serin – ser – S
                                                                              • treonin – thr – T
                                                                              • triptofan – trp – W
                                                                              • tirozin – tir – Y
                                                                              • valin – val – V

                                                                              R-grubu bazında amino asitlerin sınıflandırılması

                                                                              1. Polar olmayan, alifatik amino asitler: Bu amino asitlerdeki R grupları polar değildir ve hidrofobiktir. Glisin, Elenin, Valin, Lösin, İzolösin, Metionin, Prolin.
                                                                              2. Aromatik amino asitler: fenilalanin, tirozin ve triptofan ve aromatik yan zincirleri nispeten polar değildir (hidrofobik). Hidrofobik etkileşimlere herkes katılabilir.
                                                                              3. Polar, değişmemiş amino asitler: Polar olmayan amino asitlerle karşılaştırıldığında, bu amino asitlerin R grupları suda daha fazla çözünür veya suyla hidrojen bağları oluşturan fonksiyonel gruplar içerdiklerinden daha hidrofiliktir. Bu tür amino asitler arasında serin, treonin, sistein, kuşkonmaz ve glutamin bulunur.
                                                                              4. Asidik amino asitler: R grupları asidik veya negatif yüklü amino asitlerdir. Glutamik asit ve aspartik asit
                                                                              5. Temel amino asitler: R grupları, bazik veya pozitif yüklü amino asitlerdir. Lizin, arginin, Histidin.

                                                                              Amino asitlerin beslenmeye göre sınıflandırılması

                                                                              Amino Asitler Esansiyel

                                                                              Dokuz çeşit amino asit vücutta sentezlenemez, bu nedenle protein sentezi için diyette bulunmaları gerekir.

                                                                              Bu esansiyel amino asitler histidin, izolösin, lösin, lisin, metionin, fenilalanin, treonin, triptofan ve valindir.

                                                                              Amino asitler gerekli olmayan

                                                                              Bu amino asitler vücutta sentezlenebilir, bu nedenle diyet yoluyla alınmasına gerek yoktur.

                                                                              Arginin, glutamin, tirozin, sistein, glisin, prolin, serin, ornitin, Elenin, kuşkonmaz ve aspartik asit.


                                                                              Sistein ve tirozin hidrofobik mi yoksa hidrofilik mi?

                                                                              İnternette ve kitaplarımda buna çelişkili cevaplar görünce, siz ne düşünüyorsunuz?

                                                                              Hem Sistein hem de Tirozinin yan zincirleri, fizyolojik pH'ta nötr olmalarına rağmen bir pKa'ya (sırasıyla 8.37 ve 10.46) sahiptir, bu yüzden sanırım onları polar yapan da bu.

                                                                              Tirozin'deki aromatik halka ve OH grubu kafamı karıştırdığı için temelde böyle düşünmek istiyorum.

                                                                              Sistein deff polardır. Bazı ders kitaplarının polar olduğunu, bazılarının ise polar olmadığını söylediği gibi, tirozinin polar olup olmadığını ayırt etmenizi sağlayacaklarını hiç sanmıyorum. Daha da önemlisi, fosforillenebilir ve aromatik olarak ortaya çıkar, böylece bir F veya W ikamelerinin küçük bir etkisi olur.

                                                                              Sistein kesinlikle polardır. Ben de tirozin polar olduğunu düşünüyorum. Üçüncü taraf bir FL'de "aşağıdaki amino asitlerden hangisinin zar kapsayan bölgede bulunma olasılığı en düşüktür?" diyen bir alıştırma sorusu gördüm ve cevap tirozindi. Bu sonuca elbette eleme süreciyle de ulaşabilirdim ama işlevsel olarak kutupsal olduğunu düşünüyorum.

                                                                              Ayrıca reseptör tirozin kinazlarda tirozin, reseptörlerin sitoplazmik tarafa bakan yüzeyinde bulunur ve daha sonra fosforile olur. Ben membranı kapsayan bölgelerde olmayan, ancak sitoplazmik tarafta polar olan amino asitleri düşünüyorum.

                                                                              Diğerlerinin söylediği gibi, Tyr veya Cys gibi AA'lar için polar veya polar olmayanları doğrudan kategorize etmenizi isteyen bir soru alacağınızı sanmıyorum. Unutmayın, sınıflandırmalar geneldir ve onları hayatı kolaylaştırmak için kullanırız. Ancak, bir AA'nın tamamen hidrofobik veya tamamen hidrofilik olması için hiçbir neden yoktur (genel bir karaktere sahip olacaktır ve bu karakter genellikle çevredeki ortama bağlı olacaktır).

                                                                              Tyr'ın üzerinde hidrofilik -OH bulunan hidrofobik bir fenil grubundan oluştuğunu anladığınız sürece, bu konuda aklınıza takılan her soruyu cevaplayabileceğinizi düşünüyorum.

                                                                              Düşünülmesi gereken birkaç nokta daha -- Tyr, -OH grubu aracılığıyla hidrojen bağı yapabilir. Bu açıkça onu Phe'den daha hidrofilik yapar (başka bir iyi strateji - AA'lar arasında karşılaştırma). Yaptığım araştırmada, üzerinde çalıştığımız şeylerden biri de suyun belirli etkileşimlerdeki rolü. Belki birlikte çalıştığım proteinlerin çoğunun dışarıda bir Tyr olduğunu (yani hidrofobik bir cebe gömülmediğini) söylemek size yardımcı olacaktır. Ve, örneğin, protein DNA'ya bağlandığında bile (Tyr'in artık toplu çözeltiden korunduğu anlamına gelir), Tyr hala hidrojen bağı yoluyla bir su molekülü ile koordine olur. Böylece, Tyr'ın kutupsal özelliklere sahip olduğunu açıkça görebilirsiniz. Ve neden olmasın? Bir H-bağ, steroidler üzerindeki kutupsal bir IMF gibidir :)

                                                                              Dolayısıyla burada her AA'nın sınıflandırılmasını karmaşıklaştıran ayrı bir sorun var.

                                                                              Tirozin ile başlayacağım, burada kafa karışıklığı, hidrofobikliğin bir süreklilik olduğu gerçeğinden kaynaklanıyor, süreklilik üzerinde parlak bir çizgi yok, biz sadece oraya bir tane yapıştırıyoruz, bu yüzden Tirozin genellikle hidrofobik olarak sınıflandırılmasına rağmen, davranış göstermeyebilir bu şekilde daha hidrofobik AA'lar ile aynı ölçüde.
                                                                              Bununla birlikte, fikir birliği sınıflandırması hidrofobiktir, bu yüzden onu kafanızda sınıflandırmanız gerekiyorsa, bunu yapmalısınız.

                                                                              Sistein: burada karışıklığın bir kısmı sisteinden gelir (SH R grubu ile AA karşı sistein (başka bir sistein ile bir SS bağı oluşturan bir sistein denir sistein). Dolayısıyla burada çıplak AA, sistein, orta derecede polardır ve hacimli değildir yani basit bir polipeptitte gördüğünüzde hidrofiliktir.Ancak biyolojik olarak çok az serbest sistein vardır, sistin olarak başka bir sisteine ​​bağlı -H olmadan çokça bulunur.Bu SS disülfid bağı artık polar değildir ve oldukça hidrofobiktir .
                                                                              Bu, protein katlama çalışmalarının, bağlanmamış sisteinin (-H ile) bile protein katlama deneylerinde beklenenden daha fazla hidrofobik bir AA gibi davranma eğiliminde olduğunu göstermesi gerçeğiyle daha da karmaşıktır. Bu nedenle geleneksel olarak sistein, öngörülen kimya temelinde polar olarak kabul edilmiştir, ancak poli peptidlerdeki deneysel veriler bunun hidrofobik AA'lara daha çok benzediğini göstermektedir. Sanırım bu yönü Tyrosine ile ilgili konuya benzer düşünebiliriz. Basitçe söylemek gerekirse, Hidrofobiklik bir ikili değil, bir sürekliliktir.


                                                                              Prolin, Tirozin ve Sisteinin polaritesi ve hidrofobikliği konusunda kafa karışıklığı mı? - Biyoloji

                                                                              Bir hücrenin neredeyse her parçası, çekirdekten mitokondriye ve hücre zarına kadar bir şekilde proteinleri içerir. MCAT, proteini oluşturan amino asitler yapısını belirlediği için amino asitlerle ilgili temel kavramları anladığınızı test edecektir. Bir sonraki bölümde, proteinlerin en iyi bilinen işlevini tartışacağız: enzimler olarak rolleri.

                                                                              Konsept Özeti

                                                                              Proteinlerde Bulunan Amino Asitler

                                                                              &orta nokta&emspAmino asitler bir merkeze bağlı dört grup var (&alfa) karbon: bir amino grubu, bir karboksilik asit grubu, bir hidrojen atomu ve bir R grubu.

                                                                              o R grubu, o amino asidin kimyasını ve işlevini belirler.

                                                                              o Ökaryotik organizmaların proteinlerinde yirmi amino asit bulunur.

                                                                              ·&emsp &alfa-karbon, ökaryotlardaki tüm amino asitler için L'dir.

                                                                              o D-amino asitler prokaryotlarda bulunabilir.

                                                                              o Hepsibendışında asit yok sistein Sahip olmak (S) yapılandırma.

                                                                              o Tüm amino asitler kiraldir. glisinR grubu olarak bir hidrojen atomuna sahip olan .

                                                                              ·&emspYan zincirler polar veya polar olmayan, aromatik veya aromatik olmayan, yüklü veya yüksüz olabilir.

                                                                              Ö Polar olmayan, aromatik olmayan: glisin, alanin, valin, lösin, izolösin, metionin, prolin

                                                                              Ö Aromatik: triptofan, fenilalanin, tirozin

                                                                              Ö Kutup: serin, treonin, asparagin, glutamin, sistein

                                                                              Ö Negatif yüklü (asidik): aspartat, glutamat

                                                                              Ö Pozitif yüklü (temel): lizin, arginin, histidin

                                                                              ·&emspUzun alkil zincirlerine sahip amino asitler hidrofobiktir ve yüklü olanlar hidrofiliktir, diğerleri arasında bir yere düşer.

                                                                              Amino Asitlerin Asit-Baz Kimyası

                                                                              ·&emspAmino asitler amfoterik yani protonları kabul edebilir veya bağışlayabilirler.

                                                                              ·&emspThe PKa grubun yarısının protonsuz olduğu pH değeridir [HA] = [A – ].

                                                                              ·&emspAmino asitler farklı pH değerlerinde farklı formlarda bulunur.

                                                                              o Düşük (asidik) pH'da amino asit tamamen protonlanır.

                                                                              o Amino asidin pl'sine yakın pH'da, amino asit nötrdür. zwitterion.

                                                                              o Yüksek (alkalin) pH'da amino asit tamamen protondan arındırılır.

                                                                              ·&emspThe izoelektrik nokta (pI) Yüklü bir yan zinciri olmayan bir amino asidin miktarı, iki p değerinin ortalaması alınarak hesaplanabilir.Ka değerler.

                                                                              ·&emspAmino asitler titre edilebilir.

                                                                              o Titrasyon eğrisi p noktasında neredeyse düzKa amino asit değerleri.

                                                                              o Titrasyon eğrisi, amino asidin pl'sinde neredeyse dikeydir.

                                                                              ·&emspYüklü yan zincirlere sahip amino asitlerin ek bir p değeri vardır.Ka değeri ve bunların pI'si, iki p'nin ortalaması alınarak hesaplanır.Ka zwitterion'un protonasyonuna ve deprotonasyonuna karşılık gelen değerler.

                                                                              o Yüklü yan zincirleri olmayan amino asitlerin pI değeri 6 civarındadır.

                                                                              o Asidik amino asitler 6'nın çok altında bir pI'ye sahiptir.

                                                                              o Bazik amino asitlerin pI değeri 6'nın oldukça üzerindedir.

                                                                              Peptit Bağ Oluşumu ve Hidroliz

                                                                              ·&emspDipeptitlerde iki amino asit kalıntısı vardır, tripeptitlerde üç amino asit kalıntısı bulunur. Oligopeptidlerin "birkaç" amino asit kalıntısı vardır (20).

                                                                              ·&emspBir peptit bağı oluşturmak, yoğunlaşma veya dehidrasyon reaksiyon (bir molekül su açığa çıkarır).

                                                                              o Bir amino asidin nükleofilik amino grubu, başka bir amino asidin elektrofilik karbonil grubuna saldırır.

                                                                              o Amit bağları rezonans nedeniyle katıdır.

                                                                              ·&emspBir peptit bağını kırmak bir hidroliz reaksiyon.

                                                                              Birincil ve İkincil Protein Yapısı

                                                                              &orta nokta&emspBirincil yapı bir peptitteki amino asitlerin lineer dizisidir ve peptit bağları ile stabilize edilir.

                                                                              &orta nokta&emspikincil yapı komşu amino asitlerin lokal yapısıdır ve amino grupları ile komşu olmayan karboksil grupları arasındaki hidrojen bağı ile stabilize edilir.

                                                                              Ö &alfa-sarmallar merkezi bir eksen etrafında saat yönünde bobinlerdir.

                                                                              Ö &beta-pileli çarşaflar paralel veya antiparalel olabilen dalgalı ipliklerdir.

                                                                              Ö prolin katı döngüsel yapısı nedeniyle ikincil yapıyı kesebilir.

                                                                              Üçüncül ve Kuaterner Protein Yapısı

                                                                              &orta nokta&emspüçüncül yapı tek bir polipeptit zincirinin üç boyutlu şeklidir ve hidrofobik etkileşimler, asit-baz etkileşimleri (tuz köprüleri), hidrojen bağı ve disülfid bağları ile stabilize edilir.

                                                                              Ö hidrofobik etkileşimler hidrofobik R gruplarını, çevreleyen su moleküllerinin entropisini artıran ve negatif Gibbs serbest enerjisi yaratan bir proteinin içine iter.

                                                                              Ö Disülfür bağları iki olduğunda ortaya çıkar sistein moleküller oksitlenir ve oluşturmak için bir kovalent bağ oluşturur sistin.

                                                                              &orta nokta&emspKuaterner yapı birden fazla alt birim içeren proteinlerdeki peptitler arasındaki etkileşimdir.

                                                                              ·&emspKovalent olarak bağlı moleküllere sahip proteinler olarak adlandırılır konjuge proteinler. Ekli molekül bir prostetik grupve bir metal iyonu, vitamin, lipid, karbonhidrat veya nükleik asit olabilir.

                                                                              denatürasyon

                                                                              ·&emspHem ısı hem de artan çözünen konsantrasyonu, üç boyutlu protein yapısının kaybolmasına neden olabilir. denatürasyon.

                                                                              Konsept Kontrollerine Cevaplar

                                                                              1. Dört grup bir amino grubudur (–NH2), bir karboksilik asit grubu (–COOH), bir hidrojen atomu ve bir R grubu.

                                                                              2. Tüm ökaryotik amino asitler L'dir. Tüm ökaryotik amino asitler (S), sistein hariç (çünkü sistein, Cahn-Ingold-Prelog kurallarına göre bir karboksilik asitten daha yüksek önceliğe sahip bir R grubuna sahip tek amino asittir).

                                                                              3. Polar olmayan, aromatik olmayan: glisin, alanin, valin, lösin, izolösin, metionin, prolin

                                                                              & tarikat Aromatik: triptofan, fenilalanin, tirozin

                                                                              § Polar: serin, treonin, asparagin, glutamin, sistein

                                                                              § Negatif yüklü/asidik: aspartat, glutamat

                                                                              § Pozitif yüklü/bazik: lizin, arginin, histidin

                                                                              4. Hidrofobik amino asitler, bir proteinin içinde, sudan uzakta bulunma eğilimindedir. Hidrofilik amino asitler, su ile temas halinde proteinin yüzeyinde kalma eğilimindedir.

                                                                              1. pH = 1: + NH3CRHCOOH pH = 7: + NH3CRHCOO – pH = 11: NH2CRHCOO –

                                                                              2. Aspartik asit: pI = (1.88 + 3.65) &böl 2 = 2.77

                                                                              &sekt Arginin: pI = (9.04 + 12.48) &bölme 2 = 10.76

                                                                              &sekt Valine: pI = (2.32 + 9.62) &bölme 2 = 5.97

                                                                              1. Bu türler kendilerini oluşturan amino asitlerin sayısına göre farklılık gösterir: amino asit = 1, dipeptit = 2, tripeptid = 3, oligopeptid = “az” (20)

                                                                              3. 4: Val – Phe Glu – Lys – Tyr Ile – Met – Tyr Gly–Ala. Tek bir amino asit tek başına bir oligopeptit olarak kabul edilmez.

                                                                              Yapısal Eleman

                                                                              Dengeleyici Tahviller

                                                                              Birincil yapı (1°)

                                                                              Zincirdeki amino asitlerin lineer dizisi

                                                                              İkincil yapı (2°)

                                                                              Yakındaki amino asitler tarafından belirlenen yerel yapı

                                                                              2. Proline'ın sert yapısı, bükülmelere neden olur. &alfa-sarmallar veya dönüşler oluşturun &beta- pileli çarşaflar.

                                                                              Yapısal Eleman

                                                                              Dengeleyici Tahviller

                                                                              Üçüncül yapı (3°)

                                                                              Proteinin üç boyutlu şekli

                                                                              Kuaterner yapı (4°)

                                                                              Çok alt birimli bir proteinin ayrı alt birimleri arasındaki etkileşim

                                                                              Üçüncül yapı ile aynı

                                                                              2. Hidrofobik kalıntıları bir proteinin içine taşımak, proteinin yüzeyindeki su moleküllerinin daha olası konumlara sahip olmasını ve yapılandırmasını sağlayarak entropiyi artırır.ation. Bu olumlu &DeltaS &Delta yaparG

                                                                              Sitemizde yer alan herhangi bir materyalin telif hakkı sahibiyseniz ve onu kaldırmayı düşünüyorsanız, lütfen onay için site yöneticimizle iletişime geçin.


                                                                              Hidrofilik Amino Asitler Nelerdir?

                                                                              Bu terime rastlamış ve ne anlama geldiğini merak etmiş olabilirsiniz - hidrofilik amino asitler nedir ve ne işe yararlar? Umarım bazı temel organik kimyaları tazelemek istersiniz, çünkü bu makalenin amacı konuya biraz ışık tutmak ve size vücudumuzdaki bu önemli yapılar ve moleküller hakkında hızlı bir kimya tazeleme kursu vermektir.


                                                                              Prolin, Tirozin ve Sisteinin polaritesi ve hidrofobikliği konusunda kafa karışıklığı mı? - Biyoloji

                                                                              Amino asitler

                                                                              Proteinler olarak bilinen monomerlerin polimerleştirilmesiyle oluşturulur. amino asitler çünkü bir amin içerirler (-NH2) ve bir karboksilik asit (-CO2H) fonksiyonel grup. İkincil bir amin olan amino asit prolin dışında, proteinleri sentezlemek için kullanılan amino asitler, aşağıdaki jenerik formüle sahip birincil aminlerdir.

                                                                              Bu bileşikler a -amino asitler olarak bilinir çünkü -NH2 grubu -CO'nun yanındaki karbon atomunda2H grubu, karboksilik asidin sözde karbon atomu.

                                                                              Amino asitlerin kimyası, -NH2 grup bir bazdır ve -CO2H grubu bir asittir. Sulu çözeltide, bu nedenle, bir H + iyonu molekülün bir ucundan diğerine aktarılarak bir molekül oluşturur. zwitterion (Almanca melez iyon veya melez iyon anlamına gelir).

                                                                              Zwitterionlar aynı anda elektriksel olarak yüklü ve elektriksel olarak nötrdür. Pozitif ve negatif yükler içerirler, ancak molekül üzerindeki net yük sıfırdır.

                                                                              300'den fazla amino asit listelenmiştir. Pratik Biyokimya ve Moleküler Biyoloji El Kitabı, ancak aşağıdaki tabloda sadece yirmi amino asit proteinleri sentezlemek için kullanılır. Bu amino asitlerin çoğu sadece amino asitlerin yapısında farklılık gösterir. r ikame edici. Standart amino asitler bu nedenle bu temellere göre sınıflandırılır. r gruplar. Polar olmayan sübstitüentlere sahip amino asitler olduğu söylenir. hidrofobik (sudan nefret eden). polar amino asitler r Suya hidrojen bağı oluşturan gruplar şu şekilde sınıflandırılır: hidrofilik (suyu seven). Geri kalan amino asitler, nötr pH'da sulu çözeltide negatif veya pozitif yükler taşıyan ikamelere sahiptir ve bu nedenle güçlü hidrofiliktir.

                                                                              20 Standart Amino Asit

                                                                              İSİM YAPI
                                                                              (NÖTR pH'DA)
                                                                              Polar Olmayan (Hidrofobik) R Grupları
                                                                              Glisin (Gly)
                                                                              Alanin (Ala)
                                                                              Valin (Val)
                                                                              Lösin (Leu)
                                                                              İzolösin (Ile)
                                                                              Prolin (Pro)
                                                                              Metionin (Met)
                                                                              Fenilalanin (Phe)
                                                                              Triptofan (Trp)
                                                                              Polar (Hidrofilik) R Grupları
                                                                              serin
                                                                              (ser)
                                                                              treonin
                                                                              (Thr)
                                                                              tirozin
                                                                              (Tir)
                                                                              sistein
                                                                              (Cys)
                                                                              asparajin
                                                                              (Asn)
                                                                              glutamin
                                                                              (Gln)
                                                                              Negatif Yüklü R Grupları
                                                                              Aspartik asit (Asp)
                                                                              Glutamik asit
                                                                              (Glu)
                                                                              Pozitif Yüklü R Grupları
                                                                              Lizin
                                                                              (Lys)
                                                                              arginin
                                                                              (Arg)
                                                                              histidin
                                                                              (Onun)

                                                                              Bu bileşikleri polar olmayan/hidrofobik, polar/hidrofilik, negatif yüklü/hidrofilik veya pozitif yüklü/hidrofilik olarak sınıflandırmak için standart amino asit tablosundaki aşağıdaki amino asitlerin yapılarını kullanın.

                                                                              Stereoizomerler Olarak Amino Asitler

                                                                              Glisin hariç, ortak amino asitlerin tümü en az bir kiral karbon atomu içerir. Bu amino asitler bu nedenle stereoizomer çiftleri olarak bulunurlar. Alaninin D ve L izomerlerinin yapıları aşağıdaki şekilde gösterilmiştir. D amino asitleri doğada bulunabilmesine rağmen, proteinleri oluşturmak için sadece L izomerleri kullanılır. D izomerleri çoğunlukla bakterilerin hücre duvarlarına ve bakterilere saldıran antibiyotiklerde bulunur. Bu D izomerlerinin varlığı, bakteri hücre duvarındaki proteinleri hidrolize ederek konakçı organizmanın kendisini bakteriyel enfeksiyondan korumak için kullandığı enzimlerden bakterileri korur.

                                                                              Standart amino asitlerin biyolojik olarak önemli birkaç türevi aşağıdaki şekilde gösterilmiştir. Bir alerjene maruz kalma semptomlarını hafifletmek için bir "anti-histamin" kullanmış olan herkes, histaminin, vücudun alerjik reaksiyonlara tepkisine aracılık etmede oynadığı rolü takdir edebilir. Tirozinin bir türevi olan L-DOPA, Parkinson hastalığını tedavi etmek için kullanılmıştır. Bu bileşik filmde birkaç yıl önce ün kazandı Uyanışdiğer nörolojik bozukluklar için bir tedavi olarak kullanıldığını belgelemiştir. Tirozinin iyotlu bir eteri olan tiroksin, metabolizma hızını uyarmak için tiroid bezine etki eden bir hormondur.

                                                                              Asetik asit ve amonyak, asit ve baz kimyasının tartışılmasında sıklıkla önemli bir rol oynar. Bu bileşiklerden biri zayıf asit diğeri zayıf bazdır.

                                                                              Bu nedenle, bir amino asit suda çözündüğünde, molekülün bir ucundan diğerine bir H + iyonunun aktarılması şaşırtıcı değildir.

                                                                              Zwitterion, fizyolojik pH'da (pH 7) sulu çözeltilerde baskın türdür. Ancak, çözeltiye güçlü bir asit veya güçlü bir baz eklersek, zwitterion asit-baz reaksiyonlarına girebilir.

                                                                              Sudaki nötr bir amino asit çözeltisine güçlü bir asit eklersek ne olacağını hayal edin. Güçlü bir asit varlığında, -CO2 - bu molekülün ucu, net pozitif yüklü bir molekül oluşturmak için bir H + iyonu alır.

                                                                              Güçlü bir baz varlığında -NH3 + molekülün ucu bir H + iyonunu kaybederek net negatif yüklü bir molekül oluşturur.

                                                                              Aşağıdaki şekil, bu amino asit NaOH gibi güçlü bir baz ile titre edildiğinde asidik bir glisin çözeltisinin pH'ına ne olduğunu gösterir.

                                                                              Bu titrasyon eğrisini anlamak için, bir asit, HA için asit-ayrışma denge sabiti ifadesini tanımlayan denklemle başlayalım.

                                                                              Şimdi yeniden düzenleyelim Ka ifade,

                                                                              logu bu denklemin her iki tarafının 10 tabanına götürün,

                                                                              ve sonra denklemin her iki tarafını da -1 ile çarpın.

                                                                              Tanım olarak, bu denklemin sol tarafındaki terim çözeltinin pH'ıdır ve sağ taraftaki ilk terim p'dir.Ka asitten.

                                                                              Bu denklemin sağ tarafındaki eksi işareti genellikle "uygunsuz" olarak görülür. Bu nedenle türetme, logaritmik matematiğin aşağıdaki özelliğinden yararlanarak devam eder.

                                                                              Bu denklemin aşağıdaki formunu vermek için.

                                                                              Bu denklem olarak bilinir Henderson-Hasselbach denklemi, ve titrasyon eğrisinin herhangi bir noktasında çözeltinin pH'ını hesaplamak için kullanılabilir.

                                                                              Bu titrasyon eğrisi boyunca soldan sağa doğru gidildikçe aşağıdakiler gerçekleşir.

                                                                              • Çözeltiye baz ekledikçe pH başlangıçta artar, çünkü baz pozitif yüklü H'nin bir kısmını deprotone eder.3N + CH2CO2Kuvvetli asidik çözeltide bulunan H iyonları.
                                                                              • pH daha sonra düzleşir, çünkü hem asit hem de H'nin makul konsantrasyonlarına sahip olduğumuz bir tampon çözelti oluştururuz.3N + CH2CO2H ve eşlenik tabanı, H3N + CH2CO2 - .
                                                                              • Neredeyse tüm H olduğunda3N + CH2CO2H molekülleri deprotone edildi, artık bir tampon çözeltimiz yok ve çözeltiye daha fazla NaOH eklendiğinde pH hızla yükseliyor.
                                                                              • pH daha sonra nötr H'nin bir kısmı olarak seviyelenir.3N + CH2CO2 - moleküller negatif yüklü H oluşturmak için proton kaybederler2NCH2CO2 - iyonlar. Bu iyonlar oluştuğunda, bir kez daha pH'ın esasen tüm H'nin tamamına kadar nispeten sabit kaldığı bir tampon çözelti elde ederiz.3N + CH2CO2H molekülleri H'ye dönüştürüldü2NCH2CO2 - iyonlar.
                                                                              • Bu noktada pH, güçlü bir baz için gözlenen değere ulaşana kadar hızla yükselir.

                                                                              pH titrasyon eğrisi bize pozitif yüklü H'yi titre etmek için gereken baz hacmini söyler.3N + CH2CO2H molekülüne H3N + CH2CO2 - zwitterion. Sadece yarısı kadar baz eklersek, pozitif iyonların sadece yarısı zwitterionlara titre edilir. Başka bir deyişle, H konsantrasyonu3N + CH2CO2H ve H3N + CH2CO2 - iyonlar aynı olurdu. Veya Henderson-Hasselbach denklemindeki sembolizmi kullanarak:

                                                                              Bu iyonların konsantrasyonları aynı olduğundan, konsantrasyonlarının oranının logaritması sıfırdır.

                                                                              Böylece, titrasyon eğrisindeki bu özel noktada, Henderson-Hasselbach denklemi aşağıdaki eşitliği verir.

                                                                              Bu nedenle p'yi belirleyebilirizKa asidin yarı titre edildiği bir çözeltinin pH'ını ölçerek bir asidin belirlenmesi.

                                                                              Glisin içinde titre edilebilir iki grup olduğundan, amino asidin yarı titre edildiği iki nokta elde ederiz. Birincisi, pozitif H'nin yarısı olduğunda meydana gelir.3N + CH2CO2H molekülleri nötr H'ye dönüştürüldü3N + CH2CO2 - iyonlar. İkincisi, H'nin yarısı olduğunda ortaya çıkar.3N + CH2CO2 - zwitterionlar negatif yüklü H'ye dönüştürüldü2NCH2CO2 - iyonlar.

                                                                              Bu teknik glisine uygulandığında aşağıdaki sonuçlar elde edilir.

                                                                              Bu değerleri pK ile karşılaştıralımaasetik asit ve amonyum iyonu.

                                                                              Bir amino asitteki a -amino grubunun asit/baz özellikleri, amonyak ve amonyum iyonunun özelliklerine çok benzer. Ancak a-amin, karboksilik asidin asitliği üzerinde önemli bir etkiye sahiptir. -amin değerini arttırır Ka yaklaşık 100 faktörü ile karboksilik asit için.

                                                                              a -aminin endüktif etkisi sadece a -CO değerinde hissedilebilir.2H grubu. Örneğin glutamik asidin kimyasına bakarsak, a -CO2H grubu üzerinde r ikame, asetik asidinkine yakın bir asitliğe sahiptir.

                                                                              Bir amino asidi pH ölçeğinin alt ucundan (pH 1) yüksek uca (pH 13) titre ettiğimizde, net pozitif yükü olan bir iyonla başlar ve net negatif yükü olan bir iyonla sonuçlanırız. .

                                                                              Bu uçlar arasında bir yerde, amino asitlerin büyük çoğunluğunun net elektrik yükü olmayan zwitterion olarak bulunduğu bir durum bulmalıyız. Bu nokta denir izoelektrik nokta (pI) amino asitten.

                                                                              Basit amino asitler için, r grup titre edilebilir herhangi bir grup içermez, izoelektrik nokta ortalaması alınarak hesaplanabilir. pKa a -karboksilik asit ve a -amino grupları için değerler. Örneğin, glisin, bir p'ye sahiptir.ben yaklaşık 6.

                                                                              pH 6'da, bu çözeltideki glisin moleküllerinin %99.98'inden fazlası nötr H olarak mevcuttur.3N + CH2CO2H zwitterion.

                                                                              p hesaplanırkenben üzerinde titre edilebilir bir gruba sahip bir amino asidin r yan zincir, fizyolojik pH'da (pH 7) amino asidin yapısını yazarak başlamakta fayda var. Örneğin lizin, aşağıdaki diyagramla temsil edilebilir.

                                                                              Fizyolojik pH'da lizin net pozitif yüke sahiptir. Bu nedenle, izoelektrik noktaya ulaşmak için pozitif yükü kaldırmak için çözeltinin pH'ını arttırmamız gerekir. pben lizin için basitçe pK'nin ortalamasıdıraikisinden -NH3 + gruplar.

                                                                              Bu pH'da tüm karboksilik asit grupları -CO olarak bulunur.2 - iyonlar ve -NH'nin toplam nüfusu3 + grupları bire eşittir. Bu nedenle, bu pH'ta molekül üzerindeki net yük sıfırdır.

                                                                              Aynı tekniği p'ye uygularsakKa Yukarıda verilen glutamik asit verileri, bir p alırızben yaklaşık 3.1. Bu bölümdeki üç amino asit bu nedenle çok farklı p'ye sahiptir.ben değerler.

                                                                              Bu nedenle, amino asitleri (veya oluşturdukları proteinleri) ayırmak için yaygın bir tekniğin, bir jelin merkezine bir karışım yerleştirmeyi ve ardından bu jele güçlü bir voltaj uygulamayı içermesi şaşırtıcı değildir. olarak bilinen bu teknik, jel elektroforezi, ayırmanın yapıldığı pH'da net pozitif yük taşıyan amino asitlerin veya proteinlerin negatif elektrota doğru hareket edeceği, net negatif yüklü olanların ise pozitif elektrota doğru hareket edeceği gerçeğine dayanır.


                                                                              Asidik Amino Asitler

                                                                              Asidik amino asitler, asparagin ve glutamine kıyasla çok tanıdık gelmelidir. Bunun nedeni, terminal işlevsel grubu dışında onlarla ilgili her şeyin aynı olmasıdır. Amidler (yukarıda tartışılmıştır) polardır, ancak NH2 bir OH grubuyla değiştirilirse asidik bir karboksil grubu elde edersiniz.

                                                                              Aspartik Asit / Aspartat asp NS


                                                                              Aspartik asit, amino asidin protonlanmış asidik formunu ifade eder. When deprotonated, you’ll often see the conjugate base salt referred to as aspartate. This is the standard nomenclature for carboxylic acids.

                                                                              Think of ethanoic acid. Its common name is acetic acid. When deprotonated you get acetate. Acids are very stable in water since they are partially charged in their protonated form and fully charged in their deprotonated form. This makes them highly hydrophilic.

                                                                              Glutamic Acid / Glutamate Glu E


                                                                              Once again we have a ‘glutton’ amino acid with an extra CH2 group. Glutamic Acid refers to the protonated acidic form, and glutamate refers to the deprotonated conjugate base/salt form.
                                                                              Like aspartic acid, glutamic acid is very stable in water and thus hydrophilic.


                                                                              Protein Questions and Answers PDF

                                                                              11. a-carbon of amino acids is chiral, except

                                                                              12. In the groups of amino acids indicated below, which one has side chain containing hydroxylic groups?

                                                                              (a) Serine, threonine, tyrosine

                                                                              (d) Glutarnine, tyrosine, serine

                                                                              13. Which of the following is not true about alanine?

                                                                              (a) Contains a branched side chain

                                                                              (b) At pH 1, it will move towards the cathode

                                                                              (c) At pH 1, the overall charge is +1

                                                                              (d) At equimolar mixture of D and L, alanine does not rotate the plane polarised light


                                                                              Videoyu izle: Cysteine Biosynthesis (Ağustos 2022).